Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 SASH1-201ENST00000367467 7711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 PRR22-202ENST00000419421 1392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 SYNRG-222ENST00000614941 3406 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 DPAGT1-203ENST00000409993 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 ALDH3A1-206ENST00000457500 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 ASTL-201ENST00000342380 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 PNMT-202ENST00000394246 821 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 MIPEPP3-202ENST00000424756 347 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 FAM58CP-201ENST00000435741 640 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 AL513480.1-201ENST00000451731 511 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 GSTK1-207ENST00000479303 1185 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 NMU-203ENST00000507338 658 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 AP000344.2-201ENST00000512987 629 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 AC112191.1-201ENST00000523689 701 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 AC027243.1-201ENST00000559539 758 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 OVCA2-201ENST00000572195 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 AC068594.1-203ENST00000581153 695 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 AC010776.2-201ENST00000588946 1081 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 ZNF773-202ENST00000593916 548 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 AC068137.2-201ENST00000605408 478 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 LINC01128-210ENST00000609139 455 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 AL078644.1-201ENST00000609881 752 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 CITED2-204ENST00000618718 901 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 UBE3D-208ENST00000626828 114 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 AL645728.2-201ENST00000641974 660 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 AC023824.1-201ENST00000562945 2975 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 ZSCAN10-202ENST00000538082 2350 ntTSL 4 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 PCDHB17P-201ENST00000539533 2393 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 PSRC1-201ENST00000369903 1710 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 HIST1H2BN-204ENST00000612898 1723 ntAPPRIS P1 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 STBD1-201ENST00000237642 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 KHNYN-202ENST00000553935 3359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 PBX3-204ENST00000373489 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 AL121761.2-201ENST00000598007 1648 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 WTAP-205ENST00000614346 1623 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 ELAC2-203ENST00000426905 2671 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 BECN1-201ENST00000361523 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 TAB2-209ENST00000637181 4230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 MAP3K6-201ENST00000357582 4136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 TTYH2-206ENST00000529107 2015 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 KLHL31-201ENST00000370905 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 FZR1-203ENST00000441788 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 SIN3B-206ENST00000595541 2767 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 SUSD4-208ENST00000494793 1833 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 PP12613-201ENST00000424958 2230 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 RANBP3-220ENST00000591092 1783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 PNRC1-202ENST00000354922 1345 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 FAM131A-207ENST00000450976 1335 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 RPL3L-201ENST00000268661 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 WDR74-204ENST00000525239 1736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 GALNT17-201ENST00000333538 3884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 TECR-201ENST00000215567 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 ROPN1L-201ENST00000274134 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 GABRB1-201ENST00000295454 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 CACNA1B-205ENST00000371363 9758 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 CPEB2-204ENST00000382401 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 AC002056.1-201ENST00000395613 760 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 DARS-AS1-203ENST00000438432 768 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 FAM153C-206ENST00000507848 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 FAM118B-206ENST00000529731 1028 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 AC005306.1-201ENST00000587498 661 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 FXYD1-208ENST00000589209 428 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 MRPL34-205ENST00000600434 793 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 SLC9A3-AS1-205ENST00000606319 477 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 FXYD1-211ENST00000612146 690 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 ORC5-208ENST00000626700 344 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 FAM238C-204ENST00000640224 1268 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 PSENEN-202ENST00000587708 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 DPY19L3-206ENST00000587077 2456 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 LTBP4-203ENST00000308370 4948 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 CXorf40A-209ENST00000441248 2411 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 ZNF514-202ENST00000411425 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 ABTB1-202ENST00000453791 1961 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 YIPF2-204ENST00000586748 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 FZD1-201ENST00000287934 6963 ntAPPRIS P1 BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 PTPN21-208ENST00000556564 6166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 DACT3-203ENST00000410105 3085 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 PLTP-202ENST00000372420 1530 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 HLA-F-218ENST00000376861 1544 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 C16orf89-201ENST00000315997 1872 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 ZNF302-202ENST00000446502 2635 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 RIMS4-201ENST00000372851 5203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 PRICKLE1-211ENST00000639566 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 PLEKHN1-201ENST00000379407 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 AP001094.4-201ENST00000579008 2176 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 FAM210A-201ENST00000322247 4340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 RPS6KA3-201ENST00000379565 7918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 GPR176-205ENST00000561100 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 RNPS1-203ENST00000397086 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 C2CD4A-201ENST00000355522 3445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 DNAAF1-201ENST00000378553 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 ADGRB2-201ENST00000373655 5400 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 SERHL2-203ENST00000340239 1315 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 RHD-207ENST00000454452 1303 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 ADGRA1-AS1-201ENST00000366099 3236 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.9 ms