Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 WT1-201ENST00000332351 3122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 SLC35E2B-204ENST00000614300 2156 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 NPM2-203ENST00000397940 1874 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 CCNA1-203ENST00000625767 1699 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 ALDH3A1-212ENST00000494157 1572 ntTSL 3 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 FAM174B-201ENST00000327355 2792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 AC005498.3-201ENST00000596587 2045 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 ABCB9-207ENST00000442833 2587 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 RHOT1-201ENST00000333942 3133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 CGREF1-205ENST00000404694 1376 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 REEP2-211ENST00000613650 1944 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 ABHD3-209ENST00000580981 1836 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 ARL6IP6-201ENST00000326446 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 YIF1B-201ENST00000329420 964 ntTSL 3 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 AC092809.2-202ENST00000436706 790 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 AL807752.3-201ENST00000456356 748 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 AC008481.3-201ENST00000585656 727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 AC005306.1-201ENST00000587498 661 ntTSL 3 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 AC005759.1-201ENST00000594805 855 ntTSL 3 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 AC093512.1-201ENST00000617969 520 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 TNIP1-211ENST00000521591 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 GUCD1-203ENST00000404664 1606 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 ALMS1P1-202ENST00000450720 1601 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 LINC00895-201ENST00000629028 1637 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 DOLK-201ENST00000372586 2090 ntAPPRIS P1 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 C1orf115-201ENST00000294889 3413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 MYB-205ENST00000367814 3302 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 RSBN1-205ENST00000615321 2418 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 MYH14-203ENST00000425460 6811 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 PHF20L1-203ENST00000337920 2311 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 U2AF2-201ENST00000308924 1698 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 PYCR2-201ENST00000343818 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 ZNF57-201ENST00000306908 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 NDRG2-204ENST00000360463 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 ZNF57-205ENST00000614108 2002 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 GALNT11-205ENST00000430044 2727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 TNXB-204ENST00000479795 2742 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 KDM6B-202ENST00000448097 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 AC090286.1-201ENST00000354432 1489 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 BORCS8-203ENST00000477565 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 RBCK1-202ENST00000356286 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 PC-204ENST00000524491 1714 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 SCLT1-205ENST00000503401 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 AES-201ENST00000221561 1884 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 AL391256.1-201ENST00000443260 1855 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 CENPM-201ENST00000215980 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 TPM2-201ENST00000329305 1018 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 CTRC-202ENST00000375949 898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 CD99-202ENST00000381180 530 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 WDR53-204ENST00000433160 887 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 SWI5-205ENST00000495313 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 AC020659.2-201ENST00000510176 585 ntTSL 4 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 AC090515.4-201ENST00000558042 450 ntTSL 3 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 AL138781.1-202ENST00000563018 775 ntTSL 3 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 LINC01225-203ENST00000563550 1244 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 AL138918.1-201ENST00000568306 659 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 FLYWCH2-203ENST00000572006 754 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 AC090241.2-202ENST00000602333 633 ntTSL 3 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 Z92544.3-201ENST00000624747 417 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 AC104581.1-203ENST00000640240 353 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 KDM5C-204ENST00000375401 6031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 HPCAL1-208ENST00000622018 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 MTDH-201ENST00000336273 6177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 HCRTR1-203ENST00000403528 2003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 DIABLO-206ENST00000443649 2250 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 ITGB7-202ENST00000422257 2791 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 PAPOLB-201ENST00000404991 4262 ntAPPRIS P1 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 TRIP10-201ENST00000313244 2153 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 AP001094.4-201ENST00000579008 2176 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 IL4I1-204ENST00000595948 2407 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 RRM2-202ENST00000360566 3673 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 CACNA1H-206ENST00000565831 7815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 MAP4K3-202ENST00000341681 4271 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 ABCF3-203ENST00000429586 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 DIP2A-204ENST00000457905 3044 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 ZNF446-201ENST00000335841 1889 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 DDX1-207ENST00000617198 2257 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 COL4A3BP-203ENST00000380494 5651 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 FGFBP1-201ENST00000382333 1359 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 RGS14-201ENST00000408923 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 OSBP2-211ENST00000446658 2836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 KCTD15-202ENST00000430256 2555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 LGI4-202ENST00000392225 2891 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 ZNF697-201ENST00000421812 5041 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 CAMKMT-204ENST00000407131 652 ntTSL 3 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 HLA-DRB6-201ENST00000411500 1235 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 AC018685.2-201ENST00000414065 547 ntTSL 4 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 OST4-203ENST00000456793 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 SLBP-205ENST00000488267 987 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 RPL8-207ENST00000528957 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A39P2-201ENST00000537614 270 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 RPL28-205ENST00000558131 444 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 SIGLEC29P-201ENST00000599873 1114 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 AL732314.4-201ENST00000627627 515 ntTSL 4 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 EVC2-202ENST00000344408 4390 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 SCAF8-201ENST00000367178 5057 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 ZNF451-203ENST00000370706 5268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CHMP3Q9Y3E7 MMEL1-201ENST00000378412 2849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 72.2 ms