Protein–RNA interactions for Protein: O75161

NPHP4, Nephrocystin-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,426 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP4O75161 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 TBP-206ENST00000540980 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 P4HA2-201ENST00000166534 2230 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 KCNK7-201ENST00000340313 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 EFNA4-201ENST00000359751 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 MRPL55-215ENST00000366742 630 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 KRTAP10-2-201ENST00000391621 1149 ntAPPRIS P1 BASIC23.32■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 AC104596.2-201ENST00000512793 793 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 PLEKHA7-214ENST00000532079 565 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 C2orf69P2-201ENST00000562032 1123 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 KLK3-204ENST00000593997 1035 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 FOXRED2-203ENST00000397223 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 FBXO4-201ENST00000281623 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 WLS-202ENST00000354777 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 LSP1-202ENST00000381775 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 AC005865.2-201ENST00000505276 2303 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 CHMP5-201ENST00000223500 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 FN1-208ENST00000426059 2388 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 CIAPIN1-207ENST00000565961 1814 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 SLC2A4-202ENST00000424875 1852 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 AL592464.1-201ENST00000429389 429 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 AL391069.2-202ENST00000447795 622 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 PFN1P12-201ENST00000455938 534 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 LINC02205-201ENST00000559752 239 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 TSR1-204ENST00000576112 1290 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 AC079336.2-201ENST00000578408 927 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 AL391069.4-201ENST00000609583 481 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 OR2T27-203ENST00000641652 1285 ntAPPRIS P1 BASIC23.31■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 GABRB2-202ENST00000353437 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 RASAL2-AS1-202ENST00000421505 2329 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 GBA2-201ENST00000378088 1672 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 NKIRAS1-206ENST00000425478 2014 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 PRG2-202ENST00000525955 1367 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 PHYH-202ENST00000396913 1732 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 GSKIP-201ENST00000438650 2140 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 RDH12-201ENST00000267502 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 KTN1-AS1-201ENST00000335142 1465 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 TUBBP5-201ENST00000290377 1563 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 BFSP1-201ENST00000377868 2063 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 TAPBP-238ENST00000475304 1686 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 HIST1H4J-201ENST00000355057 373 ntAPPRIS P1 BASIC23.3■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 CBX7-202ENST00000401405 784 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 AL162726.2-201ENST00000438986 1017 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 RPL7P3-201ENST00000441388 714 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 AC106786.2-201ENST00000506859 561 ntTSL 4 BASIC23.3■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 CX3CL1-203ENST00000564948 563 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 AC024619.2-201ENST00000581964 517 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 AC024267.1-201ENST00000582320 895 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 C19orf70-206ENST00000590389 769 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 AC025048.3-201ENST00000590609 569 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 ZFR2-208ENST00000592398 532 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 KLK15-203ENST00000596931 692 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 AL022328.1-201ENST00000610050 478 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 AC005702.4-201ENST00000618393 416 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 AC108860.2-201ENST00000562760 2183 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 MADD-208ENST00000405573 1823 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 SLC22A12-201ENST00000336464 1854 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 ACP2-205ENST00000527256 1499 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 CD300LG-206ENST00000588884 1459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 SEMA6C-209ENST00000613223 1950 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 C1QTNF1-208ENST00000580474 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 PSENEN-202ENST00000587708 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 STX17-212ENST00000534052 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 NPY-201ENST00000242152 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 MRPL55-202ENST00000336300 722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 MRPL55-206ENST00000366732 722 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 RNF186-201ENST00000375121 1250 ntAPPRIS P1 BASIC23.29■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 LINC01248-201ENST00000458264 468 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 AC093904.1-201ENST00000474561 455 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 CCKBR-202ENST00000525014 792 ntTSL 4 BASIC23.29■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 AC010491.1-202ENST00000567048 528 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 LINC01233-203ENST00000601708 494 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 SLC25A36-201ENST00000324194 1301 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 UGP2-202ENST00000394417 2136 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 CCKAR-201ENST00000295589 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 NFATC4-215ENST00000554661 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC23.28■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 HARBI1-201ENST00000326737 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 DUSP18-206ENST00000407308 1978 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 MEAF6-202ENST00000373073 603 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 SNHG11-209ENST00000440918 556 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 RCHY1-210ENST00000513257 759 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 SNHG9-201ENST00000531523 275 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 AC087612.1-201ENST00000560238 658 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
NPHP4O75161 AC138028.3-201ENST00000561699 213 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.3 ms