Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 ZFYVE19-203ENST00000355341 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 ZNF394-201ENST00000337673 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 SCOC-211ENST00000614192 1959 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 NADK-201ENST00000341426 3235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 KRCC1-201ENST00000347055 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 NPTN-202ENST00000351217 2817 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 TM2D3-207ENST00000559107 1353 ntTSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 IL12RB2-202ENST00000371000 2454 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 TMEM120A-201ENST00000417509 1444 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 BCAR1-201ENST00000162330 3221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 CLEC18C-201ENST00000314151 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 FBXO24-206ENST00000468962 1901 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 CLEC18A-208ENST00000568461 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 ANKRD2-203ENST00000370655 1451 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 ABCF3-203ENST00000429586 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 ERLEC1-201ENST00000185150 2433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 POLR1C-201ENST00000304004 1280 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 LCE1A-201ENST00000335123 422 ntAPPRIS P1 BASIC20.71■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 DBNDD2-205ENST00000372717 1207 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AL365255.1-202ENST00000413887 363 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 MRPS18AP1-201ENST00000414458 589 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AL627443.1-201ENST00000456477 1035 ntTSL 3 BASIC20.71■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 RAB30-AS1-202ENST00000526795 567 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 MTFR1L-218ENST00000526894 733 ntTSL 4 BASIC20.71■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 TATDN3-212ENST00000530441 492 ntTSL 3 BASIC20.71■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 BANF1P1-201ENST00000553684 263 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AC022167.4-201ENST00000570290 498 ntTSL 3 BASIC20.71■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 MARCH2-206ENST00000601283 747 ntTSL 3 BASIC20.71■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 LAMTOR5-208ENST00000614544 846 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AL138828.2-201ENST00000615812 383 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 HFE2-206ENST00000634927 506 ntTSL 4 BASIC20.71■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AC006974.1-201ENST00000637928 1501 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 DPF2-205ENST00000528416 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 MYOD1-201ENST00000250003 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 NMRAL1-201ENST00000283429 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 LYPLAL1-202ENST00000366928 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 SPDEF-201ENST00000374037 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 PACSIN2-203ENST00000402229 1883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 C8orf33-201ENST00000331434 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AC100757.3-201ENST00000622361 1406 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 PRODH-202ENST00000334029 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 CHRNA7-207ENST00000635884 1975 ntTSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 IRF3-217ENST00000597198 1741 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 PIGX-202ENST00000392391 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 GPAA1P2-202ENST00000606848 1787 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 LIM2-201ENST00000221973 983 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 PNKD-201ENST00000248451 758 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 PAGE5-201ENST00000289619 741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 HIST1H4J-201ENST00000355057 373 ntAPPRIS P1 BASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 MB-201ENST00000359787 1170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 HFE-208ENST00000397022 1280 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 MB-202ENST00000397326 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 MB-203ENST00000397328 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 FAM221A-202ENST00000409192 888 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 HNRNPA1P40-201ENST00000426371 1278 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 PAX5-207ENST00000446742 885 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 CD28-203ENST00000458610 705 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 OARD1-208ENST00000469104 704 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 HLA-J-202ENST00000469281 1241 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 HFE-214ENST00000488199 781 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 IGHV3-42-201ENST00000520410 361 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 AC027369.6-201ENST00000525520 931 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 AC004846.2-201ENST00000556578 777 ntTSL 3 BASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 LITAF-210ENST00000571976 548 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 LITAF-214ENST00000574703 486 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 AC116003.1-201ENST00000578340 536 ntTSL 3 BASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 SPDYE12P-201ENST00000618416 771 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 OARD1-216ENST00000628419 1188 ntTSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 TRAPPC3-210ENST00000617904 1305 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 PACS1-209ENST00000529757 1688 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 FAHD2B-202ENST00000414820 1388 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 AC005498.3-201ENST00000596587 2045 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 LIMS2-217ENST00000545738 1730 ntTSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 AL031731.1-201ENST00000642131 2094 ntBASIC20.69■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 CSF1-204ENST00000369802 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 LGI4-201ENST00000310123 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 KLC1-202ENST00000334553 2524 ntTSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 SDCBP2-202ENST00000360779 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 AMT-206ENST00000458307 1860 ntTSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 AP005717.1-201ENST00000500705 1899 ntTSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 ODF2-204ENST00000372814 2249 ntTSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 AC006538.1-201ENST00000567905 1585 ntBASIC20.69■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 IFT20-202ENST00000357896 974 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 AC236430.1-201ENST00000402231 743 ntBASIC20.69■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 AL353705.2-201ENST00000428243 662 ntBASIC20.69■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 TAGLN-206ENST00000530649 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 CSRP2-202ENST00000546966 754 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.69■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 AL391261.2-201ENST00000554907 773 ntTSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 HEXIM2-206ENST00000591576 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 ALKBH7-203ENST00000599849 556 ntTSL 3 BASIC20.69■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 AL133215.2-201ENST00000609242 977 ntBASIC20.69■□□□□ 0.9
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