Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 SYCE1-202ENST00000343131 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 FAM220BP-201ENST00000377689 816 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 AL353597.1-201ENST00000414875 998 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 FYCO1-203ENST00000438446 1072 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 TMPRSS11CP-201ENST00000453277 683 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 BANF1P1-201ENST00000553684 263 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 MPI-209ENST00000564003 1195 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 COX11-202ENST00000571584 1108 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 TMEM97-205ENST00000583381 578 ntTSL 4 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 AC011476.2-201ENST00000585492 1271 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 CHID1-215ENST00000528581 1431 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 SH2B1-206ENST00000545570 1488 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 ALDH3A1-212ENST00000494157 1572 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 C10orf107-201ENST00000330194 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 GMPR2-217ENST00000559104 1719 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 SMTNL2-201ENST00000338859 1919 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 AC092068.3-201ENST00000587894 2016 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 SGO1-201ENST00000263753 2338 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 FMR1-205ENST00000370475 4308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 DDT-201ENST00000350608 671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 LCE3E-201ENST00000368789 611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 MEAF6-202ENST00000373073 603 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 MRPL28-202ENST00000389675 865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 FBLN7-204ENST00000409667 1124 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 SNHG17-203ENST00000417578 880 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 SHBG-204ENST00000441599 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 PAX5-207ENST00000446742 885 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 AL606760.1-201ENST00000458151 1181 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 SLC25A30-AS1-201ENST00000506633 701 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 SPTSSB-204ENST00000617024 1292 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 AC063926.2-201ENST00000623766 1308 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 ESR2-206ENST00000553796 1634 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 FAM49B-202ENST00000517654 1817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 SORCS3-201ENST00000369699 5530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 ANKRD20A5P-207ENST00000581935 2089 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 MUS81-215ENST00000533035 2180 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 ASB16-AS1-201ENST00000585457 2213 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 AC068880.1-201ENST00000507289 2297 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 EXOC5-201ENST00000340918 2632 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 APCDD1-201ENST00000355285 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 KCNQ2-215ENST00000629241 2853 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 FAM178B-204ENST00000490605 2710 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 SCNN1A-205ENST00000396966 2336 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 ASAH1-231ENST00000636577 2129 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 MRPS30-202ENST00000507110 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 MKRN3-203ENST00000568252 1312 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 HNRNPA3P1-201ENST00000401429 1139 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 AC091729.2-201ENST00000415656 302 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 GAPDHP21-201ENST00000450301 1010 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 AC009477.1-201ENST00000452936 217 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 HNRNPA3P5-201ENST00000455201 833 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 KBTBD4-203ENST00000525720 980 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 TOMM5-205ENST00000544379 635 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 COQ9-214ENST00000567933 882 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 NDUFAB1-205ENST00000570319 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 SPDYE22P-201ENST00000582158 798 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 AC006116.8-201ENST00000587004 987 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 LINC01775-201ENST00000587826 371 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 HEXIM2-206ENST00000591576 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 FGFR4-202ENST00000393637 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 GOLGA2P9-201ENST00000596977 1937 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 GPR137-212ENST00000539851 1843 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 ADORA1-202ENST00000337894 2919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 AC100830.1-201ENST00000560387 1609 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 NR4A2-210ENST00000429376 1571 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 ZDHHC9-202ENST00000371064 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 JMJD4-207ENST00000620518 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 PRMT1-202ENST00000454376 1327 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 TRIP10-201ENST00000313244 2153 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 ASMT-201ENST00000381229 1087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 BLCAP-202ENST00000397131 633 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 BLCAP-203ENST00000397134 566 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 CHMP4A-204ENST00000530996 967 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 PPHLN1-221ENST00000552761 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 AC009118.2-201ENST00000613275 655 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 GYG1-201ENST00000296048 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 PMEPA1-202ENST00000341744 4845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 ARL13B-203ENST00000394222 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 PNCK-202ENST00000370142 1525 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 SPNS1-202ENST00000323081 2102 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 C3orf18-201ENST00000357203 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 NECAB2-203ENST00000565691 2064 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 FBXO22-202ENST00000453211 1486 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 AL031658.1-201ENST00000449519 2013 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 RPS6KA1-204ENST00000374168 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 EIF4E1B-201ENST00000318682 1974 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 RSPH6A-201ENST00000221538 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 C1orf159-204ENST00000379339 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 ZNF200-202ENST00000396870 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 TRMT6-201ENST00000203001 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 FAM19A3-202ENST00000369630 1282 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 ADM2-201ENST00000395737 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29 ms