Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 SLC43A1-201ENST00000278426 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 NUDT4-202ENST00000415493 4839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 DKFZP434K028-202ENST00000536405 2466 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 RAC2-201ENST00000249071 1482 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 CCDC157-203ENST00000405659 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 PTOV1-219ENST00000601638 1413 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 FLAD1-203ENST00000315144 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 CLIP2-202ENST00000361545 5445 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 ING4-202ENST00000396807 1393 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 SLC39A13-202ENST00000362021 2296 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 CDAN1-201ENST00000356231 4637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 QSOX1-201ENST00000367600 2519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 HLA-A-202ENST00000376806 1854 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 TM4SF19-201ENST00000273695 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 CYB561D1-202ENST00000369868 1085 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 AC093423.3-201ENST00000370453 654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 CD164L2-203ENST00000374030 993 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 MEP1AP4-201ENST00000423244 1087 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 AL161785.3-201ENST00000435157 395 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 FKBP11-203ENST00000453172 959 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 AC091133.3-201ENST00000504865 432 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 AC008406.2-201ENST00000507058 532 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 AC025442.1-201ENST00000521596 481 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 AP001995.1-201ENST00000531784 1157 ntTSL 4 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 LINC01975-201ENST00000571890 549 ntTSL 4 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 AL162274.1-201ENST00000617191 1098 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 WT1-201ENST00000332351 3122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 PAK4-201ENST00000321944 2555 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 ALDH3B1-204ENST00000614849 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 PSEN2-211ENST00000626989 1972 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 CTSB-220ENST00000531089 1436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 WASF1-205ENST00000392587 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 DIABLO-204ENST00000413918 1859 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 C1QTNF1-208ENST00000580474 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 MEIS3-206ENST00000559524 1828 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 PALM-201ENST00000264560 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 AC138430.1-201ENST00000586064 5409 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 BEX4-202ENST00000372695 1328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 EXT2-202ENST00000358681 2997 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 HNF1B-201ENST00000613727 1546 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 WAC-205ENST00000375664 5924 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 AL133456.1-201ENST00000415655 577 ntTSL 4 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 AC140481.1-201ENST00000448777 706 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 AC011495.1-201ENST00000498085 584 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 IL32-211ENST00000525643 1272 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 IL32-213ENST00000528163 950 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 IL32-231ENST00000551513 791 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 ACAP1-208ENST00000574499 412 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 AC010327.1-201ENST00000587871 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 ELOF1-206ENST00000590700 585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 APH1A-203ENST00000369109 1713 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 RNF34-202ENST00000392464 1722 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 DMRT2-202ENST00000302441 1495 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 ARL6IP6-201ENST00000326446 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 SNX2-213ENST00000514949 2119 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 MEI1-215ENST00000540833 2326 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 PRR30-202ENST00000432962 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 TTLL10-202ENST00000379289 2259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 PPP1R16A-202ENST00000435887 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 PRDM5-212ENST00000515109 2259 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 PRR19-204ENST00000598490 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 CD1E-213ENST00000444681 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 AC079922.2-201ENST00000457336 2022 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 AVPR1B-201ENST00000367126 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 NR4A1-203ENST00000394824 2639 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 VGLL4-202ENST00000413604 1554 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 PEPD-202ENST00000397032 1754 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 DUSP18-206ENST00000407308 1978 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 FHL2-205ENST00000393353 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 MBD1-207ENST00000398488 1512 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 PHF20L1-203ENST00000337920 2311 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 HMGA1-204ENST00000401473 1887 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 SLC35F5-201ENST00000245680 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 TAAR5-201ENST00000258034 1014 ntAPPRIS P1 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 SPATC1L-202ENST00000330205 1182 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 LCE5A-201ENST00000334269 819 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 NAA10-201ENST00000370009 837 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 NAA10-203ENST00000370015 1002 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 FO393414.2-201ENST00000405153 598 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 RAB34-206ENST00000415040 1293 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 ACA64.2-201ENST00000459014 129 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 TMEM161B-AS1-212ENST00000513011 833 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 AC005520.2-201ENST00000556194 573 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 AC129507.1-201ENST00000570711 1013 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 AC004477.1-202ENST00000584428 539 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 AC005523.1-201ENST00000598782 418 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 SLC9A3-AS1-206ENST00000607005 435 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXC9P31274 ZSCAN10-207ENST00000575108 2247 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.9 ms