Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 RAB4B-EGLN2-201ENST00000594136 2554 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 RPL37AP1-201ENST00000412502 279 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 GNAQP1-201ENST00000444815 1067 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 CALML4-206ENST00000467889 987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 PIH1D1-209ENST00000596049 992 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 ZNF454-202ENST00000519564 2142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 GSDMD-206ENST00000526406 2496 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 PP12613-201ENST00000424958 2230 ntBASIC17■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 AP2A2-222ENST00000534328 1491 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 GDA-201ENST00000238018 2074 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 SF1-203ENST00000377387 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 ALDH3A1-212ENST00000494157 1572 ntTSL 3 BASIC17■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 AC104407.1-201ENST00000511017 1568 ntTSL 3 BASIC17■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 DHRS4L2-205ENST00000543805 1334 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 P2RY6-208ENST00000540124 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 RPS6KA1-204ENST00000374168 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 TRIM7-204ENST00000393319 2320 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 CMA1-201ENST00000206446 633 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 AGTRAP-202ENST00000376627 1055 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 MTND6P24-201ENST00000440466 518 ntBASIC17■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 TMEM14B-212ENST00000475942 992 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 NDUFAB1-205ENST00000570319 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 SLC25A39-207ENST00000586016 1156 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 AC021097.1-201ENST00000607902 574 ntBASIC17■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 IRF1-202ENST00000405885 2061 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 GMPR2-217ENST00000559104 1719 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 IRF3-217ENST00000597198 1741 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 IL18BP-207ENST00000404792 2172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 CD1D-201ENST00000368171 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 ABCC5-203ENST00000382494 1923 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 B4GALT4-216ENST00000483209 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 TTLL10-201ENST00000379288 2114 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 PDCD5-203ENST00000419343 1799 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 ZNF446-201ENST00000335841 1889 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 BORCS8-MEF2B-203ENST00000514819 1406 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 NFYC-210ENST00000425457 1536 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 HNF1B-201ENST00000613727 1546 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 TFAP2E-201ENST00000373235 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 GOSR2-202ENST00000393456 788 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 AFG3L1P-203ENST00000418696 2965 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 TMEM14DP-201ENST00000422205 345 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 TMEM120A-203ENST00000439537 1161 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 TGFA-205ENST00000444975 985 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 AC124944.1-201ENST00000448113 625 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 NUTM2A-AS1-212ENST00000458739 733 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 ACA64.2-201ENST00000459014 129 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 CHMP2B-205ENST00000494980 1175 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 MRNIP-212ENST00000520698 902 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 CLNS1A-210ENST00000528364 953 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 COQ6-210ENST00000554920 649 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 TP53TG3HP-202ENST00000569755 579 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 AP005482.2-201ENST00000587889 310 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 AL606495.2-201ENST00000605867 535 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 AL136531.2-202ENST00000617804 573 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 GPER1-207ENST00000619052 571 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 SH2B1-206ENST00000545570 1488 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 AC138969.3-201ENST00000546612 1459 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 AC138932.2-201ENST00000548268 1459 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 AC126755.4-201ENST00000549796 1459 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 LGI4-201ENST00000310123 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 AC073439.1-201ENST00000624121 1774 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 TVP23C-204ENST00000438826 1852 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 PCDHB18P-201ENST00000524813 2368 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 ZNF416-201ENST00000196489 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 LIPE-AS1-201ENST00000457234 1501 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 LIMS2-217ENST00000545738 1730 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 PABPC1L-217ENST00000537323 1910 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 AC092053.1-201ENST00000605787 1936 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 TLE2-217ENST00000590536 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 FAM222A-201ENST00000358906 2731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 CCDC120-206ENST00000603986 2379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 HHATL-201ENST00000310417 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 KRCC1-201ENST00000347055 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 MRPS30-202ENST00000507110 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 CTHRC1-201ENST00000330295 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 MFAP2-201ENST00000375534 970 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 FAM166B-201ENST00000399742 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 FBLN7-204ENST00000409667 1124 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 ARL6IP4-207ENST00000426960 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 AC020915.1-202ENST00000427361 922 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 MACROD2-AS1-201ENST00000439451 1230 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 INE1-201ENST00000456273 945 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 TMEM176A-202ENST00000461345 635 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 AC019257.1-202ENST00000521498 445 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 DRAM1-202ENST00000544152 1048 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 AC026471.2-201ENST00000569782 655 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 PRR29-204ENST00000577953 565 ntTSL 4 BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 NRG2-205ENST00000361474 3020 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 NR4A1-203ENST00000394824 2639 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 ZNF500-202ENST00000545009 2440 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 WLS-205ENST00000370976 2332 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 RASAL2-AS1-202ENST00000421505 2329 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL4A3Q01955 RBM17-201ENST00000379888 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.8 ms