Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 IRF1-211ENST00000613424 821 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 SYTL3-203ENST00000367081 2692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 ASTN2-205ENST00000361209 4622 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 TAF1B-201ENST00000263663 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 LINC00599-203ENST00000519461 2922 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 SUV39H1-202ENST00000376687 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 RANBP9-201ENST00000011619 3113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 PPP2R2B-206ENST00000453001 2569 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 HNF1A-212ENST00000544413 2014 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 LRRC42-201ENST00000319223 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 DNAJA3-201ENST00000262375 2763 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 AC087289.2-201ENST00000587267 1419 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 CHN1-205ENST00000409900 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 C2orf50-201ENST00000381585 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 PRR22-202ENST00000419421 1392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 PTP4A1-201ENST00000370651 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 CXADR-201ENST00000284878 6254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 AC006449.5-201ENST00000610658 2098 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 FLYWCH1-203ENST00000416288 4963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 RAB7A-203ENST00000482525 1589 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 AC091980.2-201ENST00000619056 2775 ntAPPRIS P1 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 CGREF1-206ENST00000405600 1346 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 SLC9A5-201ENST00000299798 3736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 IRAK1-204ENST00000393687 2049 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 CTSO-201ENST00000433477 2954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 PGAP3-201ENST00000300658 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 UNC5C-202ENST00000504962 1789 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 RAB23-202ENST00000468148 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 MFSD2B-202ENST00000406420 1528 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 LYPD5-203ENST00000594013 1519 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 RALGDS-205ENST00000393160 3801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 BX842568.4-201ENST00000421222 227 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 CTBP1-AS2-204ENST00000514984 533 ntTSL 4 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 C8orf46-213ENST00000521495 557 ntTSL 4 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 AHSA1-202ENST00000535854 1173 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 MARVELD3-206ENST00000567566 850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 IGHV3OR16-6-201ENST00000568775 360 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 IGFLR1-205ENST00000588992 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 AC010327.4-202ENST00000591484 748 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 HOTTIP_1.1-201ENST00000620415 57 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 C20orf181-201ENST00000623918 480 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 ADAM23-201ENST00000264377 6330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 AP000487.1-202ENST00000500185 2602 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 TBC1D4-202ENST00000377636 6364 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 B3GNT8-201ENST00000321702 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 MXD4-201ENST00000337190 4056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 NTNG1-203ENST00000370066 1443 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 NKAIN4-202ENST00000370313 1421 ntTSL 3 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 DCST1-201ENST00000295542 2279 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 C1orf43-201ENST00000350592 1610 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 SPATS2L-218ENST00000451764 2250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 PKLR-202ENST00000392414 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 LTK-204ENST00000561619 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 FOXA1-201ENST00000250448 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 DPP6-202ENST00000377770 3710 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 TMEM132E-201ENST00000321639 5631 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 GUCA1A-203ENST00000394237 2233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 MARVELD3-204ENST00000565261 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 FAM60A-203ENST00000454658 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 NR2C1-219ENST00000622476 1561 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 KAT7-213ENST00000510819 1769 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 SLC9A7-201ENST00000328306 3838 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 ACTR3-208ENST00000535589 1530 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 CACNA1A-225ENST00000636389 8137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 TMEM127-202ENST00000432959 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 SNX31-201ENST00000311812 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 SPACA4-201ENST00000321762 972 ntAPPRIS P1 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 NEK7-201ENST00000367383 586 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 AC116021.1-201ENST00000530049 653 ntTSL 3 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 OR10S1-201ENST00000531945 1121 ntAPPRIS P2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 SLC25A3P1-206ENST00000569142 925 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 TMEM97-205ENST00000583381 578 ntTSL 4 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 ZNF773-202ENST00000593916 548 ntTSL 3 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 MRPL34-205ENST00000600434 793 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 AC020765.3-201ENST00000613051 740 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 AC104581.1-203ENST00000640240 353 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 OR10S1-202ENST00000641123 1121 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 TRIM39-205ENST00000396551 3249 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 ELAVL2-208ENST00000544538 3789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 CDCA5-201ENST00000275517 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 MARCH1-203ENST00000503008 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 GLIS1-201ENST00000312233 2812 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 TACR2-202ENST00000373307 1740 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 FADS1-216ENST00000542506 1725 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 CTDP1-201ENST00000075430 3538 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 ARL14EP-201ENST00000282032 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 FAM227A-201ENST00000355830 2417 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 KRT12-201ENST00000251643 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 SRPX-201ENST00000378533 1874 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 FGFR2-207ENST00000359354 1680 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 SFRP2-201ENST00000274063 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 LRRN4-201ENST00000378858 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 DAP-201ENST00000230895 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 KLHL24-201ENST00000242810 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 SULT1A2-204ENST00000533150 1991 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 RPLP2-201ENST00000321153 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 CD82-202ENST00000342935 967 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 AL355306.1-201ENST00000415580 579 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
VPS54Q9P1Q0 PRR29-203ENST00000425164 1266 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 76.7 ms