Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 FLAD1-203ENST00000315144 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SDC1P18827 FES-207ENST00000444422 2266 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SDC1P18827 ACSS1-201ENST00000323482 3680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SDC1P18827 EXT2-210ENST00000533608 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SDC1P18827 HNRNPA3-201ENST00000392524 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
SDC1P18827 CORO2B-201ENST00000261861 3569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SDC1P18827 CORO2B-204ENST00000566799 3566 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
SDC1P18827 BHMT2-205ENST00000521567 1537 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 MDGA2-202ENST00000399232 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 PXK-204ENST00000383716 3035 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 HNRNPLL-212ENST00000608859 3035 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 STARD7-201ENST00000337288 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 KDM4F-201ENST00000545950 1917 ntAPPRIS P1 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 WDR81-204ENST00000419248 3315 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 ARFIP2-203ENST00000423813 1430 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 ATXN2-201ENST00000377617 4702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 KRT73-201ENST00000305748 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 SIT1-204ENST00000618781 1317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 TMEM150B-201ENST00000326652 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 FNDC11-202ENST00000370098 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 HUS1B-201ENST00000380907 1025 ntAPPRIS P1 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 LINC01503-203ENST00000436710 901 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 MTRF1LP2-201ENST00000506027 1122 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 CCND3-213ENST00000510503 1257 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 ORAOV1-210ENST00000539414 817 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 OAZ1-202ENST00000582888 969 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 NKX3-1-201ENST00000380871 3271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 NSUN5-202ENST00000310326 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 ATP6AP2-225ENST00000637482 1648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 KHK-202ENST00000260599 2411 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 NSMF-205ENST00000371474 3571 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 NSMF-208ENST00000437259 3577 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 CACFD1-202ENST00000316948 2794 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 MINDY1-202ENST00000361738 1961 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 SEPT5-204ENST00000406395 1974 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 PEX6-202ENST00000304611 3478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 B3GNT8-201ENST00000321702 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 ATP6V0E2-201ENST00000421974 2605 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
SDC1P18827 TSPAN3-201ENST00000267970 6467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SDC1P18827 CYP4B1-203ENST00000371923 2110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SDC1P18827 SLC8A3-202ENST00000356921 5250 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SDC1P18827 AHSA2-202ENST00000394457 6574 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SDC1P18827 GRHPR-212ENST00000607784 1704 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SDC1P18827 URAHP-203ENST00000517889 1381 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SDC1P18827 ZNF517-202ENST00000525105 1383 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SDC1P18827 KIFC1-211ENST00000428849 2706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SDC1P18827 TTYH2-206ENST00000529107 2015 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SDC1P18827 MAGEA2-208ENST00000623438 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SDC1P18827 YY1-201ENST00000262238 6697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SDC1P18827 COL26A1-203ENST00000613501 2970 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SDC1P18827 RWDD4-201ENST00000326397 2641 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SDC1P18827 VWA2-203ENST00000603594 2600 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SDC1P18827 AADAT-201ENST00000337664 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SDC1P18827 C1QTNF1-208ENST00000580474 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SDC1P18827 MPPE1-211ENST00000588072 4236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SDC1P18827 FAM104A-202ENST00000405159 2865 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SDC1P18827 NRN1L-201ENST00000339176 710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SDC1P18827 DPM2-202ENST00000373110 738 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SDC1P18827 AL049795.1-201ENST00000373604 642 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SDC1P18827 CBX7-202ENST00000401405 784 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SDC1P18827 HFE-210ENST00000470149 1123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SDC1P18827 AC092910.1-201ENST00000482027 1129 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
SDC1P18827 PLA2G12A-202ENST00000502283 1189 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SDC1P18827 PTHLH-207ENST00000539239 890 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SDC1P18827 L2HGDH-205ENST00000555423 841 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SDC1P18827 ZFPM1-203ENST00000562437 502 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
SDC1P18827 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
SDC1P18827 MIR4515-201ENST00000584082 81 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
SDC1P18827 AL049840.3-201ENST00000602669 611 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
SDC1P18827 MIR7706-201ENST00000613747 67 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
SDC1P18827 JRK-211ENST00000615982 2823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
SDC1P18827 CCT2-202ENST00000543146 2189 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
SDC1P18827 ACAD9-201ENST00000308982 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
SDC1P18827 MBD4-203ENST00000429544 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
SDC1P18827 SCRIB-202ENST00000356994 5218 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
SDC1P18827 TAOK2-202ENST00000308893 5169 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
SDC1P18827 SUPT20HL2-201ENST00000486479 2409 ntBASIC15.77■□□□□ 0.11
SDC1P18827 ZMYND12-201ENST00000372565 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
SDC1P18827 VASP-201ENST00000245932 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
SDC1P18827 TUBB4A-201ENST00000264071 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AL121845.3-201ENST00000490623 3119 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
SDC1P18827 POR-218ENST00000461988 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AC105917.1-201ENST00000506637 2539 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 AC097376.2-201ENST00000608661 2510 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 TEAD4-202ENST00000359864 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 SLC29A1-205ENST00000371740 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 TLE2-203ENST00000443826 2238 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 YTHDF1-202ENST00000370339 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 EVC2-202ENST00000344408 4390 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 ARPC5-201ENST00000294742 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 ZDHHC4-206ENST00000405731 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 HMBS-209ENST00000537841 1559 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 GPD2-201ENST00000310454 6041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 SPTBN4-212ENST00000598249 8070 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 NEO1-206ENST00000558964 4441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SDC1P18827 DAPK1-202ENST00000408954 5892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.2 ms