Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 CRTAC1-201ENST00000309155 1946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 DEK-201ENST00000244776 1441 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 ACTL9-201ENST00000324436 1426 ntAPPRIS P1 BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 OLFM1-201ENST00000252854 2591 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 SLX1A-SULT1A3-202ENST00000565342 2195 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 DCLK1-203ENST00000379892 2101 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 KRT84-201ENST00000257951 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 FBXO4-201ENST00000281623 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 ENTPD6-202ENST00000360031 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 POLR2I-201ENST00000221859 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 IFI27L1-201ENST00000393115 674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 SETD4-205ENST00000399208 1165 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 BRWD1P1-201ENST00000401091 371 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 MDM2-215ENST00000428863 1037 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 CSF2RBP1-201ENST00000447905 391 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AL121845.2-201ENST00000467211 252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AC104596.2-201ENST00000512793 793 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AC079336.2-201ENST00000578408 927 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 PIGL-212ENST00000581006 554 ntTSL 4 BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AC025048.3-201ENST00000590609 569 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AC008758.5-201ENST00000595562 617 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AC005702.4-201ENST00000618393 416 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 ABBA01031660.1-201ENST00000635219 756 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AL139099.5-201ENST00000635274 300 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AC006277.1-201ENST00000624348 1610 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 SERPINA4-202ENST00000555095 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 SCRIB-201ENST00000320476 5143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 FLOT2-202ENST00000394908 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 RNF144A-201ENST00000320892 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 ACSL6-201ENST00000296869 2561 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 THEG-201ENST00000342640 1877 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 SCP2-201ENST00000371509 1889 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 NFE2-202ENST00000435572 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 SNX33P1-201ENST00000592116 1762 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 MYZAP-201ENST00000267853 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 FAM49B-224ENST00000522941 1700 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 MCUR1-201ENST00000379170 5471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 EIF1B-AS1-206ENST00000631175 1303 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 PPM1M-202ENST00000323588 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 ADAMTSL1-202ENST00000327883 1864 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 PSMC5-209ENST00000580864 1552 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 TAAR5-201ENST00000258034 1014 ntAPPRIS P1 BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 MRPL55-215ENST00000366742 630 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AC062015.1-201ENST00000423838 1134 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 FO681548.1-201ENST00000455617 1132 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AC099548.2-209ENST00000480264 625 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AURKB-202ENST00000534871 1167 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 LINC01595-201ENST00000555406 639 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 LINC01887-202ENST00000584734 860 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 RETN-203ENST00000629642 400 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 TNK2-AS1-201ENST00000458180 2096 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 PRRT4-205ENST00000489835 2313 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 ICAM3-205ENST00000589261 2024 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 PFDN4-201ENST00000371419 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 DRG1-201ENST00000331457 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AC134043.2-201ENST00000624206 2238 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 RBM24-202ENST00000379052 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 APBB2-204ENST00000502841 1681 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 SNX16-201ENST00000345957 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 NFATC4-215ENST00000554661 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 URAHP-202ENST00000409873 1349 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 CYHR1-204ENST00000438911 2020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 MEN1-203ENST00000337652 3162 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 LRRFIP2-209ENST00000440230 1989 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 NPY-201ENST00000242152 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AL162431.1-201ENST00000434447 543 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 GOLGA2P4-201ENST00000441462 777 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 PMF1-BGLAP-203ENST00000490491 1007 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 CCKBR-202ENST00000525014 792 ntTSL 4 BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AGER-214ENST00000538695 487 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 TMEM219-203ENST00000561899 1249 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 APRT-204ENST00000563655 709 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AC124287.1-201ENST00000582249 838 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AC003070.2-201ENST00000589730 386 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 KLK15-203ENST00000596931 692 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 AGER-215ENST00000620802 737 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 KTN1-AS1-201ENST00000335142 1465 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 CD300LG-206ENST00000588884 1459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 MFGE8-201ENST00000268150 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 CALD1-204ENST00000417172 1915 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 TTLL3-209ENST00000426895 2767 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 SLC2A4-202ENST00000424875 1852 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 USP32-201ENST00000300896 5171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 KRT8P39-201ENST00000396270 1433 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 PHGDH-208ENST00000641023 2096 ntAPPRIS P1 BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 DPEP1-203ENST00000421184 1647 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 MAFF-201ENST00000338483 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
COL6A1P12109 B4GALT4-216ENST00000483209 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.1 ms