Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 HTR5BP-201ENST00000430851 1154 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 ADH5P3-201ENST00000433842 1137 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 PARD6G-203ENST00000470488 596 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 AC105202.1-202ENST00000522060 834 ntTSL 3 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 CFL1-202ENST00000524553 860 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 CALM1-205ENST00000553542 877 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 AP005233.2-201ENST00000561588 372 ntTSL 3 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 TBX18-206ENST00000606784 1230 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 TEX264-216ENST00000614067 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 AL161645.1-201ENST00000622716 1255 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 MSMO1-202ENST00000393766 1789 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 DNAJB8-AS1-201ENST00000471626 1798 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 KIFC2-201ENST00000301332 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 WASH6P-202ENST00000359512 1437 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 TLE2-202ENST00000426948 2406 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 TVP23B-201ENST00000307767 2064 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 AC026412.1-202ENST00000512335 2231 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 PROSER1-201ENST00000352251 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 ZNF580-202ENST00000543039 1707 ntAPPRIS P1 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 AL162311.3-201ENST00000555918 2867 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 SNAI2-201ENST00000020945 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 PPIC-201ENST00000306442 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 DNAAF2-202ENST00000406043 2819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 ICA1-201ENST00000265577 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 GOLGA2P3Y-201ENST00000416946 1653 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 AC005329.1-201ENST00000501448 3571 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 ZNF804A-201ENST00000302277 4690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 CLMAT3-201ENST00000510576 1973 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 UBQLN1-201ENST00000257468 2299 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 F3-201ENST00000334047 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 GUCY1B3-206ENST00000507146 2709 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 GPS1-202ENST00000320548 1949 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 LHCGR-203ENST00000403273 1921 ntTSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 AP000787.1-201ENST00000501356 1926 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 CCDC130-204ENST00000586600 1922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 ZBTB45-201ENST00000354590 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 COQ7-201ENST00000321998 2657 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 RHCE-201ENST00000294413 1591 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 RPN1-201ENST00000296255 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 TXNDC2-201ENST00000306084 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 NIM1K-201ENST00000326035 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 YBEY-201ENST00000329319 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 BAX-203ENST00000354470 433 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 FRMD4A-203ENST00000357447 6821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 YBEY-206ENST00000397701 744 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 AL049569.1-201ENST00000446261 636 ntTSL 3 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 AL669831.5-202ENST00000457084 566 ntTSL 4 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 EHMT1-216ENST00000493484 1182 ntTSL 3 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 AC087276.3-201ENST00000526220 787 ntTSL 3 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 AC092865.5-201ENST00000545435 363 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 AC107871.1-202ENST00000562767 3389 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 TNFRSF13B-203ENST00000579315 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 AC008761.1-201ENST00000595363 217 ntTSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 GPR42-202ENST00000597214 1182 ntAPPRIS P1 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 LINC01144-201ENST00000626198 1710 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 KDM4B-201ENST00000159111 5593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 FNDC5-201ENST00000373471 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 ORMDL3-201ENST00000304046 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 CHTF18-220ENST00000631357 3555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 PAAF1-205ENST00000535604 1695 ntTSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 SLC4A5-203ENST00000377632 3123 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 SARDH-205ENST00000422262 2367 ntTSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 NIPA2-201ENST00000337451 3233 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 ONECUT1-201ENST00000305901 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 CCDC116-203ENST00000607942 1913 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 C20orf166-AS1-201ENST00000412495 2302 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 TPD52L2-209ENST00000611972 2197 ntTSL 3 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 SYDE2-202ENST00000341460 5512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 ELN-221ENST00000445912 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 ADGRG2-202ENST00000354791 4494 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 FSTL3-206ENST00000592947 2144 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 AC010619.2-201ENST00000595815 1421 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 ASAP3-212ENST00000618240 2226 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 CTRC-202ENST00000375949 898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 JMJD7-203ENST00000408047 1192 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 GPX1P2-201ENST00000429271 606 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 AP000695.1-201ENST00000429588 893 ntTSL 3 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 AL671277.1-201ENST00000429656 993 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 PTGES3-204ENST00000448157 1017 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 KRT18P34-201ENST00000488218 1270 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 PMF1-BGLAP-203ENST00000490491 1007 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 LINC01485-205ENST00000523617 586 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 RARRES2P8-201ENST00000566335 367 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 SIGLEC7-205ENST00000600577 616 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 CITED2-204ENST00000618718 901 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 PHF23-202ENST00000454255 1662 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 GABRD-218ENST00000640949 1684 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 CHST11-205ENST00000549260 5696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 ILF3-203ENST00000449870 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 WWTR1-204ENST00000467467 1603 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 ZBTB45-202ENST00000594051 2541 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 SLC10A3-204ENST00000393587 1862 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 TLE6-202ENST00000452088 1883 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 YARS2-201ENST00000324868 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 PLEKHA2-208ENST00000616927 1748 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 SLC17A7-204ENST00000600601 2237 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 TAX1BP1-201ENST00000265393 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 HSPA1A-201ENST00000375651 2483 ntAPPRIS P1 BASIC19.02■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.4 ms