Protein–RNA interactions for Protein: Q9NT62

ATG3, Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3, humanhuman

Predictions only

Length 314 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG3Q9NT62 MKRN3-203ENST00000568252 1312 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 GGT5-201ENST00000263112 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC21.53■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 LLGL2-209ENST00000578363 1393 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 AL021920.2-201ENST00000624828 1351 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 PIGT-257ENST00000640210 1715 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 NPM2-201ENST00000289820 1100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 OR8S1-201ENST00000310194 1080 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 AC073349.1-201ENST00000340779 1062 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 ASB12-201ENST00000362002 1289 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 MORN4-202ENST00000370635 419 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 CTRC-202ENST00000375949 898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 RETN-202ENST00000381324 249 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 PP14571-201ENST00000404327 934 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 LINC00475-203ENST00000417983 703 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 STARD13-205ENST00000439831 945 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 LINC00473-201ENST00000444465 798 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 AC122138.1-201ENST00000508799 646 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 AC084125.2-203ENST00000532766 821 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 AC138466.1-201ENST00000535242 391 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 CD4-210ENST00000541982 1187 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 C1QTNF1-212ENST00000583904 1129 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.53■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 LINC01775-201ENST00000587826 371 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 FOLR3-204ENST00000611028 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 TMEM114-205ENST00000624696 560 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 RASA2-202ENST00000452898 2562 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 RGN-203ENST00000397180 2257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 ASMT-201ENST00000381229 1087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 AP1S3-202ENST00000396653 589 ntTSL 4 BASIC21.52■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 FBLN7-204ENST00000409667 1124 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 PABPN1L-202ENST00000419291 1272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 PRYP6-201ENST00000514804 343 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 TRMT112-206ENST00000544844 1106 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 FKBP11-208ENST00000550765 1030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 AC008738.7-201ENST00000609744 511 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 FGFR2-207ENST00000359354 1680 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 OCIAD1-202ENST00000381473 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
ATG3Q9NT62 GCFC2-202ENST00000409857 2516 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 AC118553.2-202ENST00000638792 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 QPRT-202ENST00000395384 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 SYBU-201ENST00000276646 2870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 LIPE-AS1-201ENST00000457234 1501 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 SHOX-201ENST00000334060 1951 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 LCE1A-201ENST00000335123 422 ntAPPRIS P1 BASIC21.51■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 CUTA-202ENST00000374496 762 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 AL136311.1-206ENST00000416069 899 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 AC087386.1-201ENST00000553658 572 ntTSL 4 BASIC21.51■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 ARMC7-205ENST00000584947 445 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 AURKB-214ENST00000585124 1227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 AL844908.2-201ENST00000609461 460 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 TEX28P1-201ENST00000613479 1221 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 TEX28P2-201ENST00000617764 1221 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 FBXO4-202ENST00000296812 1731 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 BEND5-201ENST00000371833 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 HHATL-201ENST00000310417 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 PACS2-205ENST00000547217 2809 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 DCLK1-203ENST00000379892 2101 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 NFYC-210ENST00000425457 1536 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 GNE-204ENST00000539208 2190 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 AC108860.2-201ENST00000562760 2183 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 LBX2-AS1-201ENST00000548978 1852 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 TRIM17-201ENST00000295033 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 STX3-203ENST00000529177 1571 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 MYZAP-201ENST00000267853 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 TOMM5-201ENST00000321301 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 LINC01116-202ENST00000339037 838 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 VHLL-201ENST00000339922 676 ntAPPRIS P1 BASIC21.5■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 DDT-201ENST00000350608 671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 SSR4-204ENST00000370087 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 C1QA-201ENST00000374642 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 HLA-H-201ENST00000383620 1096 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 WDR45-208ENST00000396681 1146 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 CYTH4-203ENST00000405206 636 ntTSL 4 BASIC21.5■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 RPL37AP1-201ENST00000412502 279 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 AL353597.1-201ENST00000414875 998 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 CXCL6-203ENST00000515050 557 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 NOP2-220ENST00000545915 630 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
ATG3Q9NT62 BANF1P1-201ENST00000553684 263 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.2 ms