Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 LINC00668-203ENST00000579012 605 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 AC009630.3-201ENST00000581909 729 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 UNC5C-202ENST00000504962 1789 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 RNF222-201ENST00000344001 2786 ntAPPRIS P1 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 ADGRB2-212ENST00000527361 4919 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 DPEP3-201ENST00000268793 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 AC012569.1-201ENST00000591191 1524 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD17-201ENST00000330838 7734 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 SWAP70-202ENST00000447399 3538 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 CLYBL-203ENST00000376355 6771 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 SETD3-202ENST00000331768 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 NPM2-209ENST00000521157 1484 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 MON2-203ENST00000546600 6130 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 NDUFB2-AS1-201ENST00000465466 1648 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 AC092053.1-201ENST00000605787 1936 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 METTL9-201ENST00000358154 3256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 NMRK2-201ENST00000168977 1126 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 PRORY-201ENST00000382764 878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 TEX264-202ENST00000395057 1555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 GGCT-205ENST00000409436 954 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 BSCL2-210ENST00000421906 1440 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 ACTG1P14-201ENST00000446382 1122 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 AC007364.1-201ENST00000449714 1022 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 AC005020.2-201ENST00000455905 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 LEPROTL1-203ENST00000518001 589 ntTSL 4 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 STX3-203ENST00000529177 1571 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 LINC00921-202ENST00000573951 2468 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 NMRK2-205ENST00000616156 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 COQ6-201ENST00000334571 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 RPAP3-203ENST00000432584 2133 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 ZFP64-205ENST00000371518 1841 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 DUS3L-202ENST00000320699 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 ZNF324-203ENST00000536459 5653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 SUZ12-201ENST00000322652 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD23-202ENST00000331001 2455 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 CROCCP1-201ENST00000426910 5675 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 SLCO4A1-202ENST00000370507 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 RASL11B-201ENST00000248706 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 NKAIN4-202ENST00000370313 1421 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 IFNL1-201ENST00000333625 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 FNDC11-202ENST00000370098 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 HMGA1P7-201ENST00000406908 502 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 PMS2P2-201ENST00000425039 1128 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 METTL21AP1-201ENST00000438852 635 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 SEC24B-AS1-201ENST00000499359 957 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 SEC24B-AS1-204ENST00000510971 554 ntTSL 4 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 TMEM33-208ENST00000513702 1092 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 LINC01485-205ENST00000523617 586 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 CD7-202ENST00000578509 925 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 BFSP1-201ENST00000377868 2063 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 ARL13B-203ENST00000394222 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 SIRT6-203ENST00000594279 1507 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 HARS-204ENST00000438307 1789 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 LILRA6-201ENST00000245621 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 SQSTM1-202ENST00000389805 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 DCAF17-211ENST00000539783 5623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 NR1H3-204ENST00000407404 1330 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 PCDH7-206ENST00000543491 4457 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 LRRC58-201ENST00000295628 7903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 KIAA0895-208ENST00000440378 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 SDCBP-201ENST00000260130 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 AL590627.1-201ENST00000626603 1910 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 FAM83G-202ENST00000388995 5266 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 ENOSF1-202ENST00000340116 1658 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 CBWD2-204ENST00000433343 1411 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 NF1-211ENST00000487476 2265 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 WAPL-202ENST00000298767 6333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 LOXL3-205ENST00000409986 2005 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 HEG1-201ENST00000311127 9156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 PHF19-201ENST00000312189 836 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 AC002056.1-201ENST00000395613 760 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 LINC00029-202ENST00000414668 1117 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 RFX3-AS1-201ENST00000423112 552 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 IQCF3-204ENST00000446775 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 NECAP2-208ENST00000504551 768 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 SEC24B-AS1-203ENST00000505895 800 ntTSL 4 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 AC013565.3-202ENST00000570120 460 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 FOSB-211ENST00000592436 1057 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 AC010615.2-202ENST00000597444 832 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 PTHLH-205ENST00000535992 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 SIRT6-214ENST00000601488 1361 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 SNAPC3-202ENST00000380821 5680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 TMCO1-207ENST00000580248 1735 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 LINC02012-201ENST00000608206 1725 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 WDR4-201ENST00000330317 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 FBP1-201ENST00000375326 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 IGSF11-209ENST00000491903 1487 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 AL353732.1-201ENST00000569618 1459 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 PARP6-220ENST00000569795 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 TMEFF2-201ENST00000272771 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 FAM9B-202ENST00000362066 2047 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 PAAF1-205ENST00000535604 1695 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CHMP3Q9Y3E7 NPTN-202ENST00000351217 2817 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71 ms