Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 KRT8-217ENST00000619952 2437 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 SUPT20H-203ENST00000360252 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 TRAF2-201ENST00000247668 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 MFGE8-201ENST00000268150 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 TUBG2-201ENST00000251412 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 C1QTNF1-208ENST00000580474 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 PRKACG-201ENST00000377276 1585 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 PDXP-202ENST00000403251 1571 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 PFDN4-201ENST00000371419 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 AC020915.1-201ENST00000413518 1469 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 MDP1-202ENST00000396833 582 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 TEN1-201ENST00000397640 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 AL139158.2-202ENST00000428151 573 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 KIF9-205ENST00000432493 633 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 RCHY1-210ENST00000513257 759 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 KXD1-204ENST00000595073 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 NFATC4-215ENST00000554661 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 IRF1-202ENST00000405885 2061 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 CABP7-201ENST00000216144 3259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 WRAP53-203ENST00000431639 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 WRAP53-204ENST00000457584 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 UVSSA-207ENST00000511216 2927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 APBB2-204ENST00000502841 1681 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 AAAS-217ENST00000550286 1652 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 WDR45-201ENST00000322995 1444 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 CD300LG-204ENST00000539718 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 OR10H1-201ENST00000334920 1124 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 VAPA-201ENST00000340541 1227 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 SS18L1-202ENST00000370848 1238 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 KLF2P4-201ENST00000451959 1225 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 AL139010.1-201ENST00000454878 894 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 AL121845.2-201ENST00000467211 252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 AP000943.3-201ENST00000536540 954 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 TIMM17BP1-201ENST00000545713 516 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 TBC1D16-205ENST00000572862 1141 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 AC079336.2-201ENST00000578408 927 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 ZSCAN30-208ENST00000592278 731 ntTSL 4 BASIC22.31■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 GLS-202ENST00000338435 4475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 DMRTC2-204ENST00000596827 1675 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 FDPS-201ENST00000356657 1478 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 TRIM7-204ENST00000393319 2320 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 VPS13B-201ENST00000355155 2822 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 GRAMD2B-219ENST00000544396 2822 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 SPAG7-201ENST00000206020 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 LBX2-201ENST00000341396 886 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 AC099336.1-201ENST00000417053 1171 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 AC103563.7-201ENST00000448734 478 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 AL353747.3-201ENST00000454185 579 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 RNA5SP412-201ENST00000516234 123 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 KLK15-203ENST00000596931 692 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 ELP5-214ENST00000574993 2209 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 PCCB-218ENST00000490504 1613 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 C1orf56-201ENST00000368926 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 HNF1A-212ENST00000544413 2014 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 PSMC5-209ENST00000580864 1552 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 RBM4-204ENST00000408993 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 ALDH3B1-208ENST00000617288 2078 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 SNURF-201ENST00000338327 331 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 PLA2G5-201ENST00000375108 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 TAGLN-202ENST00000392951 928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 SPEG-202ENST00000396686 1086 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 MORN2-204ENST00000409665 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 P3H2-AS1-201ENST00000412203 730 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 TAF8-204ENST00000456846 1293 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 AC008406.2-201ENST00000507058 532 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 AC008808.1-201ENST00000508923 432 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 C12orf57-206ENST00000544681 980 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 APRT-204ENST00000563655 709 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 AC124287.1-201ENST00000582249 838 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 AC244093.1-201ENST00000610837 814 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 RAB34-222ENST00000625712 994 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 ENTPD6-209ENST00000433259 2654 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 CMTM3-214ENST00000567572 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.4 ms