Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

Predictions only

Length 660 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 DCAF17-202ENST00000375255 5828 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 GFRA2-208ENST00000524240 4921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 PSD4-201ENST00000245796 5188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 SLC26A1-202ENST00000398516 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 KLHDC8B-201ENST00000332780 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 AL596087.1-201ENST00000400979 1969 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 FOXP1-210ENST00000484350 1996 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 SYT5-207ENST00000590851 3619 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 WIZ-206ENST00000599686 3644 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 ZNF804B-201ENST00000333190 4659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 SMAP1-201ENST00000316999 2403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 SBF1-201ENST00000348911 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 POTEE-204ENST00000613282 1926 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 POTEI-202ENST00000615053 1926 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 NPHP4-211ENST00000622020 3004 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 PLTP-205ENST00000477313 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 HLA-DQB2-231ENST00000435145 2026 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 CDK18-201ENST00000360066 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 TTC29-201ENST00000325106 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 RANBP3-220ENST00000591092 1783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 INSL3-201ENST00000317306 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 AQP12A-202ENST00000429564 1110 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 AC068134.1-202ENST00000439072 356 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 PHGR1-201ENST00000448599 436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 RN7SL510P-201ENST00000581311 263 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 AC087645.2-201ENST00000586321 799 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 Z69720.1-201ENST00000601483 472 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 AC124016.1-202ENST00000609575 619 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 GNE-202ENST00000396594 5298 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 CNTNAP3-202ENST00000358144 4885 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 ABHD10-201ENST00000273359 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 CSNK1A1-202ENST00000377843 2559 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 HSFX1-201ENST00000370416 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 KCNQ2-204ENST00000359125 3253 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 GPSM1-205ENST00000440944 3633 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 TLX2-204ENST00000621092 1452 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 SUCLA2-201ENST00000378654 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 HSD11B1L-223ENST00000616276 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 SPCS2-201ENST00000263672 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 IRAK1-204ENST00000393687 2049 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 HAUS3-204ENST00000506763 3166 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 ETV4-205ENST00000545954 1775 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 DAGLA-201ENST00000257215 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 KIFC3-206ENST00000541240 3047 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 HYAL3-205ENST00000450982 1402 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 CD68-201ENST00000250092 1878 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 LTBP2-201ENST00000261978 8567 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 FOXI2-201ENST00000388920 3217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 LINGO1-201ENST00000355300 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 GUCA2A-201ENST00000357001 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 PFDN6-201ENST00000374606 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 CXorf40A-202ENST00000393985 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 VKORC1-205ENST00000394975 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 KRTCAP3-202ENST00000407293 942 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 AC068472.1-201ENST00000474589 881 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 STK32A-AS1-201ENST00000504297 863 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 AC091304.2-201ENST00000564639 760 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 RNF126P1-202ENST00000569893 925 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 CD1E-213ENST00000444681 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 KIAA1211-201ENST00000264229 4109 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 DNAJC5-201ENST00000360864 5213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 PRMT5-203ENST00000397440 1907 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 ULK4-203ENST00000420927 1904 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 THAP3-201ENST00000054650 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 C19orf68-203ENST00000614654 3588 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 AC010491.1-201ENST00000563101 2797 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 C14orf93-202ENST00000341470 2221 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 ATP6V1B2-201ENST00000276390 2875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 CDR2L-201ENST00000337231 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 BVES-202ENST00000336775 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 PPEF2-207ENST00000621010 1797 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 NIN-203ENST00000382041 6496 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 GSK3B-201ENST00000264235 7711 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
ZNF540Q8NDQ6 SLC25A37-206ENST00000519973 4823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.7 ms