Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 FALEC-201ENST00000416894 566 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 HHATL-AS1-201ENST00000423165 557 ntTSL 4 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 NRSN2-AS1-202ENST00000442637 762 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 NMU-203ENST00000507338 658 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 AP000777.2-201ENST00000539897 501 ntTSL 4 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 RNF34-208ENST00000555076 593 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 AC004449.1-201ENST00000564240 433 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 SWI5-206ENST00000608796 906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 EVC2-202ENST00000344408 4390 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP4-204ENST00000393721 2721 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 PRKAR1B-204ENST00000406797 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 NEIL1-221ENST00000569035 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 PAAF1-205ENST00000535604 1695 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 ITGB1BP1-204ENST00000360635 4859 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 IL18BP-207ENST00000404792 2172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 BEST2-202ENST00000549706 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 ANKRD29-208ENST00000592179 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 ESR2-201ENST00000267525 1518 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 ANKRD13B-209ENST00000614878 2670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 ATXN7-213ENST00000538065 6842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 CYP51A1P2-201ENST00000419457 1499 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 TRPC1-201ENST00000273482 4324 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 SLC30A1-201ENST00000367001 5474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 AL109910.2-201ENST00000607733 1953 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 KCNT1-202ENST00000371757 4717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF13B-201ENST00000261652 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 KCNB1-203ENST00000635465 4114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 ALDH1A3-201ENST00000329841 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 PRUNE2-202ENST00000376713 1069 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 AC092809.2-202ENST00000436706 790 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 LINC01640-201ENST00000452505 550 ntTSL 4 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 AC012617.1-203ENST00000590845 439 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 ZNF445-205ENST00000617032 1291 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 UBE3D-208ENST00000626828 114 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 ISLR2-210ENST00000565540 2780 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 PGLYRP2-202ENST00000340880 2230 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 TRIM17-204ENST00000366698 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 FARP2-202ENST00000373287 2580 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 LGMN-201ENST00000334869 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 SSBP3-203ENST00000371319 1578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 GSDMD-206ENST00000526406 2496 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 RAI1-207ENST00000640861 5172 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 SNX19-207ENST00000528555 1506 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 NKAIN4-202ENST00000370313 1421 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 CLDN4-201ENST00000340958 1831 ntAPPRIS P1 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 MAPKAP1-205ENST00000373503 3045 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 ETV4-205ENST00000545954 1775 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 CLDN6-201ENST00000328796 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 HLA-DQB1-204ENST00000399084 1734 ntAPPRIS P1 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 AXIN1-201ENST00000262320 3643 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 STK35-201ENST00000381482 6685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 RTKN2-203ENST00000395260 2076 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 ARNTL2-208ENST00000544915 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 CA4-201ENST00000300900 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 FAM24B-201ENST00000368896 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 MIR770-201ENST00000390219 98 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 SYS1-203ENST00000414310 795 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 HRAS-204ENST00000417302 1233 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 HYPK-202ENST00000442995 1051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 HRAS-205ENST00000451590 1151 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 SLC25A36-204ENST00000453248 1040 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 EEF1E1-205ENST00000507463 654 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 MIR3197-201ENST00000582241 73 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 AC104971.3-201ENST00000589794 335 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 AC022145.2-201ENST00000598203 171 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 IFT140-203ENST00000426508 5270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 PIGZ-202ENST00000412723 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 AL121761.2-201ENST00000598007 1648 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 ZNF133-212ENST00000622607 2660 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 CDK1-204ENST00000448257 1948 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 AHRR-209ENST00000512529 1912 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 YIPF2-204ENST00000586748 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 AL138688.1-201ENST00000624851 1594 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 RPS6KA5-201ENST00000418736 2249 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 NEIL2-203ENST00000436750 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 SIRT6-203ENST00000594279 1507 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 PARVG-205ENST00000422871 3462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 FAM57B-201ENST00000279389 1481 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 CBWD1-201ENST00000314367 1771 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 MYBPH-202ENST00000621380 1772 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 ZNF48-206ENST00000622647 2695 ntTSL 4 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 ZYG11A-202ENST00000371532 3942 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 R3HDML-201ENST00000217043 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 INPP5J-205ENST00000404390 2215 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 JMY-201ENST00000396137 9042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 SCOC-208ENST00000510586 2193 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 TFCP2-204ENST00000548115 1862 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 STX10-201ENST00000242770 1099 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 H3F3C-201ENST00000340398 1057 ntAPPRIS P1 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 CD99L2-202ENST00000355149 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 ABHD11-203ENST00000395147 812 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 LINC01264-201ENST00000431395 500 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51 ms