Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 AMFR-201ENST00000290649 3600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 ACTG1-208ENST00000575087 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 SLC4A5-203ENST00000377632 3123 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 SH3TC1-202ENST00000382521 829 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 C22orf39-203ENST00000399568 1005 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 TMEM205-202ENST00000447337 916 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 KIRREL3-AS1-201ENST00000548204 586 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 AC008403.2-204ENST00000600650 1006 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 TFAP2B-202ENST00000393655 5773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 TEX264-202ENST00000395057 1555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 RASSF8-AS1-202ENST00000500276 2610 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 SMARCA4-201ENST00000344626 5392 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 PRKN-202ENST00000366892 1505 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 PICALM-219ENST00000532317 3474 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 SUFU-202ENST00000369902 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 IQCE-212ENST00000476665 2400 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 C2orf81-206ENST00000640868 2407 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 NOMO2-211ENST00000621364 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 STK32C-204ENST00000368622 2010 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 KLC2-203ENST00000394066 2591 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 SLC25A23-202ENST00000301454 3425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 CLDN14-204ENST00000399137 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 ELOVL7-205ENST00000508821 3994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 B3GNT3-202ENST00000595387 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 F11R-206ENST00000621309 4770 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 AC073957.2-201ENST00000549241 1562 ntTSL 4 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 HIST1H2BL-201ENST00000377401 488 ntAPPRIS P1 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 HNRNPA1P28-201ENST00000424481 961 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 RNF212-203ENST00000433731 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 AL121672.1-201ENST00000439423 1181 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 PDPK2P-202ENST00000562415 1191 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 COX5A-206ENST00000568783 571 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 WT1-AS_2.1-201ENST00000613208 137 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 TSC2-204ENST00000401874 5421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 ESR2-201ENST00000267525 1518 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 AC012569.1-201ENST00000591191 1524 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 AC004951.4-201ENST00000454572 2076 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 ST3GAL5-229ENST00000638986 2331 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 MAST3-201ENST00000262811 5896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 BCAT2-209ENST00000599246 1449 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 SYTL3-203ENST00000367081 2692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 SNX14-210ENST00000505648 3193 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 TUBA4B-203ENST00000490341 1380 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 AL162311.3-201ENST00000555918 2867 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 ZNF503-201ENST00000372524 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 DMTN-223ENST00000523782 2235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 LRRN4-201ENST00000378858 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 FALEC-201ENST00000416894 566 ntTSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 AF131215.3-201ENST00000532453 639 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 AP002770.1-201ENST00000540547 428 ntTSL 4 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 AL359317.2-203ENST00000557409 538 ntTSL 4 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 AC126696.3-201ENST00000563993 575 ntTSL 4 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 RPL27-206ENST00000589913 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 AL590999.1-203ENST00000606829 542 ntTSL 4 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 AL662799.1-201ENST00000630418 496 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 LINC01635-202ENST00000635097 1023 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 TRPC4AP-202ENST00000451813 3138 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 CHAD-201ENST00000258969 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 SLC22A5-203ENST00000435065 1746 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 SLC25A46-201ENST00000355943 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 HDAC8-206ENST00000373571 2133 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 PRMT2-208ENST00000451211 1878 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 SLC29A2-202ENST00000357440 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 SLC29A2-205ENST00000544554 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 RTEL1-TNFRSF6B-202ENST00000482936 4931 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 PIGT-207ENST00000543458 2037 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 MYH14-210ENST00000601313 6896 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 KCNB1-203ENST00000635465 4114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 TMC4-209ENST00000617472 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 DUOXA2-201ENST00000323030 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 CHAD-203ENST00000508540 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 HELZ2-202ENST00000427522 7827 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 RPS6KB1-203ENST00000406116 1982 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 GUCY1B3-206ENST00000507146 2709 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 FAM181B-201ENST00000329203 3924 ntAPPRIS P1 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 KCNMA1-261ENST00000639486 8850 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 KIAA1147-202ENST00000536163 7296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 ATG5-210ENST00000636437 2261 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 ACOT12-201ENST00000307624 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 AFF2-204ENST00000370458 1488 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 NPM2-209ENST00000521157 1484 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 CGREF1-201ENST00000260595 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 HELT-201ENST00000338875 1008 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 FNDC11-202ENST00000370098 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 CCNL2-202ENST00000408918 1186 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 TSPAN32-207ENST00000451520 1236 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 CR559946.1-201ENST00000453835 531 ntTSL 4 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 CDKN2A-209ENST00000498628 926 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 AC087641.1-201ENST00000557561 1021 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 AC040169.1-201ENST00000565382 521 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 SPATA33-208ENST00000568929 1264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 TMEM220-AS1-206ENST00000583343 876 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 ZEB1-AS1-206ENST00000606250 573 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS53Q5VIR6 FAM227A-201ENST00000355830 2417 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.3 ms