Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL4

USP43, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 43, humanhuman

Predictions only

Length 1,123 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP43Q70EL4 FAM45BP-202ENST00000592932 1624 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 UBE3A-227ENST00000638011 8742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 DYDC2-206ENST00000444807 1173 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 ZNF346-205ENST00000506693 1276 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 GUCA1A-203ENST00000394237 2233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 ARNT2-204ENST00000527771 2458 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 SIX6-201ENST00000327720 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 FAM214B-202ENST00000378557 3070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 TNXB-208ENST00000611016 6083 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 ANO1-201ENST00000316296 2118 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 STEAP3-204ENST00000409811 2103 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 AL009178.2-201ENST00000597278 2719 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 SPAG1-202ENST00000388798 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 ZNF19-208ENST00000565637 2612 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 DHX36-201ENST00000308361 3487 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 FASTKD5-201ENST00000380266 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 DZIP1-203ENST00000361396 7418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 MAP3K4-202ENST00000366919 5397 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 USH1C-202ENST00000318024 2237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 SCAMP2-201ENST00000268099 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 PLD3-201ENST00000356508 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 CKMT2-202ENST00000424301 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 FADS2-201ENST00000257261 2964 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 PALLD-215ENST00000512127 2958 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 AC010642.2-201ENST00000634676 2413 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 SCP2-213ENST00000528311 1896 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 CREB3L3-201ENST00000078445 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 HNRNPA1-202ENST00000340913 1842 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 RAB40B-206ENST00000571995 3859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 EHHADH-203ENST00000456310 2577 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 AP2S1-202ENST00000352203 793 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 AC010655.4-201ENST00000462662 707 ntTSL 4 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 SPAG7-207ENST00000575142 1094 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 AP2S1-204ENST00000597020 707 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 DMRTC2-201ENST00000269945 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 IL11-201ENST00000264563 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 TDRD6-201ENST00000316081 6817 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 APOPT1-201ENST00000409074 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 AL139300.1-201ENST00000472726 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 ZNF84-202ENST00000392319 7020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 SHISA6-203ENST00000432116 7518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 MYADML2-201ENST00000409745 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 NR1H2-202ENST00000411902 1466 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 SATB2-206ENST00000457245 2656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 SLC30A5-202ENST00000396591 4360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 DAAM2-211ENST00000633794 3871 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 PRKX-201ENST00000262848 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 GNAO1-201ENST00000262493 3337 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 AC091100.1-201ENST00000558424 2354 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 NPAS2-201ENST00000335681 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 DYNLL2-201ENST00000579991 6805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 SCYL1-206ENST00000525364 2584 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 NRN1-201ENST00000244766 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 BCL9L-202ENST00000526143 5514 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 ATP2A2-204ENST00000539276 4094 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 AGPAT1-202ENST00000375104 2017 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 FUS-201ENST00000254108 5119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 ZMYND12-201ENST00000372565 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 TSPAN14-210ENST00000616406 2436 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 PCDHA10-201ENST00000307360 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 CCDC40-201ENST00000269318 1970 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 SLC6A9-204ENST00000372307 2162 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 DMPK-202ENST00000343373 3227 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
USP43Q70EL4 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.8 ms