Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 EHMT1-203ENST00000460843 5137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 TACC1-202ENST00000317827 7802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 POFUT2-201ENST00000331343 4825 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 B4GALNT2-201ENST00000300404 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 SLC6A17-201ENST00000331565 6427 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 FBXO4-202ENST00000296812 1731 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 SERPINA4-202ENST00000555095 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 MRPL55-202ENST00000336300 722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 CSHL1-203ENST00000346606 659 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 HIST1H4J-201ENST00000355057 373 ntAPPRIS P1 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 FAM104B-202ENST00000358460 1179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 MRPL55-206ENST00000366732 722 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 NSL1-201ENST00000366976 722 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 THEMIS2-204ENST00000373927 1082 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 PABPN1L-201ENST00000411789 873 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 KCNQ1-AS1-201ENST00000440887 1084 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 AC139149.1-202ENST00000442532 783 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 AC026774.1-201ENST00000503652 691 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 LLPH-AS1-201ENST00000510317 623 ntTSL 4 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 RNA5SP412-201ENST00000516234 123 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 AC018653.3-202ENST00000538062 735 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 AC129510.1-201ENST00000579979 555 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 CACNA1A-247ENST00000637769 8648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 ARID5A-201ENST00000357485 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 FXYD6-204ENST00000526014 2171 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 TM6SF2-201ENST00000389363 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 F11R-202ENST00000368026 4835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 ENTPD6-209ENST00000433259 2654 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 UGP2-202ENST00000394417 2136 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 OLA1-201ENST00000284719 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 FAM208A-209ENST00000493960 5600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 RDH12-201ENST00000267502 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 EMC8-201ENST00000253457 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 PLAC9-201ENST00000372263 785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 SPEG-202ENST00000396686 1086 ntTSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 DMKN-204ENST00000408915 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 RNF183-202ENST00000416588 849 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 MOGAT3-203ENST00000440203 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 AC018685.1-201ENST00000457813 368 ntTSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 IFITM3-202ENST00000526811 543 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 AC008750.2-202ENST00000532688 729 ntTSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 AC087386.1-201ENST00000553658 572 ntTSL 4 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 RHOQP1-201ENST00000555758 579 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 RPSAP52-203ENST00000622976 1023 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 AC012317.2-201ENST00000623305 2251 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 WDR45-201ENST00000322995 1444 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 OR6D1P-202ENST00000641007 5290 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 PHRF1-205ENST00000533464 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 TUBBP5-201ENST00000290377 1563 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 TTBK2-208ENST00000622375 6891 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 SEMA6C-209ENST00000613223 1950 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 CD1E-212ENST00000368167 1458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 HACD3-206ENST00000565299 1465 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 TINF2-201ENST00000267415 1852 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 STK25-201ENST00000316586 4619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 AL355312.1-201ENST00000407115 2176 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 PGAP3-211ENST00000619169 2094 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 SPAG11B-203ENST00000359758 612 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 RBM8A-201ENST00000369307 796 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 MOGAT3-202ENST00000379423 933 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 TEN1-201ENST00000397640 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 ZNF527-203ENST00000483919 1142 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 C3orf67-212ENST00000491845 832 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 SSBP1-214ENST00000498107 636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 AC108142.1-201ENST00000505389 286 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 AC106786.2-201ENST00000506859 561 ntTSL 4 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 AC024267.1-201ENST00000582320 895 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 AL355974.2-201ENST00000614099 556 ntTSL 4 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 AL355974.2-202ENST00000617298 936 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 ACOXL-205ENST00000439055 2373 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 CHMP5-201ENST00000223500 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 ISLR2-210ENST00000565540 2780 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 GBA2-201ENST00000378088 1672 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 CCDC3-201ENST00000378825 2731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 H1FOO-201ENST00000324382 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 MDM2-215ENST00000428863 1037 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 RAB34-210ENST00000436730 863 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 ARPC1B-211ENST00000451682 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 POLR2F-208ENST00000470701 584 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 COQ7-202ENST00000544894 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 EMC4-209ENST00000559421 497 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 RN7SL190P-201ENST00000582519 257 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 AC020911.1-201ENST00000591038 578 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 ZFR2-208ENST00000592398 532 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CCDC9Q9Y3X0 AL354740.1-203ENST00000593917 424 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.8 ms