Protein–RNA interactions for Protein: P48059

LIMS1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 325 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1P48059 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC22■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.11
LIMS1P48059 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
LIMS1P48059 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.7 ms