Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 SELENOF-208ENST00000616787 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 ADPGK-AS1-201ENST00000563592 2730 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 PITPNM1-201ENST00000356404 4225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 CBFB-202ENST00000412916 2971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 FFAR2-201ENST00000246549 2051 ntAPPRIS P1 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 OVOL1-203ENST00000532448 1774 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 BCAR1-201ENST00000162330 3221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 MAPRE1-201ENST00000375571 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 PRX-201ENST00000291825 5502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 TP73-AS1-203ENST00000423764 2875 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 WASH6P-202ENST00000359512 1437 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 NPTN-202ENST00000351217 2817 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 DUS3L-202ENST00000320699 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AP2A2-201ENST00000332231 4656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 OSBP2-202ENST00000401475 2468 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 ACYP2-203ENST00000406041 1913 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 TOP3BP1-201ENST00000420768 1380 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 ACP5-203ENST00000433365 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 HAS3-205ENST00000569188 2170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 MCM9-201ENST00000316068 2442 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 KIF26A-201ENST00000315264 6714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 LSP1-217ENST00000612798 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AC027796.3-201ENST00000572919 4753 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 CORO1A-208ENST00000565497 1348 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 PKD1P5-201ENST00000532415 10291 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AL162586.1-201ENST00000439298 2055 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 ADAMTS1-201ENST00000284984 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 CYP2W1-201ENST00000308919 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 ZNF414-202ENST00000393927 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 CABP2-201ENST00000294288 925 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 SPEM1-201ENST00000323675 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 HDAC8-202ENST00000373556 704 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 CXCL1-201ENST00000395761 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 BASP1P1-201ENST00000430708 665 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AL732437.1-201ENST00000442008 595 ntTSL 4 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AC108047.1-201ENST00000457407 404 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 PRICKLE2-AS1-203ENST00000476308 623 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AC125807.1-201ENST00000483097 614 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 RPS3A-212ENST00000514682 985 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 TMEM88-202ENST00000574668 510 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AL031055.1-201ENST00000606362 631 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AC247036.6-201ENST00000632950 410 ntAPPRIS P1 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 OBSL1-201ENST00000289656 2274 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 HSPA8-224ENST00000534624 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 HDAC5-201ENST00000225983 5326 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 TACSTD2-201ENST00000371225 2351 ntAPPRIS P1 BASIC16.27■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 ZFP1-208ENST00000568079 1426 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 APBA2-207ENST00000558402 4031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 SFRP1-201ENST00000220772 4492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 ADGRB2-203ENST00000398538 4675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 PPP1R16B-201ENST00000299824 6251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 NCAPH2-203ENST00000395701 2077 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 C17orf62-202ENST00000342572 1849 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 EED-202ENST00000327320 2033 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 B4GALT4-216ENST00000483209 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 MBOAT1-201ENST00000324607 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 ADARB2-203ENST00000381312 8421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC19-201ENST00000296326 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 GABARAPL1-201ENST00000266458 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 MEGF6-201ENST00000294599 4501 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 ADAMTS13-206ENST00000371929 4934 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 TCEAL3-203ENST00000372628 1221 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 RNU1-129P-201ENST00000384064 167 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 UGP2-202ENST00000394417 2136 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 MAPK15-202ENST00000395107 834 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AC107890.1-201ENST00000422478 521 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AC055876.3-201ENST00000431496 288 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 WASHC3-213ENST00000545679 865 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AC087641.1-201ENST00000557561 1021 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AC133550.1-201ENST00000563565 295 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AC026150.2-201ENST00000564693 1156 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AC091167.2-201ENST00000579581 588 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 U1.21-201ENST00000580816 167 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AC138761.1-201ENST00000584393 385 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 METTL23-202ENST00000586200 465 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 METTL23-212ENST00000590964 1006 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 MOB3A-209ENST00000592280 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AC011491.2-201ENST00000599584 447 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AC138649.4-201ENST00000612222 287 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 CKMT1B-215ENST00000627381 1074 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AL359644.1-202ENST00000637541 571 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 ZNF140-210ENST00000544426 2340 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 SRF-201ENST00000265354 4202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 FGFR3-208ENST00000481110 4217 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 KLK3-201ENST00000326003 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 BORCS8-203ENST00000477565 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 LINC02167-203ENST00000566900 1489 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 FAM129C-202ENST00000335393 2508 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 ORAI2-202ENST00000403646 2528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 CHEK1-202ENST00000427383 1670 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 SLC22A20-204ENST00000530038 1673 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 PFKFB3-215ENST00000536985 2094 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 SNAI3-AS1-202ENST00000563475 2081 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 KCNMA1-251ENST00000639090 4319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 RREB1-204ENST00000379938 8778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.3 ms