Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 POMK-203ENST00000614426 1527 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CUX1P39880 CHTOP-205ENST00000403433 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CUX1P39880 FAHD2B-202ENST00000414820 1388 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CUX1P39880 CNST-202ENST00000366512 2422 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CUX1P39880 RPS19-201ENST00000221975 500 ntTSL 3 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CUX1P39880 FTH1-201ENST00000273550 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CUX1P39880 LRRC28-202ENST00000331450 752 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CUX1P39880 PXMP4-202ENST00000344022 989 ntTSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CUX1P39880 CSHL1-204ENST00000392824 823 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CUX1P39880 MRPS6-201ENST00000399312 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CUX1P39880 CBX7-202ENST00000401405 784 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CUX1P39880 C2orf76-202ENST00000409466 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CUX1P39880 AC098850.1-201ENST00000419919 790 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
CUX1P39880 VAT1-202ENST00000420567 1069 ntTSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CUX1P39880 AL031283.3-201ENST00000439788 727 ntTSL 3 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CUX1P39880 AC093724.1-201ENST00000448659 1027 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
CUX1P39880 FTH1-202ENST00000526640 786 ntTSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CUX1P39880 AL928654.4-206ENST00000551180 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CUX1P39880 APOC4-201ENST00000591600 348 ntTSL 3 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CUX1P39880 RPS19-202ENST00000593863 526 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CUX1P39880 SLC9A3-AS1-206ENST00000607005 435 ntTSL 3 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CUX1P39880 AC099568.2-201ENST00000609194 695 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
CUX1P39880 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CUX1P39880 GGT6-203ENST00000573591 1730 ntTSL 4 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CUX1P39880 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CUX1P39880 GMDS-AS1-201ENST00000456943 2308 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
CUX1P39880 CHMP5-201ENST00000223500 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CUX1P39880 MYOD1-201ENST00000250003 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CUX1P39880 NR2E3-204ENST00000621736 2032 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
CUX1P39880 LGALS2-201ENST00000215886 591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CUX1P39880 TEX48-201ENST00000436752 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
CUX1P39880 AC099552.3-201ENST00000454149 367 ntTSL 3 BASIC27.9■■■□□ 2.06
CUX1P39880 AC023310.3-201ENST00000557027 670 ntBASIC27.9■■■□□ 2.06
CUX1P39880 AC100756.1-201ENST00000562736 682 ntBASIC27.9■■■□□ 2.06
CUX1P39880 AC138749.3-201ENST00000567691 622 ntBASIC27.9■■■□□ 2.06
CUX1P39880 FXYD6-216ENST00000584230 566 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC27.9■■■□□ 2.06
CUX1P39880 AC116165.1-201ENST00000611806 668 ntBASIC27.9■■■□□ 2.06
CUX1P39880 TEX48-202ENST00000612244 662 ntTSL 3 BASIC27.9■■■□□ 2.06
CUX1P39880 AL033527.4-201ENST00000641026 673 ntBASIC27.9■■■□□ 2.06
CUX1P39880 ZCCHC23-201ENST00000500526 1951 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
CUX1P39880 NCALD-217ENST00000521599 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CUX1P39880 SIRT6-201ENST00000305232 1506 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CUX1P39880 AC012414.7-201ENST00000621235 1507 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CUX1P39880 MARK2-207ENST00000502399 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
CUX1P39880 HGFAC-201ENST00000382774 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CUX1P39880 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CUX1P39880 AC002310.1-201ENST00000457283 1445 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
CUX1P39880 TOM1L2-209ENST00000540946 1420 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
CUX1P39880 CYHR1-204ENST00000438911 2020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
CUX1P39880 HNF1A-212ENST00000544413 2014 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
CUX1P39880 AC006277.1-201ENST00000624348 1610 ntBASIC27.89■■■□□ 2.06
CUX1P39880 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
CUX1P39880 HOXB-AS1-201ENST00000435312 806 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
CUX1P39880 ELK1P1-201ENST00000485699 580 ntBASIC27.89■■■□□ 2.06
CUX1P39880 AC012173.1-201ENST00000567942 430 ntTSL 3 BASIC27.89■■■□□ 2.06
CUX1P39880 AC008770.3-202ENST00000591944 567 ntTSL 4 BASIC27.89■■■□□ 2.06
CUX1P39880 SRD5A3P1-201ENST00000603021 949 ntBASIC27.89■■■□□ 2.06
CUX1P39880 IMPDH1P4-201ENST00000445028 1534 ntBASIC27.89■■■□□ 2.06
CUX1P39880 AC005622.1-202ENST00000637093 1543 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
CUX1P39880 MFNG-201ENST00000356998 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
CUX1P39880 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
CUX1P39880 DMRTC2-204ENST00000596827 1675 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.05
CUX1P39880 ADAMTSL1-202ENST00000327883 1864 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
CUX1P39880 KRT8P12-202ENST00000472924 1397 ntBASIC27.89■■■□□ 2.05
CUX1P39880 RASA2-202ENST00000452898 2562 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.05
CUX1P39880 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
CUX1P39880 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC27.88■■■□□ 2.05
CUX1P39880 AC105940.2-201ENST00000421055 380 ntTSL 3 BASIC27.88■■■□□ 2.05
CUX1P39880 TMEM176B-202ENST00000429904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
CUX1P39880 RN7SL752P-201ENST00000463779 287 ntBASIC27.88■■■□□ 2.05
CUX1P39880 CD81-207ENST00000481687 890 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
CUX1P39880 CHMP2B-205ENST00000494980 1175 ntTSL 3 BASIC27.88■■■□□ 2.05
CUX1P39880 Six3os1_5.1-201ENST00000611000 271 ntBASIC27.88■■■□□ 2.05
CUX1P39880 RPSAP52-203ENST00000622976 1023 ntBASIC27.88■■■□□ 2.05
CUX1P39880 OLFM1-201ENST00000252854 2591 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
CUX1P39880 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
CUX1P39880 POMP-201ENST00000380842 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
CUX1P39880 PC-204ENST00000524491 1714 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
CUX1P39880 LINC02012-201ENST00000608206 1725 ntBASIC27.88■■■□□ 2.05
CUX1P39880 FUT5-201ENST00000252675 1916 ntAPPRIS P1 BASIC27.88■■■□□ 2.05
CUX1P39880 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
CUX1P39880 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
CUX1P39880 GDA-201ENST00000238018 2074 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CUX1P39880 KRT17P8-201ENST00000540749 863 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
CUX1P39880 AC021054.1-202ENST00000543884 599 ntTSL 3 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CUX1P39880 LINC01703-202ENST00000602806 595 ntTSL 3 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CUX1P39880 PDCD6-212ENST00000614778 1050 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CUX1P39880 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CUX1P39880 PDXP-202ENST00000403251 1571 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CUX1P39880 ASB13-201ENST00000357700 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CUX1P39880 CCDC130-204ENST00000586600 1922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CUX1P39880 PHKG2-201ENST00000328273 1536 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CUX1P39880 ACOT9-201ENST00000336430 1675 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CUX1P39880 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CUX1P39880 PDXDC1-204ENST00000455313 2183 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CUX1P39880 FLYWCH2-201ENST00000293981 915 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CUX1P39880 DPM2-202ENST00000373110 738 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CUX1P39880 MIR658-201ENST00000385210 100 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
CUX1P39880 TRIM74-202ENST00000395244 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CUX1P39880 TTTY23B-201ENST00000442790 549 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29 ms