Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 GPR152-201ENST00000312457 1429 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 PSMC3IP-202ENST00000393795 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 LBX2-AS1-201ENST00000548978 1852 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 USP27X-AS1-201ENST00000437322 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 DHRS1-201ENST00000288111 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXC9P31274 PANK2-209ENST00000621507 1763 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 DTX2-211ENST00000446600 2281 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 TTLL5-219ENST00000556977 1961 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 NR2C2-206ENST00000425241 2494 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 ZNF394-201ENST00000337673 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 FAM117B-201ENST00000392238 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 FENDRR-206ENST00000599749 2843 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 FLVCR1-AS1-201ENST00000356684 2525 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 TMEM120A-201ENST00000417509 1444 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 THOC7-201ENST00000295899 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 UBB-201ENST00000302182 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 PSMB9-207ENST00000374859 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 NPM2-202ENST00000381530 925 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 PSMB9-208ENST00000395330 792 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 LEPROTL1-202ENST00000442880 908 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 GNG4-205ENST00000484517 684 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 MEIS3P1-201ENST00000495167 958 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 FAM86HP-203ENST00000511564 521 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 OBP2A-206ENST00000539850 914 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 AC026471.2-201ENST00000569782 655 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 AC004233.1-201ENST00000570515 608 ntTSL 4 BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 AC015688.8-201ENST00000577746 656 ntTSL 4 BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 AC087645.2-202ENST00000586583 643 ntTSL 4 BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 AL358472.5-202ENST00000641448 1267 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 ZNF22-201ENST00000298299 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 RNF121-203ENST00000393713 2132 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 PPP1R9B-202ENST00000612501 4167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 NFE2-201ENST00000312156 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 SCP2-201ENST00000371509 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 DZANK1-202ENST00000329494 1389 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 AD000671.3-202ENST00000591091 1712 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 RIC8B-203ENST00000392839 2440 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 ANXA4-202ENST00000409920 1414 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 INPP5J-213ENST00000620191 2306 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 NADK-201ENST00000341426 3235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 CKLF-203ENST00000351137 508 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 ZUFSP-201ENST00000368573 1225 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 NDUFB8-202ENST00000370320 684 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 C11orf88-202ENST00000375618 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 C9orf24-204ENST00000379127 596 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 IGHV3-23-201ENST00000390609 432 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 CSHL1-204ENST00000392824 823 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 RBM39-205ENST00000397370 612 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 LINC00473-201ENST00000444465 798 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 AL033519.3-201ENST00000450618 595 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 SPATA8-AS1-201ENST00000558722 465 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 MRPS23-202ENST00000578444 580 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 AC005544.2-201ENST00000579138 229 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 SSH2-210ENST00000582084 560 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 PPP1R14A-203ENST00000587515 607 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 AC004790.1-201ENST00000612686 536 ntBASIC22■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 SDR16C5-201ENST00000303749 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 TMEM161A-206ENST00000587583 1654 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 PABPC1L-201ENST00000217073 1851 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 LRCH3-201ENST00000334859 2258 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 PGAP3-203ENST00000378011 2533 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 CD99P1-204ENST00000435581 2788 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 SLC39A7-202ENST00000374677 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 SFRP2-201ENST00000274063 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 BIN3-201ENST00000276416 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 PRRT3-202ENST00000411976 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 MAFK-201ENST00000343242 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 AL669831.5-201ENST00000434264 844 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 AL162431.1-201ENST00000434447 543 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 AL158198.1-201ENST00000449143 380 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 ZNF890P-202ENST00000530367 1156 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 API5-211ENST00000534695 560 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 CDK4-206ENST00000549606 558 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 RNA5-8SN1-201ENST00000610460 153 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 RNA5-8SN5-202ENST00000612463 153 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 Metazoa_SRP.112-201ENST00000613101 279 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 RNA5-8SN4-201ENST00000613359 153 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 RNA5-8SN5-201ENST00000619471 153 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 USH1C-205ENST00000527020 2159 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 TEAD3-204ENST00000639578 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 CCDC157-201ENST00000338306 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 SLC9A6-201ENST00000370695 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 CORO6-202ENST00000388767 2397 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 HAS3-205ENST00000569188 2170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 CD1E-212ENST00000368167 1458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 CDIP1-206ENST00000563507 1463 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 NFIX-209ENST00000587760 1487 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 HNF1A-212ENST00000544413 2014 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 KAT7-213ENST00000510819 1769 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 DDTL-201ENST00000215770 1545 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
HOXC9P31274 GPHB5-201ENST00000314140 393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.3 ms