Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 MTA1-201ENST00000331320 2876 ntTSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 GABBR1-205ENST00000377034 4527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 ELFN2-207ENST00000613079 8360 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 FGFR4-207ENST00000502906 2638 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 TNIP1-221ENST00000610874 2629 ntTSL 5 BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 PILRB-208ENST00000452089 2099 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 HLA-F-218ENST00000376861 1544 ntAPPRIS ALT2 BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 TRAF3IP1-202ENST00000391993 4003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 GALNT10-203ENST00000425427 4344 ntTSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 ZFP64-205ENST00000371518 1841 ntTSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 CLEC18B-206ENST00000620745 1847 ntTSL 5 BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 PBK-201ENST00000301905 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 NEK7-201ENST00000367383 586 ntTSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 SYS1-203ENST00000414310 795 ntTSL 3 BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 NKIRAS1-204ENST00000416026 795 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 BX276092.7-202ENST00000422194 696 ntTSL 3 BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 OST4-202ENST00000447619 458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 AC074386.1-202ENST00000463561 864 ntBASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 SWI5-205ENST00000495313 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 CXCL1P1-201ENST00000502804 216 ntBASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 HELT-204ENST00000515777 841 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 AC119403.1-201ENST00000520090 776 ntTSL 5 BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 STT3A-AS1-201ENST00000530526 429 ntTSL 3 BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 TMEM263-206ENST00000550344 925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 FAM227B-204ENST00000558594 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 AC023355.1-201ENST00000560323 752 ntTSL 3 BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 MIR3197-201ENST00000582241 73 ntBASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 AC023141.13-201ENST00000604991 943 ntBASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 SWI5-206ENST00000608796 906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 MAGIX-204ENST00000614074 778 ntTSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 AC091812.2-201ENST00000619081 385 ntBASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 SLC12A2-208ENST00000628403 3617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 KIF25-201ENST00000351261 1326 ntTSL 5 BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 ELOVL7-205ENST00000508821 3994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 PCDHA6-202ENST00000527624 2231 ntTSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 EIF3J-201ENST00000261868 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 GOLGA7-204ENST00000520817 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 KLK5-203ENST00000593428 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 XPO5-201ENST00000265351 5364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 DAGLB-202ENST00000425398 2044 ntTSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 TAP1-201ENST00000354258 2959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 SCNN1D-206ENST00000400928 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 TMEM155-202ENST00000394394 1753 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 KCNJ2-AS1-201ENST00000590966 2442 ntBASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 CFAP77-201ENST00000343036 1818 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 ALDH16A1-201ENST00000293350 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 ARNT-212ENST00000515192 2892 ntTSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 TMEFF2-201ENST00000272771 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 LUC7L2-202ENST00000354926 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 STX3-203ENST00000529177 1571 ntTSL 2 BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 AL590627.1-201ENST00000626603 1910 ntTSL 2 BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 C8orf33-201ENST00000331434 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 GPR149-201ENST00000389740 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 FAM184A-201ENST00000338891 4141 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 KLHDC8B-201ENST00000332780 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 UPK2-201ENST00000264031 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 CBX2-201ENST00000269399 1061 ntTSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 NDUFA3-201ENST00000303553 379 ntTSL 2 BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 GRHPR-201ENST00000318158 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 C6orf99-202ENST00000367073 769 ntTSL 5 BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 FAM24B-201ENST00000368896 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 MIR770-201ENST00000390219 98 ntBASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 ABHD11-203ENST00000395147 812 ntTSL 3 BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 WNT7B-203ENST00000410058 714 ntTSL 3 BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 TSEN15P1-201ENST00000423257 515 ntBASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 AL049612.1-201ENST00000427017 694 ntTSL 5 BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 LINC01503-203ENST00000436710 901 ntTSL 3 BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 PXN-AS1-201ENST00000535200 1170 ntTSL 2 BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 RIMS4-202ENST00000541604 1036 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 AC004449.1-201ENST00000564240 433 ntBASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 FXYD1-208ENST00000589209 428 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 ZNF773-202ENST00000593916 548 ntTSL 3 BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 AC092364.2-202ENST00000597012 1073 ntBASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 FXYD1-211ENST00000612146 690 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 AC007064.4-201ENST00000637740 555 ntBASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 TMEM50B-210ENST00000542230 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 BBS5-202ENST00000392663 3107 ntTSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 F12-201ENST00000253496 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 DPEP3-201ENST00000268793 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 FAF1-202ENST00000396153 6817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 ADCY1-202ENST00000432715 1693 ntTSL 2 BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 KIAA0895-208ENST00000440378 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 FOXS1-201ENST00000375978 1319 ntAPPRIS P1 BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 LINC00921-202ENST00000573951 2468 ntTSL 2 BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 LMNA-202ENST00000361308 1713 ntTSL 5 BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 STPG3-AS1-201ENST00000612170 1701 ntTSL 2 BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 NSMCE3-201ENST00000332303 4838 ntAPPRIS P1 BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 MSLNL-201ENST00000442466 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 NTRK2-207ENST00000376214 5608 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 DEPTOR-203ENST00000523492 1397 ntTSL 2 BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 LINC01148-201ENST00000557527 1763 ntTSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 DDX28-201ENST00000332395 2169 ntAPPRIS P1 BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 MAPKAPK3-208ENST00000621469 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
HOXD3P31249 MINK1-202ENST00000355280 4961 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
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