Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 HIST2H2BA-202ENST00000430394 752 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 AL355994.2-201ENST00000447882 704 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 DSCR3-207ENST00000476950 937 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 PARP8-218ENST00000513738 596 ntTSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 TROAP-207ENST00000548311 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 AC000032.1-201ENST00000562538 491 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 PAM16-204ENST00000571941 674 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 SNAP25-AS1-208ENST00000605592 556 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 PCSK7-201ENST00000320934 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 CALM1-216ENST00000626705 1341 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 CFLAR-208ENST00000423241 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 SPATS1-201ENST00000288390 1354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 AC020907.1-201ENST00000616460 1350 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 HPN-202ENST00000392226 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 SNX33P1-201ENST00000592116 1762 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 ACSL6-201ENST00000296869 2561 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 HACD3-206ENST00000565299 1465 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 TMPRSS5-207ENST00000540540 2001 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 RIMBP3-201ENST00000619918 6105 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 RTKN2-203ENST00000395260 2076 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 EVPLL-201ENST00000399134 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 ASB10-202ENST00000377867 1738 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 SMOX-205ENST00000379460 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 MAGEA12-203ENST00000393900 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 Z82214.2-201ENST00000420269 531 ntTSL 4 BASIC22.35■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 PMF1-BGLAP-203ENST00000490491 1007 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 AC026774.1-201ENST00000503652 691 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 AC104596.2-201ENST00000512793 793 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 IL32-215ENST00000529550 772 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 RCN1-210ENST00000532942 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 GNAL-204ENST00000535121 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 AC007611.1-201ENST00000568150 826 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 AC002985.2-201ENST00000601106 957 ntTSL 4 BASIC22.35■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 AC090164.4-201ENST00000632451 313 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 BEND4-203ENST00000611697 1348 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 MPP2-206ENST00000518766 1896 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 ENOSF1-209ENST00000580982 1397 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 GSKIP-201ENST00000438650 2140 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 EYA2-201ENST00000317304 1540 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 PDIA3P1-201ENST00000471856 1510 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 ALDH3A1-212ENST00000494157 1572 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 DPEP1-203ENST00000421184 1647 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 ZNF414-202ENST00000393927 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 QPRT-202ENST00000395384 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 EIF4A3-201ENST00000269349 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 ISY1-201ENST00000273541 1704 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 FAM49B-224ENST00000522941 1700 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 DTX4-204ENST00000532982 1708 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 NCR1-201ENST00000291890 1155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 NCR1-202ENST00000338835 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 NCR1-203ENST00000350790 739 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 C1QC-202ENST00000374639 1183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 MS4A13-201ENST00000378185 808 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 AC004945.1-201ENST00000416738 983 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 CTBP2P5-201ENST00000454986 1264 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 AC020659.2-202ENST00000512295 513 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 AC109479.1-201ENST00000519603 624 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 RORA-AS1-205ENST00000559824 761 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 CMTM3-212ENST00000566121 572 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 YIF1B-214ENST00000591784 940 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 EIF1B-AS1-206ENST00000631175 1303 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 ACTL9-201ENST00000324436 1426 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 DRG1-201ENST00000331457 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 BIN3-201ENST00000276416 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 FLT3LG-201ENST00000204637 1046 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 LDLRAD1-201ENST00000371360 785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 APOC3-202ENST00000375345 604 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 AC062015.1-201ENST00000423838 1134 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 LINC01336-201ENST00000503568 534 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 AC124947.2-201ENST00000547118 1133 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 AC087612.1-201ENST00000560238 658 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 AC025048.3-201ENST00000590609 569 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 AC005702.4-201ENST00000618393 416 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 AC093525.8-201ENST00000624099 1342 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 WSB2-202ENST00000441406 1353 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 DEK-201ENST00000244776 1441 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 GTPBP8-202ENST00000383677 1787 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 PLEKHA8P1-201ENST00000256692 1839 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 SGO1-201ENST00000263753 2338 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.5 ms