Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 RGS20-201ENST00000276500 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 FKBPL-201ENST00000375156 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 CHID1-215ENST00000528581 1431 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 SIRT6-201ENST00000305232 1506 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 AC138932.1-201ENST00000534164 6830 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 PAGE5-201ENST00000289619 741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 CCDC182-201ENST00000299415 832 ntAPPRIS P1 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 SPDYE19P-201ENST00000338590 713 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 PXMP4-202ENST00000344022 989 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 ING1-204ENST00000375775 1074 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 AQP7-204ENST00000379506 1062 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 RASL12-203ENST00000434605 982 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 LINC00229-201ENST00000443783 500 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 AL356489.1-201ENST00000449144 1144 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 KRT18P34-201ENST00000488218 1270 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 IL32-232ENST00000552356 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 GABARAPL2-202ENST00000563744 791 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 PIMREG-202ENST00000570337 891 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 PIMREG-203ENST00000571373 1002 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 MPDU1-223ENST00000582151 728 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 AL512343.1-201ENST00000605837 169 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 LAMTOR5-208ENST00000614544 846 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 AL136531.2-202ENST00000617804 573 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 AHRR-209ENST00000512529 1912 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 PRRT3-202ENST00000411976 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 CLPB-212ENST00000543042 2133 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 CTTN-203ENST00000376561 2247 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 PODN-203ENST00000395871 2744 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 AMIGO1-202ENST00000369864 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 AP001626.1-201ENST00000424890 2854 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 LINC00896-202ENST00000609602 2128 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 PHLDA1-202ENST00000602540 5741 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 KIAA0907-201ENST00000368319 1155 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 PRAF2-201ENST00000376386 801 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 MPV17-203ENST00000380044 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 AL513303.2-201ENST00000413339 536 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 COPS6-202ENST00000418625 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 LINC00116-202ENST00000426713 461 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 RN7SL837P-201ENST00000463010 287 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 SLC35B4-204ENST00000470969 1033 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 DOC2GP-202ENST00000514950 1163 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 AC012574.2-201ENST00000520375 443 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 KLK15-201ENST00000326856 1389 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 KLK3-201ENST00000326003 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 PSENEN-202ENST00000587708 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 QKI-205ENST00000392127 7911 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 PML-221ENST00000569965 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 CCDC28B-202ENST00000421922 1415 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 LINC01301-205ENST00000531654 1347 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 MBD4-202ENST00000393278 1684 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 TMEM161A-206ENST00000587583 1654 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 GCFC2-202ENST00000409857 2516 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 DMRT2-202ENST00000302441 1495 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 TM9SF1-206ENST00000528669 2425 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 HOPX-203ENST00000381255 1164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 DGCR6-202ENST00000413981 1039 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 ZNF815P-202ENST00000422825 805 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 AC087294.1-202ENST00000439136 487 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 IQCF3-202ENST00000440739 505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 FAM25G-201ENST00000452267 345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 NME2-206ENST00000513177 692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 PACS1-203ENST00000524815 628 ntTSL 4 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 AC008115.1-201ENST00000542291 150 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 LINC02356-202ENST00000552663 314 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 HOPX-210ENST00000553379 1001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 HOPX-212ENST00000555760 1139 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 AL079307.3-201ENST00000556114 283 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 HOPX-213ENST00000556376 1064 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 SLC38A7-207ENST00000564391 731 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 AC105021.1-202ENST00000570572 669 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 MIR4525-201ENST00000580000 75 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 AC087294.1-201ENST00000580291 1152 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 AC008770.3-202ENST00000591944 567 ntTSL 4 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 DUSP13-212ENST00000605915 1015 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 HAUS2-211ENST00000639412 375 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 GINM1-201ENST00000367419 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 PRKCI-201ENST00000295797 4950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 NRG2-202ENST00000289422 2923 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 SLC18A1-203ENST00000381608 1419 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 KREMEN1-203ENST00000407188 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 SUSD2-201ENST00000358321 3404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 CHEK1-202ENST00000427383 1670 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL6A1P12109 AC133963.1-201ENST00000504166 1679 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.3 ms