Protein–RNA interactions for Protein: Q9BXA9

SALL3, Sal-like protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,300 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SALL3Q9BXA9 TCF3-204ENST00000453954 3585 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SALL3Q9BXA9 MCM3AP-AS1-202ENST00000420074 1947 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
SALL3Q9BXA9 FAM53A-201ENST00000308132 2802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SALL3Q9BXA9 PTGDR2-201ENST00000332539 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SALL3Q9BXA9 AL596087.1-201ENST00000400979 1969 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
SALL3Q9BXA9 REM2-202ENST00000536884 1331 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SALL3Q9BXA9 LRRC42-201ENST00000319223 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SALL3Q9BXA9 AC006449.6-201ENST00000612330 2296 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
SALL3Q9BXA9 NFATC1-217ENST00000591814 4819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SALL3Q9BXA9 NTNG1-202ENST00000370065 1485 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SALL3Q9BXA9 GAL3ST1-203ENST00000402321 1908 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SALL3Q9BXA9 NDUFS2-202ENST00000392179 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SALL3Q9BXA9 ARHGAP22-201ENST00000249601 2751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SALL3Q9BXA9 PLEKHM2-201ENST00000375793 4004 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SALL3Q9BXA9 AJ239322.1-201ENST00000419362 2209 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SALL3Q9BXA9 CCDC181-206ENST00000491570 1652 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SALL3Q9BXA9 NR2C1-203ENST00000393101 1822 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SALL3Q9BXA9 HEYL-201ENST00000372852 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SALL3Q9BXA9 CGREF1-201ENST00000260595 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SALL3Q9BXA9 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SALL3Q9BXA9 C22orf39-203ENST00000399568 1005 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SALL3Q9BXA9 AC064807.1-202ENST00000423716 936 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SALL3Q9BXA9 POLD2P1-201ENST00000511220 997 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
SALL3Q9BXA9 C8orf46-213ENST00000521495 557 ntTSL 4 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SALL3Q9BXA9 KRT18P58-201ENST00000527480 1120 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
SALL3Q9BXA9 KRTAP5-9-201ENST00000528743 1136 ntAPPRIS P1 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SALL3Q9BXA9 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SALL3Q9BXA9 PRR30-202ENST00000432962 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SALL3Q9BXA9 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SALL3Q9BXA9 GNAS-212ENST00000371098 1719 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SALL3Q9BXA9 FHAD1-205ENST00000375997 1459 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 CAMKV-204ENST00000466940 1475 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 MTFR2-203ENST00000420702 1793 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 MFNG-201ENST00000356998 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 EYA2-208ENST00000497062 2384 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 TUBGCP2-202ENST00000368562 2685 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 KLC1-212ENST00000553286 3135 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 IL11-201ENST00000264563 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 ZMYM3-203ENST00000373981 1841 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 AL592424.1-201ENST00000563624 1536 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 BIRC7-201ENST00000217169 1368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 AL513523.2-202ENST00000427283 2040 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 C14orf93-202ENST00000341470 2221 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 DNAJC4-203ENST00000355040 759 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 HIST1H2BL-201ENST00000377401 488 ntAPPRIS P1 BASIC20.2■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 MCCD1P2-201ENST00000423228 335 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 CDKN2A-209ENST00000498628 926 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 MVB12A-211ENST00000529939 1091 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 AC090164.4-201ENST00000632451 313 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 AC092902.6-201ENST00000641783 218 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 SUV39H1-202ENST00000376687 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 NR2C2-201ENST00000323373 2406 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 CDC14A-202ENST00000361544 2417 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 AP001781.3-201ENST00000622211 2939 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 SLC19A2-202ENST00000367804 2976 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 ISG20L2-202ENST00000368219 2310 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 CCT2-202ENST00000543146 2189 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 ZNF281-203ENST00000367353 3080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 APH1A-203ENST00000369109 1713 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 SYBU-230ENST00000532779 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 CTSO-201ENST00000433477 2954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 GCFC2-202ENST00000409857 2516 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 SARAF-201ENST00000256255 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 FCN2-201ENST00000291744 1057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 AC006042.2-201ENST00000428660 568 ntTSL 4 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 AL451069.2-201ENST00000428814 297 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 FIS1-203ENST00000442303 631 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 KRT16P2-202ENST00000579062 563 ntTSL 4 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 IGFLR1-205ENST00000588992 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 AC091812.2-201ENST00000619081 385 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 CAND2-206ENST00000626378 333 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 UBE3D-208ENST00000626828 114 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 ASB7-202ENST00000343276 1694 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 FOXP1-218ENST00000498215 2400 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 AARSD1-202ENST00000427569 1322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 PSMC3-201ENST00000298852 1544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 PNCK-202ENST00000370142 1525 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 FOXO1B-201ENST00000504678 1527 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 PUS1-208ENST00000542167 2151 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 INTS11-247ENST00000540437 2629 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 AL591845.1-201ENST00000373137 1838 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 MAGEF1-201ENST00000317897 1636 ntAPPRIS P1 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 BID-201ENST00000317361 2495 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 SLC6A2-209ENST00000568943 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 CELF6-201ENST00000287202 3345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 ATP4B-201ENST00000335288 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 PDCD1-201ENST00000334409 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 S100A16-204ENST00000368706 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 AMACR-202ENST00000382068 862 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 SPDYE2-202ENST00000432940 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 SPDYE2B-201ENST00000436228 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 AL121672.1-201ENST00000439423 1181 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SALL3Q9BXA9 SPDYE5-201ENST00000455862 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.4 ms