Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 TOM1L2-203ENST00000395739 1766 ntTSL 2 BASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 SLC2A13-201ENST00000280871 7003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 PHLDA1-201ENST00000266671 8069 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 NEIL2-203ENST00000436750 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 CDC25B-204ENST00000379598 2990 ntTSL 2 BASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 SLCO4C1-201ENST00000310954 5334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 SLC5A7-202ENST00000409059 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 SNAPC1-201ENST00000216294 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 LYPLAL1-201ENST00000366927 1819 ntTSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 GPS1-226ENST00000623691 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 SIGIRR-203ENST00000431843 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 TSC22D4-201ENST00000300181 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 FSD2-202ENST00000541889 2356 ntTSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 MYO15B-237ENST00000642007 4893 ntBASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 LITAF-202ENST00000381810 1527 ntTSL 5 BASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 TERF1-201ENST00000276602 3268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 DUOXA1-201ENST00000267803 1996 ntTSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 AXIN2-202ENST00000375702 2541 ntTSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 CELF4-202ENST00000361795 1853 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 PSD2-201ENST00000274710 4513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 GBX2-203ENST00000551105 1307 ntTSL 1 (best) BASIC13.38□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 CANT1-211ENST00000591773 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 LYAR-201ENST00000343470 1569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 NF2-205ENST00000361452 5884 ntTSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 MAGEA2-207ENST00000620710 1947 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 IRF4-201ENST00000380956 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 DHRS4L2-203ENST00000534993 1450 ntTSL 3 BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 DENND4C-209ENST00000602925 6831 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 ZNF19-208ENST00000565637 2612 ntTSL 2 BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 RALGPS2-204ENST00000367635 5834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 AASDHPPT-201ENST00000278618 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 NTRK3-203ENST00000357724 2980 ntTSL 5 BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 ANXA11-203ENST00000422982 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 TAS1R1-201ENST00000333172 2892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 EDC3-202ENST00000426797 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 CDIP1-209ENST00000567695 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 MFRP-205ENST00000619721 3917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 VIPR1-204ENST00000438259 2427 ntTSL 2 BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 AC009154.2-201ENST00000621177 724 ntBASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 LINC00671-201ENST00000301683 1958 ntTSL 2 BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 ALPL-204ENST00000374840 2589 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 CXorf38-201ENST00000327877 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 MEG3-206ENST00000423456 1771 ntTSL 2 BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 B3GAT1-201ENST00000312527 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 CLU-215ENST00000523500 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 MYEF2-201ENST00000267836 2958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 ZNF302-207ENST00000505365 2955 ntTSL 2 BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 MRPL49-201ENST00000279242 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 CNDP2-201ENST00000324262 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 GPANK1-201ENST00000375893 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.37□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 GRK5-202ENST00000392870 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 MAMLD1-203ENST00000370401 4854 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 POU5F1B-201ENST00000465342 5360 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.36□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 SLC7A4-201ENST00000382932 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 SOD2-215ENST00000546087 2558 ntTSL 2 BASIC13.36□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 INPP5D-201ENST00000359570 5274 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 PRKAG1-217ENST00000552212 1497 ntTSL 2 BASIC13.36□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 QRFPR-202ENST00000394427 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 NFKBID-210ENST00000606253 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 GABRB2-202ENST00000353437 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 SIDT1-201ENST00000264852 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.36□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 KCND3-202ENST00000315987 2716 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 CLEC18B-201ENST00000339953 1865 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 CLEC18C-202ENST00000536907 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 SIX6-201ENST00000327720 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 GINS4-206ENST00000520710 2022 ntTSL 2 BASIC13.36□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 BLK-205ENST00000529894 2017 ntTSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 NOTCH4-201ENST00000375023 6745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 ITSN1-212ENST00000399367 5722 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
RPUSD4Q96CM3 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.36□□□□□ -0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50 ms