Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
HOXD9P28356 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC24.58■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC24.56■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC24.55■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC24.55■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
HOXD9P28356 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.7 ms