Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 CD164L2-203ENST00000374030 993 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 C1QA-201ENST00000374642 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 MRPL28-202ENST00000389675 865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 KRTAP6-3-201ENST00000391624 636 ntAPPRIS P1 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 RCAN3-204ENST00000425530 997 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 REEP4-207ENST00000523293 913 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 RAB30-AS1-202ENST00000526795 567 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 LBX2-AS1-201ENST00000548978 1852 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 FIGNL2-201ENST00000564840 4693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 CSNK2A1-203ENST00000400217 1451 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 ZCCHC23-201ENST00000500526 1951 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 QPRT-202ENST00000395384 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 LIPE-AS1-201ENST00000457234 1501 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 FOXRED2-203ENST00000397223 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 ASB13-201ENST00000357700 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 OCIAD1-202ENST00000381473 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 STX3-203ENST00000529177 1571 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 AC118553.2-203ENST00000639037 2590 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 PITPNM2-209ENST00000546049 1793 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 NPM2-201ENST00000289820 1100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 DDT-201ENST00000350608 671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 ASB12-201ENST00000362002 1289 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 ASMT-201ENST00000381229 1087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 ITPR1-AS1-201ENST00000412804 858 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 STMN1-204ENST00000426559 948 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 ELFN1-AS1-202ENST00000453348 637 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 GPR53P-205ENST00000457298 1084 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 AP003068.1-201ENST00000528887 544 ntTSL 4 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 ACAP1-208ENST00000574499 412 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 AURKB-214ENST00000585124 1227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 HEXIM2-206ENST00000591576 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 IFI27-210ENST00000616764 716 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 IFI27-213ENST00000620066 719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 MKRN3-203ENST00000568252 1312 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 NFYC-210ENST00000425457 1536 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 RNPS1-203ENST00000397086 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 TRPV4-208ENST00000544971 2295 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 AL035456.1-201ENST00000456064 1369 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 CADPS2-201ENST00000313070 6065 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 NRBP1-204ENST00000379863 2174 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 HGFAC-201ENST00000382774 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 AC108860.2-201ENST00000562760 2183 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 CHID1-215ENST00000528581 1431 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 AC098591.1-201ENST00000381811 1613 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 AC073349.1-201ENST00000340779 1062 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 MORN4-202ENST00000370635 419 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 CUTA-202ENST00000374496 762 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 CYTH4-203ENST00000405206 636 ntTSL 4 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 C6orf47-AS1-203ENST00000422049 673 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 U91328.1-201ENST00000437528 223 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 AC008378.1-201ENST00000521251 496 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 IGHV3-71-201ENST00000523324 359 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 AC087386.1-201ENST00000553658 572 ntTSL 4 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 AC009407.1-201ENST00000568958 598 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 AC026471.2-201ENST00000569782 655 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 LINC00473-203ENST00000581850 929 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 AC092811.2-201ENST00000632561 559 ntTSL 4 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 FBXO22-202ENST00000453211 1486 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 RGN-203ENST00000397180 2257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 TRIM17-201ENST00000295033 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 FBXO4-202ENST00000296812 1731 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 ASB10-202ENST00000377867 1738 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 NUDT4-202ENST00000415493 4839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 FMR1-205ENST00000370475 4308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 CYP7B1-201ENST00000310193 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 TRAF2-201ENST00000247668 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 CADPS2-202ENST00000334010 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 FAM220BP-201ENST00000377689 816 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 EFHD1-202ENST00000409613 1156 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 AC020915.1-202ENST00000427361 922 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 CD28-203ENST00000458610 705 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 AC008738.7-201ENST00000609744 511 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 FOLR3-204ENST00000611028 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 TEX28P1-201ENST00000613479 1221 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 TEX28P2-201ENST00000617764 1221 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 ZMAT3-203ENST00000432729 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 LINC02268-202ENST00000515444 1328 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 CLN8-205ENST00000520991 1305 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 CCDC90B-202ENST00000455220 1550 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 SLC39A13-213ENST00000533076 1805 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 MFGE8-201ENST00000268150 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 CMTM3-214ENST00000567572 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 BEND5-201ENST00000371833 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.6 ms