Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 CDC42EP4-209ENST00000630622 240 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 LINC00963-208ENST00000454968 1403 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 ALDH3A1-205ENST00000444455 1771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 AL391256.1-201ENST00000443260 1855 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 CTSB-232ENST00000534510 1989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 TTLL10-201ENST00000379288 2114 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 SLFNL1-205ENST00000439569 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 SLCO6A1-201ENST00000379807 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 ACSL4-201ENST00000340800 5333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 ST8SIA5-201ENST00000315087 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 ASXL1-202ENST00000375687 7031 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 ZNF470-201ENST00000330619 7151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 ENOSF1-202ENST00000340116 1658 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 GPRC5C-201ENST00000342648 1273 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 PDLIM7-201ENST00000355572 977 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 MEAF6-202ENST00000373073 603 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 ARL13B-203ENST00000394222 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 PLA2G16-203ENST00000415826 1099 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 AL160408.2-201ENST00000436039 693 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 PTPRF-209ENST00000438120 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 IQCE-210ENST00000438376 2170 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 HYPK-202ENST00000442995 1051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 MOGS-205ENST00000452063 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 HLA-J-202ENST00000469281 1241 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 KRT18P34-201ENST00000488218 1270 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 AC019257.1-202ENST00000521498 445 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 GALNT9-208ENST00000541995 1001 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 WDR90-209ENST00000547944 1672 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 CDIP1-207ENST00000564828 1636 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 MARVELD3-204ENST00000565261 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 ERBB2-205ENST00000578199 2526 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 IL11-202ENST00000585513 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 FSTL3-207ENST00000605925 748 ntTSL 4 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 OPRK1-205ENST00000612786 5196 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 NCOA6-207ENST00000616167 3271 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 HNRNPH1-250ENST00000630639 123 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 PLA2G16-206ENST00000639271 957 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 OLA1-201ENST00000284719 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 PRR29-AS1-202ENST00000580942 2926 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 NPTN-202ENST00000351217 2817 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 EIF2AK4-201ENST00000263791 5499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 SMUG1-209ENST00000505128 2607 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 PAK4-201ENST00000321944 2555 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 MRFAP1-205ENST00000617365 2112 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 ADCYAP1R1-203ENST00000409363 1889 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 GJB3-201ENST00000373362 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 QRFPR-202ENST00000394427 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 PTHLH-202ENST00000395868 1674 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 CD9-203ENST00000382518 1556 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 ZNF804A-201ENST00000302277 4690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 CAMKV-204ENST00000466940 1475 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 BCL2L12-203ENST00000441864 1371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 PRKCD-201ENST00000330452 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 INSIG1-203ENST00000344756 2623 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 ZNF302-202ENST00000446502 2635 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 ITLN1-201ENST00000326245 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 C9orf116-202ENST00000371789 1278 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 PRUNE2-202ENST00000376713 1069 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 CRLF2-202ENST00000381567 1013 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 ITGB2-204ENST00000397846 422 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 DANCR-201ENST00000411630 904 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 DARS-AS1-203ENST00000438432 768 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 FAM118B-206ENST00000529731 1028 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 OR10S1-201ENST00000531945 1121 ntAPPRIS P2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 RIMS4-202ENST00000541604 1036 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 AC087386.1-201ENST00000553658 572 ntTSL 4 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 INO80E-210ENST00000567705 880 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 OR10S1-202ENST00000641123 1121 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 RSPH6A-201ENST00000221538 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 PCDHB17P-201ENST00000539533 2393 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 TRAF3IP1-201ENST00000373327 4279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 SMTNL2-201ENST00000338859 1919 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 PDCD5-203ENST00000419343 1799 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 ZBTB22-207ENST00000418724 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 MIER1-204ENST00000371012 2420 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 KIAA0895-208ENST00000440378 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 SNX14-210ENST00000505648 3193 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 SMIM10-201ENST00000330288 1536 ntAPPRIS P1 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 PSMD5-203ENST00000373904 1538 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 ARNT-212ENST00000515192 2892 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 MAP4K1-203ENST00000586296 1363 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 TMEM225B-202ENST00000431679 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 BCAR1-201ENST00000162330 3221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 ITPRIPL1-205ENST00000536814 1947 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 LTC4S-201ENST00000292596 666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 TCEAL3-203ENST00000372628 1221 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 MECP2-203ENST00000407218 1174 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 CHMP3-203ENST00000409225 1099 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 RPS8P6-201ENST00000426177 609 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 AL122058.1-202ENST00000426580 252 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 AC005020.2-201ENST00000455905 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 SPINK2-203ENST00000506738 763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CHMP4AQ9BY43 AL135744.1-201ENST00000565098 629 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.4 ms