Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 RNF157-202ENST00000319945 2937 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 SPATC1L-201ENST00000291672 2303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 GPBAR1-204ENST00000522678 2003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 CCT7-215ENST00000539919 2031 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 RNLS-201ENST00000331772 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 ARHGEF19-201ENST00000270747 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 ARNTL-205ENST00000403510 2745 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 PAX3-207ENST00000409551 1782 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 SYTL3-202ENST00000360448 2504 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 PLEKHF2-201ENST00000315367 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 PAQR6-214ENST00000613336 1599 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 GALNT14-202ENST00000349752 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 LCE5A-201ENST00000334269 819 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 TSPAN4-201ENST00000346501 882 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 BCYRN1-201ENST00000418539 200 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 KLC4-205ENST00000458460 1251 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 SSBP1-214ENST00000498107 636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 LINC01595-201ENST00000555406 639 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 BX927359.1-201ENST00000556073 543 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 FAM171B-202ENST00000612606 940 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AL158212.4-201ENST00000624062 1286 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 BEX4-202ENST00000372695 1328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 MAFK-201ENST00000343242 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AC010186.2-201ENST00000575094 2612 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 LMF1-AS1-202ENST00000569574 1408 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 RBBP7-204ENST00000404022 1904 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 SARDH-205ENST00000422262 2367 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 PKLR-201ENST00000342741 2083 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 C1QTNF6-202ENST00000397110 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 LINC01185-202ENST00000452343 1705 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 IGHV3-35-201ENST00000390617 366 ntAPPRIS P1 BASIC16.52■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 AC099336.1-201ENST00000417053 1171 ntBASIC16.52■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 H2AFV-206ENST00000437072 589 ntTSL 4 BASIC16.52■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 HAUS2-207ENST00000568846 709 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 AC123786.1-201ENST00000581626 661 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 AC011489.1-202ENST00000586556 618 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 TPTE2P2-205ENST00000606711 505 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 AC026979.3-201ENST00000607315 403 ntBASIC16.52■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 MGME1-203ENST00000377710 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 ESR2-209ENST00000555278 1883 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 NOL4L-210ENST00000616976 1376 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 C9orf62-201ENST00000623103 1924 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 LRFN3-201ENST00000246529 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 RASL10B-201ENST00000603017 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 TAGLN3-202ENST00000393917 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 AC020915.1-201ENST00000413518 1469 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 PDCD1-201ENST00000334409 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 AP001094.4-201ENST00000579008 2176 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 AAAS-217ENST00000550286 1652 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 RNF216P1-203ENST00000404404 2427 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 SLC26A5-202ENST00000339444 2474 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 NDUFS2-202ENST00000392179 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 SDCBP-202ENST00000413219 2086 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 TBXAS1-210ENST00000458722 2057 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 RPLP2-201ENST00000321153 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 RPL28-204ENST00000431533 590 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 CTBP2P5-201ENST00000454986 1264 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 AC020659.2-202ENST00000512295 513 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 GZMH-203ENST00000557220 520 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 AC124287.1-201ENST00000582249 838 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 IL32-235ENST00000613483 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 PRPS2-203ENST00000398491 1348 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 LRRC14-205ENST00000529022 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 GCK-202ENST00000345378 2421 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 HACD3-206ENST00000565299 1465 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 TLE2-219ENST00000591529 2483 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 LGALS3BP-218ENST00000591778 1961 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 CHRNA7-207ENST00000635884 1975 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 TCP11L2-201ENST00000299045 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 ZSCAN10-207ENST00000575108 2247 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 KLC2-201ENST00000316924 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 PHF20L1-201ENST00000220847 3297 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 PRM2-201ENST00000241808 680 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 UCHL3-201ENST00000377595 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 PHACTR1-202ENST00000379329 707 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 AKIP1-204ENST00000396648 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 ECSIT-203ENST00000417981 970 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 PRM2-202ENST00000435245 723 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 AL606534.2-205ENST00000437691 346 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 AC026774.1-201ENST00000503652 691 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 SDHAP3-202ENST00000515467 728 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 CNOT8-210ENST00000519404 945 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 CNOT8-214ENST00000520671 923 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 CNOT8-218ENST00000521583 1151 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 FAM8A2P-201ENST00000528813 1142 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 TROAP-207ENST00000548311 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 CIART-203ENST00000369095 1433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 CD300LG-206ENST00000588884 1459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 TUBB6-211ENST00000591208 1492 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 PDE4DIP-230ENST00000530472 1690 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 DNAJB8-AS1-201ENST00000471626 1798 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 EIF2B3-210ENST00000620860 1923 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 ZNF264-202ENST00000536056 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL4A3Q01955 CYP21A2-221ENST00000418967 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.3 ms