Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 RARRES2P8-201ENST00000566335 367 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 FOSB-211ENST00000592436 1057 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 PGPEP1-209ENST00000604499 769 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 AC108010.1-201ENST00000605862 1107 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 AL096865.1-201ENST00000606796 927 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 NNAT-201ENST00000062104 1297 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 TOR3A-203ENST00000367627 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 CLDN7-203ENST00000538261 1923 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 C2orf81-202ENST00000612891 1902 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 TTBK1-201ENST00000259750 6932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 OPA3-202ENST00000323060 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 LRRC20-203ENST00000358141 2924 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 EPS8L2-205ENST00000526198 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 AC133548.2-201ENST00000568567 2605 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 LINC00671-201ENST00000301683 1958 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 RPS6KB1-203ENST00000406116 1982 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 KLC2-201ENST00000316924 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 YKT6-201ENST00000223369 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 C12orf40-202ENST00000405531 1656 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 HYAL3-207ENST00000621157 1696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 PPARD-202ENST00000337400 2041 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 GOLGA2P9-203ENST00000600260 2033 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 ADGRA1-202ENST00000392607 4283 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 PHF1-201ENST00000374512 2224 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 MOGS-205ENST00000452063 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 ASCC2-223ENST00000542393 2594 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 PLXNB2-214ENST00000614805 1387 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 NTRK2-206ENST00000376213 5560 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 UBE3D-203ENST00000369747 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 TEX264-202ENST00000395057 1555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 EGFEM1P-202ENST00000431685 1563 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 WASHC2C-204ENST00000374362 4623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 CCDC28B-202ENST00000421922 1415 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 LINC00029-201ENST00000370341 1631 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 HERPUD2-202ENST00000396081 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 CCDC157-203ENST00000405659 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 AC005332.8-201ENST00000622750 2735 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 PPFIA3-201ENST00000334186 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 SNHG11-201ENST00000359074 1031 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 BLZF1-202ENST00000367807 1295 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 UGGT2-202ENST00000376714 1233 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 HMGA1P7-201ENST00000406908 502 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 AL391845.1-202ENST00000449154 437 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 OST4-203ENST00000456793 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 LAMTOR4-206ENST00000473459 720 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 AC087276.3-201ENST00000526220 787 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 FGFR1OP2-206ENST00000546072 956 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 AC005498.2-205ENST00000593218 784 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 AC005759.1-201ENST00000594805 855 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 GRIFIN-202ENST00000614228 461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 UGGT2-212ENST00000621375 1004 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 AL161645.1-201ENST00000622716 1255 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 Z92544.3-201ENST00000624747 417 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 AC010507.1-202ENST00000633286 381 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 UGGT2-213ENST00000638479 1010 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 TMPRSS5-207ENST00000540540 2001 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 WDR53-201ENST00000332629 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 ENOSF1-202ENST00000340116 1658 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 ZNF500-202ENST00000545009 2440 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 ISG20-201ENST00000306072 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 NFAM1-201ENST00000329021 5602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 NR4A1-203ENST00000394824 2639 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 TRAM1-205ENST00000521425 3394 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 TIMM50-220ENST00000607714 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 LMNA-205ENST00000368299 2253 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 TAOK2-203ENST00000416441 4780 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 ZBTB46-201ENST00000245663 5185 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 ZFPL1-201ENST00000294258 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 EIF4E1B-201ENST00000318682 1974 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 ZBTB7C-201ENST00000535628 4818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 SNX17-210ENST00000537606 2400 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 OSGIN1-202ENST00000361711 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 PCBP4-203ENST00000428823 1835 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 AL023806.1-201ENST00000603994 1649 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 LIFR-202ENST00000453190 4253 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 KIF5C-201ENST00000435030 6931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 PHF20L1-201ENST00000220847 3297 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 FAM184B-201ENST00000265018 6622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 CENPM-201ENST00000215980 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 MRPL2-201ENST00000230413 899 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 C16orf92-201ENST00000300575 895 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 TCF20-203ENST00000404876 1058 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 KRT18P32-201ENST00000424695 1287 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 ITPA-203ENST00000455664 729 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 PTGES3-205ENST00000456859 957 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 AC067863.1-201ENST00000494933 530 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 GALNT9-208ENST00000541995 1001 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 TSFM-210ENST00000550559 897 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 FAM177A1-207ENST00000554052 540 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 DUX4L17-201ENST00000557360 1267 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 AC243562.1-201ENST00000560672 389 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 RAB3D-202ENST00000589655 924 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 PTPRS-208ENST00000590509 893 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 NR6A1-205ENST00000487099 7031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 CMTM3-214ENST00000567572 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 LMNA-202ENST00000361308 1713 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
CCDC3Q9BQI4 KLK6-202ENST00000376851 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.4 ms