Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 A4GALT-202ENST00000381278 1935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 SENP2-201ENST00000296257 5717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 SPAG7-201ENST00000206020 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 LCE1E-202ENST00000368771 575 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 MOGAT3-202ENST00000379423 933 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 TAGLN-202ENST00000392951 928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 STAG3L5P-205ENST00000473757 1255 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 PTK7-212ENST00000476760 902 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AC008406.2-201ENST00000507058 532 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AC007406.4-201ENST00000539568 765 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 SUOX-214ENST00000551841 906 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 ACYP1-206ENST00000555694 565 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 TGIF2-C20orf24-201ENST00000558530 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 HAUS2-207ENST00000568846 709 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 OR2T27-203ENST00000641652 1285 ntAPPRIS P1 BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 GCSH-209ENST00000639689 2412 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 NHEG1-202ENST00000432330 1357 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 IL12RB1-201ENST00000322153 1902 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AC092143.3-201ENST00000565150 1900 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 FBXO41-205ENST00000521871 7336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 PLCH2-205ENST00000449969 5450 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 CCNJL-203ENST00000393977 3320 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 SLC25A36-201ENST00000324194 1301 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 SAMD4A-208ENST00000555192 1337 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 EIF4A3-201ENST00000269349 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 TRAF2-201ENST00000247668 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 PACS2-205ENST00000547217 2809 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 PDXP-202ENST00000403251 1571 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 CSHL1-203ENST00000346606 659 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AL161638.1-201ENST00000420354 481 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 FAM21FP-201ENST00000426241 1131 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 HIST3H2BA-201ENST00000436555 524 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AL139010.1-201ENST00000454878 894 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AC147067.1-201ENST00000466692 579 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 RN7SL399P-201ENST00000471648 279 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 ZNF767P-206ENST00000513792 565 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 ROPN1B-210ENST00000514116 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AC138028.3-201ENST00000561699 213 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 MIR3615-201ENST00000581999 87 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 TUBB6-203ENST00000586653 788 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AC020911.1-201ENST00000591038 578 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AL022328.1-201ENST00000610050 478 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 EVPLL-201ENST00000399134 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 MBOAT1-201ENST00000324607 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 UNC5B-201ENST00000335350 6841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 ADORA1-202ENST00000337894 2919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 LAT-203ENST00000395456 1616 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 C1QTNF6-202ENST00000397110 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 LRP3-201ENST00000253193 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 FDPS-201ENST00000356657 1478 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 KCNAB2-212ENST00000458166 1336 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 IGHA1-202ENST00000641837 1310 ntAPPRIS P5 BASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 CAPZB-204ENST00000375144 1568 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 TDP2-202ENST00000378198 2071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 IRF1-202ENST00000405885 2061 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 GRB10-208ENST00000403097 5432 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 NPBWR1-201ENST00000331251 2687 ntAPPRIS P1 BASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AL590627.1-201ENST00000626603 1910 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 RBM4-204ENST00000408993 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AGPAT3-201ENST00000291572 5546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 UROS-203ENST00000368786 1216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 KRTAP10-2-201ENST00000391621 1149 ntAPPRIS P1 BASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 MIR1247-201ENST00000408206 136 ntBASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 RPL7P3-201ENST00000441388 714 ntBASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AC018685.1-201ENST00000457813 368 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 POLR2F-208ENST00000470701 584 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 ACRV1-202ENST00000527795 782 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 EMC4-209ENST00000559421 497 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 GCHFR-206ENST00000561160 572 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AC011489.1-202ENST00000586556 618 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AC244517.4-201ENST00000624549 580 ntTSL 4 BASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AC006453.2-202ENST00000635968 827 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 LINC01660-203ENST00000618517 1859 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 SGO1-201ENST00000263753 2338 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 NFIC-203ENST00000443272 1716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 CRYM-201ENST00000219599 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 TMEM131-201ENST00000186436 6640 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 GAL3ST1-203ENST00000402321 1908 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 ALDH3A1-212ENST00000494157 1572 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 TAB2-209ENST00000637181 4230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 HNF1A-212ENST00000544413 2014 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 KCTD20-210ENST00000536244 5345 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL6A1P12109 PCGF6-202ENST00000369847 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66 ms