Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 NETO1-201ENST00000327305 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 BRSK1-202ENST00000326848 2095 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 MZT1-201ENST00000377818 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 PDPK2P-201ENST00000382326 2387 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 TBX4-201ENST00000240335 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 TPM1-207ENST00000403994 1049 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 THPO-202ENST00000421442 1132 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 AC140481.1-201ENST00000448777 706 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 KRT223P-202ENST00000449164 1292 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 AL161781.2-201ENST00000509911 739 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 FAM86HP-203ENST00000511564 521 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 FAU-205ENST00000527548 538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 TMEM5-AS1-201ENST00000546214 563 ntTSL 4 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 AC123567.1-201ENST00000548294 1261 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 MIR4525-201ENST00000580000 75 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 AC011499.1-201ENST00000586012 581 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 B4GALT2-202ENST00000356836 2629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 KRT8P12-202ENST00000472924 1397 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 IL3RA-202ENST00000381469 1476 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 ATP5S-201ENST00000245448 1671 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 TCP1-203ENST00000420894 1671 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 BMP4-201ENST00000245451 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 SERPINA4-202ENST00000555095 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 PODXL-202ENST00000378555 2105 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 SLFNL1-205ENST00000439569 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 GOLGA6L2-204ENST00000567107 3030 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 OR52W1-201ENST00000311352 1114 ntAPPRIS P1 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 SLC2A6-202ENST00000371899 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 C1QC-202ENST00000374639 1183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 TGIF1-205ENST00000401449 1670 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 HCRTR1-203ENST00000403528 2003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 IFNL3-201ENST00000413851 656 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 MPL-202ENST00000413998 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 AL450998.2-201ENST00000418525 639 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 PARP15-202ENST00000464300 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 FGFR4-207ENST00000502906 2638 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 AC098859.1-201ENST00000502915 1238 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 SLC30A5-203ENST00000502979 681 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 FUZ-207ENST00000526575 482 ntTSL 4 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 NOP2-211ENST00000540228 668 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 IL32-232ENST00000552356 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 XRCC3-210ENST00000554974 575 ntTSL 4 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 ORC6-206ENST00000568364 888 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 AC139530.2-201ENST00000571730 1922 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 ERBB2-205ENST00000578199 2526 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 INPP5J-213ENST00000620191 2306 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 LRRC20-203ENST00000358141 2924 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 GYPC-202ENST00000356887 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 SPDEF-201ENST00000374037 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 SLC10A3-204ENST00000393587 1862 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 COTL1-201ENST00000262428 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 CPVL-202ENST00000396276 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 GABARAPL1-205ENST00000539170 1700 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 UBA6-AS1-201ENST00000498917 1445 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 KLHL22-201ENST00000328879 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 CCDC182-201ENST00000299415 832 ntAPPRIS P1 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 MRPS6-201ENST00000399312 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 AL162431.1-201ENST00000434447 543 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 GALT-202ENST00000450095 1280 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 USP32P1-208ENST00000506594 1164 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 AC012574.2-201ENST00000520375 443 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 AL096870.1-201ENST00000555591 930 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 AC106886.1-201ENST00000568660 600 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 CEP83-AS1-201ENST00000623122 2482 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 CHUK-201ENST00000370397 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 LRRTM1-202ENST00000409148 2126 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 CCDC183-201ENST00000338005 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 NFASC-205ENST00000403080 2462 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 RHCE-201ENST00000294413 1591 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 TVP23C-201ENST00000225576 1527 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 PNPO-201ENST00000225573 2256 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 PIMREG-201ENST00000250056 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 ACTL9-201ENST00000324436 1426 ntAPPRIS P1 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 AC005498.3-201ENST00000596587 2045 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 DOK5-201ENST00000262593 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 RHCE-206ENST00000413854 1198 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 HIST1H2BPS3-201ENST00000419683 341 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 MYCLP2-201ENST00000449268 967 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 FAM25G-201ENST00000452267 345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 AL356441.1-201ENST00000452618 492 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 RHOXF1P1-201ENST00000454625 772 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 AP002490.2-201ENST00000524791 560 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 RAB1B-202ENST00000527397 991 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 AC120498.3-201ENST00000568884 542 ntTSL 4 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 MIR4538-201ENST00000581377 78 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 AC005253.2-201ENST00000593791 432 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29 ms