Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 NOP16-209ENST00000618911 1087 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 OLA1-202ENST00000344357 1656 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 TCTN1-229ENST00000614115 1965 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 LMNA-208ENST00000448611 1943 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 CERCAM-202ENST00000372842 5201 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 AC138028.4-201ENST00000564984 1845 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 TCEA2-203ENST00000361317 1427 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 HYAL3-205ENST00000450982 1402 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 AC002310.1-201ENST00000457283 1445 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 RAB29-201ENST00000235932 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 NRG2-205ENST00000361474 3020 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 IFFO1-202ENST00000356896 2680 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.1
CCDC9Q9Y3X0 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 CLDN7-203ENST00000538261 1923 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 APOA5-203ENST00000542499 1929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 PHLDA2-201ENST00000314222 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 TMEM91-202ENST00000356385 944 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 MDP1-202ENST00000396833 582 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 WNT7B-203ENST00000410058 714 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 CNOT8-214ENST00000520671 923 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 AGER-214ENST00000538695 487 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 TMEM5-AS1-201ENST00000546214 563 ntTSL 4 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 AC007611.1-201ENST00000568150 826 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 SMIM22-202ENST00000586440 549 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 AGER-215ENST00000620802 737 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 ELP4-219ENST00000639878 1583 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 UBL3-201ENST00000380680 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 GALNT10-203ENST00000425427 4344 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 BPGM-202ENST00000393132 2051 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 CTD-3080P12.3-203ENST00000514376 1757 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 LINC00905-202ENST00000588117 1768 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 DAPK1-207ENST00000469640 5899 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 ACOT9-201ENST00000336430 1675 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 KANK3-201ENST00000330915 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 SGSM2-201ENST00000268989 4863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 ILVBL-209ENST00000534378 2067 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 ACSL6-201ENST00000296869 2561 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 CYB561D1-202ENST00000369868 1085 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN32-204ENST00000381121 999 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 SETD4-205ENST00000399208 1165 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 MORN2-204ENST00000409665 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 TMEM176B-202ENST00000429904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 AL121845.2-201ENST00000467211 252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 AC108725.1-201ENST00000495472 409 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 AC104596.2-201ENST00000512793 793 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 NDRG4-247ENST00000568640 1281 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 CLCNKB-204ENST00000619181 1544 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 PFN2-201ENST00000239940 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 ASB13-201ENST00000357700 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 IL17RC-201ENST00000295981 2621 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 NFATC4-215ENST00000554661 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 RPS9-207ENST00000441429 1600 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 PANX1-202ENST00000436171 2750 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 KRT8P12-202ENST00000472924 1397 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 TUBB1P2-201ENST00000422712 1306 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 TUBB1P1-201ENST00000503144 1300 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 RGS12-203ENST00000344733 5469 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 RNF19A-201ENST00000341084 4285 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 LBX2-201ENST00000341396 886 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 MS4A13-201ENST00000378185 808 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 ELK2AP-201ENST00000392510 1007 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 ROPN1-202ENST00000405845 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 ESPNP-202ENST00000414828 571 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 AC099336.1-201ENST00000417053 1171 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 Z82214.2-201ENST00000420269 531 ntTSL 4 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 FAM197Y5-201ENST00000423213 765 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 LINC01336-201ENST00000503568 534 ntTSL 4 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 USP32P1-208ENST00000506594 1164 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 AC005833.2-201ENST00000527518 1249 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 ACYP1-206ENST00000555694 565 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 AC013565.3-201ENST00000565547 450 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 AC004597.1-201ENST00000595525 561 ntTSL 4 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 AC233724.13-201ENST00000598383 410 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 RAB34-222ENST00000625712 994 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 AC006453.2-202ENST00000635968 827 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 CHRM2-201ENST00000320658 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 BEGAIN-211ENST00000637646 2911 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 CPEB2-204ENST00000382401 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 BCAT2-209ENST00000599246 1449 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 MRGPRX3-201ENST00000396275 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 HMOX2-217ENST00000619528 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 72.9 ms