Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 IGSF8-201ENST00000314485 2343 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 ZGLP1-202ENST00000403903 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 MPP1-202ENST00000369534 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AC005915.1-201ENST00000624912 2018 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 DIXDC1-208ENST00000615255 4825 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 C6orf47-202ENST00000375911 2475 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 TLE2-219ENST00000591529 2483 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 IL34-202ENST00000429149 1779 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 BTBD11-205ENST00000490090 4614 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 BCAT2-209ENST00000599246 1449 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 LGI4-202ENST00000392225 2891 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 SLC12A2-208ENST00000628403 3617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 LBX1-AS1-201ENST00000430651 2553 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
MSX1P28360 OGFOD2-224ENST00000545612 1465 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
MSX1P28360 EMILIN3-201ENST00000332312 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AC021148.1-201ENST00000513652 1532 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
MSX1P28360 MINK1-202ENST00000355280 4961 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
MSX1P28360 HOXA10-202ENST00000396344 1570 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
MSX1P28360 MTMR14-203ENST00000353332 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
MSX1P28360 SEMA5B-202ENST00000357599 4792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
MSX1P28360 RNF165-204ENST00000587853 2011 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
MSX1P28360 NR6A1-205ENST00000487099 7031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
MSX1P28360 PACRGL-202ENST00000360916 2073 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
MSX1P28360 PRR15-201ENST00000319694 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
MSX1P28360 CKLF-204ENST00000362093 412 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
MSX1P28360 ICAM2-202ENST00000418105 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
MSX1P28360 TREML1-203ENST00000437044 647 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
MSX1P28360 TMEM205-202ENST00000447337 916 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
MSX1P28360 AC119403.1-201ENST00000520090 776 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
MSX1P28360 NR2C2AP-204ENST00000538165 891 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
MSX1P28360 AC005606.1-201ENST00000567515 504 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
MSX1P28360 ICAM2-208ENST00000579788 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
MSX1P28360 MIR3197-201ENST00000582241 73 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
MSX1P28360 AL590999.1-203ENST00000606829 542 ntTSL 4 BASIC15.33■□□□□ 0.04
MSX1P28360 WT1-AS_2.1-201ENST00000613208 137 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
MSX1P28360 GAK-222ENST00000618573 1248 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
MSX1P28360 LINC02536-201ENST00000625799 625 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
MSX1P28360 AC010507.1-201ENST00000633895 436 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
MSX1P28360 ZBTB22-207ENST00000418724 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
MSX1P28360 FAM131A-207ENST00000450976 1335 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
MSX1P28360 MTERF2-201ENST00000240050 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
MSX1P28360 ZNF644-201ENST00000337393 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
MSX1P28360 SBF2-AS1-201ENST00000498905 2709 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
MSX1P28360 DNM1-202ENST00000372923 3244 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
MSX1P28360 NEK3-206ENST00000611833 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
MSX1P28360 SMTNL2-201ENST00000338859 1919 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
MSX1P28360 HOXB6-203ENST00000484302 1960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
MSX1P28360 ZBTB10-203ENST00000430430 10132 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
MSX1P28360 TNKS1BP1-201ENST00000358252 5795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 ALDH3A1-212ENST00000494157 1572 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 THTPA-203ENST00000554789 1595 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 TRIM9-201ENST00000298355 5284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 GIT1-203ENST00000394869 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 DHCR7-201ENST00000355527 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 WDFY4-202ENST00000360890 2193 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 RRM2B-201ENST00000251810 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 TMTC2-201ENST00000321196 5681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 MUTYH-201ENST00000354383 1744 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 SLC10A3-202ENST00000369649 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 CORO6-202ENST00000388767 2397 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 PIGX-202ENST00000392391 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 CCM2-207ENST00000475551 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 ARMC12-201ENST00000288065 1169 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 CD82-202ENST00000342935 967 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 C6orf99-202ENST00000367073 769 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 SLC2A8-201ENST00000373352 914 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 SH3TC1-202ENST00000382521 829 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 PNMT-202ENST00000394246 821 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 FAM19A5-204ENST00000406880 833 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 CCNL2-202ENST00000408918 1186 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 AL645939.2-201ENST00000427340 991 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 DARS-AS1-203ENST00000438432 768 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 STARD13-205ENST00000439831 945 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 HLA-J-202ENST00000469281 1241 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 BATF2-204ENST00000527716 1230 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 CYB561D1-208ENST00000528785 1271 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 PXN-AS1-201ENST00000535200 1170 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 AC069503.2-201ENST00000546333 576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 AL359317.2-203ENST00000557409 538 ntTSL 4 BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 AC107982.2-201ENST00000577360 463 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 AP002472.1-201ENST00000577490 586 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 CYP2A7P1-201ENST00000595391 815 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 AQP6-205ENST00000618286 829 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 CLN3-255ENST00000637100 1284 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 ULK3-201ENST00000440863 2623 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 RAB40C-205ENST00000539661 2609 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 CRELD1-201ENST00000326434 1994 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 HOXB1-201ENST00000239174 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 RNF222-201ENST00000344001 2786 ntAPPRIS P1 BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 SEMA3B-204ENST00000433753 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 CCDC112-205ENST00000506442 2145 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 LRRC38-201ENST00000376085 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 CD9-203ENST00000382518 1556 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 SLC22A20-204ENST00000530038 1673 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
MSX1P28360 KCNQ2-215ENST00000629241 2853 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 PTGES3-201ENST00000262033 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.5 ms