Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 LRRC30-201ENST00000383467 923 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 Z98749.2-201ENST00000428294 700 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 ATG10-207ENST00000513443 978 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 AC079296.1-201ENST00000531592 560 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 AC020978.5-201ENST00000564147 533 ntTSL 4 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 NDRG4-247ENST00000568640 1281 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 SLC25A39-207ENST00000586016 1156 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 TAMM41-212ENST00000630288 607 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 ARHGEF4-206ENST00000428230 2172 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 DUSP14-204ENST00000613659 1559 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 MARK2-207ENST00000502399 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 DOLK-201ENST00000372586 2090 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 UNC119-204ENST00000470125 2050 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 CT62-201ENST00000449977 1825 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 FIBP-201ENST00000338369 1261 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 CSHL1-204ENST00000392824 823 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 DGCR5-201ENST00000399539 862 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 HEBP2-202ENST00000448741 661 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 FKBP11-203ENST00000453172 959 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 PTK7-212ENST00000476760 902 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 PIH1D1-209ENST00000596049 992 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 KLC1-202ENST00000334553 2524 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 UVSSA-207ENST00000511216 2927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 AL391256.1-201ENST00000443260 1855 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 DDX28-201ENST00000332395 2169 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 ADCYAP1R1-203ENST00000409363 1889 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 AC104407.1-201ENST00000511017 1568 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 RPS5-201ENST00000196551 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 TMEM176B-202ENST00000429904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 FAU-205ENST00000527548 538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 POLE2-203ENST00000553805 496 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 AL157392.3-207ENST00000601758 744 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 SRD5A3P1-201ENST00000603021 949 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 IFI27-210ENST00000616764 716 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 CCL4L2-214ENST00000617416 1258 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 IFI27-213ENST00000620066 719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 C14orf28-201ENST00000325192 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 INPP5J-205ENST00000404390 2215 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 STEAP3-204ENST00000409811 2103 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 DCAF4-201ENST00000353777 1940 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 KCNC2-203ENST00000393288 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 TSC22D3-203ENST00000372383 2266 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 FENDRR-206ENST00000599749 2843 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 RBM24-202ENST00000379052 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 SCNN1D-206ENST00000400928 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 GFY-201ENST00000576655 1876 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 ALDH3A1-205ENST00000444455 1771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 TGIF1-205ENST00000401449 1670 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 ZFAND6-211ENST00000559157 1559 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 FAM174A-201ENST00000312637 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 DNAJA4-206ENST00000446172 1399 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 TMEM161A-201ENST00000162044 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 HRCT1-201ENST00000354323 950 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 AL133456.1-201ENST00000415655 577 ntTSL 4 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 VAT1-202ENST00000420567 1069 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 RAMP2-202ENST00000587142 549 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 RAMP2-203ENST00000588576 573 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 MIR4321-201ENST00000592276 80 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 GNRHR2-204ENST00000604273 1078 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 PHOSPHO2-207ENST00000616524 1253 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 FBXW9-201ENST00000393261 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 NFATC1-210ENST00000587635 2195 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 FLVCR1-AS1-201ENST00000356684 2525 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 RNLS-201ENST00000331772 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 HSD17B7P2-202ENST00000494540 1401 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 PROC-201ENST00000234071 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 MCM3AP-AS1-202ENST00000420074 1947 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 ETV7-207ENST00000620358 1599 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP54Q70EL1 AC138969.3-201ENST00000546612 1459 ntBASIC22.02■■□□□ 1.11
USP54Q70EL1 AC138932.2-201ENST00000548268 1459 ntBASIC22.02■■□□□ 1.11
USP54Q70EL1 AC126755.4-201ENST00000549796 1459 ntBASIC22.02■■□□□ 1.11
USP54Q70EL1 TDH-201ENST00000525246 1357 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
USP54Q70EL1 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP54Q70EL1 CSF1-204ENST00000369802 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP54Q70EL1 CABP1-204ENST00000453000 1857 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP54Q70EL1 TEX12-201ENST00000280358 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP54Q70EL1 NXT2-202ENST00000372103 1085 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP54Q70EL1 GK-202ENST00000378941 458 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP54Q70EL1 KRTAP10-1-201ENST00000400375 1215 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP54Q70EL1 AP006294.1-201ENST00000415407 339 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
USP54Q70EL1 AL589987.1-201ENST00000453380 819 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
USP54Q70EL1 RN7SL837P-201ENST00000463010 287 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
USP54Q70EL1 TRAPPC6A-204ENST00000588062 695 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP54Q70EL1 AL109936.8-201ENST00000641772 604 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
USP54Q70EL1 KANK3-201ENST00000330915 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP54Q70EL1 MIEF2-204ENST00000395706 2441 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP54Q70EL1 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP54Q70EL1 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP54Q70EL1 GOLGA7-204ENST00000520817 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.6 ms