Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 ESR2-206ENST00000553796 1634 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 PNCK-202ENST00000370142 1525 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 RABGGTA-201ENST00000216840 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 DNAH14-206ENST00000400952 1984 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 FTCDNL1-204ENST00000622774 1997 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 AL671710.1-201ENST00000610245 2349 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 ZNF131-206ENST00000505606 3209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 SNRPF-201ENST00000266735 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 TMEM50B-210ENST00000542230 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 TNFRSF14-202ENST00000409119 896 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 ARL16-202ENST00000570561 768 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 TMEM97-205ENST00000583381 578 ntTSL 4 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 MRPL34-202ENST00000594999 555 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 SMUG1-209ENST00000505128 2607 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 AGXT-201ENST00000307503 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 ADAMTSL1-202ENST00000327883 1864 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 CHID1-215ENST00000528581 1431 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 MUM1-216ENST00000627377 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 NR2C2-206ENST00000425241 2494 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 FKBPL-201ENST00000375156 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 PGC-202ENST00000373025 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 LAT-203ENST00000395456 1616 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 BNIP2-212ENST00000607373 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 RTN4RL2-202ENST00000395120 582 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 PSMB8-203ENST00000395339 1025 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 KRTAP10-1-201ENST00000400375 1215 ntAPPRIS P1 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 SNHG17-203ENST00000417578 880 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 GPR53P-205ENST00000457298 1084 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 STMN4-207ENST00000523048 1224 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 AC004597.1-201ENST00000595525 561 ntTSL 4 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 AL133215.2-201ENST00000609242 977 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 ZNRF2-201ENST00000323037 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 F12-201ENST00000253496 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 KDM4F-201ENST00000545950 1917 ntAPPRIS P1 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 ARID5A-201ENST00000357485 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 CCNJL-203ENST00000393977 3320 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 AC020922.1-201ENST00000591954 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 SCNN1A-205ENST00000396966 2336 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 TNK2-AS1-201ENST00000458180 2096 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 ETV2-205ENST00000479824 1342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 PLEKHA2-208ENST00000616927 1748 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 SPNS1-202ENST00000323081 2102 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 XKR8-201ENST00000373884 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 AJUBA-202ENST00000361265 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 EYA2-201ENST00000317304 1540 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 HPCAL1-208ENST00000622018 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 AL590627.1-201ENST00000626603 1910 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 ILVBL-209ENST00000534378 2067 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 KCTD14-201ENST00000353172 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 FGFR2-207ENST00000359354 1680 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 TPM1-219ENST00000559397 1655 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 H2BFWT-201ENST00000217926 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 ATP6V0B-201ENST00000236067 944 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 AGER-204ENST00000375067 1250 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 SNRPB-201ENST00000381342 1154 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 HLA-H-201ENST00000383620 1096 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 PP14571-201ENST00000404327 934 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 CC2D2B-203ENST00000423344 1241 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 SNRPB-202ENST00000438552 1008 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 AL121753.1-201ENST00000444717 529 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 ATP6V0B-211ENST00000498664 825 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 TMEM161B-AS1-212ENST00000513011 833 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 DRAP1-208ENST00000532933 751 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 AL512361.1-201ENST00000554200 418 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 GABARAPL2-202ENST00000563744 791 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 PIMREG-202ENST00000570337 891 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 PIMREG-203ENST00000571373 1002 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 AC012615.6-204ENST00000587741 477 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 AC026803.2-201ENST00000599784 819 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 AC013467.2-201ENST00000605472 835 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 LAMTOR5-208ENST00000614544 846 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 AP001350.2-201ENST00000625104 1094 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 ZNF655-225ENST00000626122 705 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 AL031056.2-201ENST00000637957 1217 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 RPS6KA5-201ENST00000418736 2249 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 TEKT4P2-201ENST00000416067 1599 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 EI24-214ENST00000620753 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 SNX17-210ENST00000537606 2400 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 ACY3-201ENST00000255082 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 TUBB8P12-201ENST00000308911 1335 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 TUBB7P-202ENST00000428444 1305 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 TUBB8P7-204ENST00000567960 1332 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 IDH3G-212ENST00000619865 1339 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 SCARB1-203ENST00000415380 2731 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC16.96■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 CYP2W1-201ENST00000308919 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 MEG3-205ENST00000412736 1615 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 LUC7L2-202ENST00000354926 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 GSS-201ENST00000216951 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 CEP19-202ENST00000409690 2201 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 ZNF789-201ENST00000331410 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 SCARB1-208ENST00000544327 1812 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 GTF2H4-201ENST00000259895 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
COL4A3Q01955 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms