Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 AC092910.1-201ENST00000482027 1129 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 RCHY1-208ENST00000512706 1011 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 NCAM1-AS1-202ENST00000533638 618 ntTSL 4 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 YPEL3-209ENST00000566595 796 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 KLK6-204ENST00000594641 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 PRKN-208ENST00000610470 531 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 PRKN-209ENST00000612485 225 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 TUBB8P12-201ENST00000308911 1335 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 TUBB7P-202ENST00000428444 1305 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 FIP1L1-207ENST00000507922 1335 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 TUBB8P7-204ENST00000567960 1332 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 MEST-202ENST00000341441 2443 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 IL12RB1-201ENST00000322153 1902 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 RAD51D-201ENST00000335858 1353 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 FGFBP1-201ENST00000382333 1359 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 RPRD1A-209ENST00000590898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 BRPF1-201ENST00000383829 4736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 SYT15-202ENST00000374323 6428 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 ZBTB32-201ENST00000262630 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 ACSM2B-211ENST00000567001 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 C16orf71-204ENST00000590191 2564 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 ZBTB22-207ENST00000418724 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 MGAT2-201ENST00000305386 2687 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 IGSF8-205ENST00000614243 2191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 LRRC58-201ENST00000295628 7903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 WDR13-202ENST00000376729 5469 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 BSG-203ENST00000353555 1616 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 GCH1-204ENST00000491895 2943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 PCDH7-206ENST00000543491 4457 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 CDH23-205ENST00000398809 4533 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 IL34-202ENST00000429149 1779 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
ATG4BQ9Y4P1 PPP2R5B-201ENST00000164133 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 CCDC62-201ENST00000253079 3546 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 PALM-201ENST00000264560 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 PTPN18-201ENST00000175756 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 SETD3-202ENST00000331768 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 PIH1D1-201ENST00000262265 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 TM2D1-201ENST00000294613 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 ART5-201ENST00000359918 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 TM2D1-204ENST00000371180 1248 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 AUNIP-201ENST00000374298 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 AC091180.3-201ENST00000506504 963 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 CNOT8-225ENST00000524105 904 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 ORAOV1-210ENST00000539414 817 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 CHMP1A-208ENST00000550102 803 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 UBE2Q2P1-205ENST00000559871 534 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 TM2D1-212ENST00000606498 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 AC008667.4-201ENST00000607370 168 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 GPX4-212ENST00000616066 924 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 AC116407.3-201ENST00000623905 1129 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 AC117500.6-201ENST00000624871 588 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 LINC02415-201ENST00000508505 1315 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 AL021920.2-201ENST00000624828 1351 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 AIFM3-201ENST00000399163 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 JKAMP-215ENST00000616435 2338 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 CRTC3-208ENST00000560098 1421 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 TRPV4-207ENST00000541794 2475 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 ATXN2-201ENST00000377617 4702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 MYH14-203ENST00000425460 6811 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 PFKP-202ENST00000381075 2769 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 TCP1-203ENST00000420894 1671 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 RAB3IP-207ENST00000483530 1755 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 PUF60-201ENST00000313352 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 MPP1-202ENST00000369534 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 TBC1D4-202ENST00000377636 6364 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 IFT74-203ENST00000433700 2119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 PODNL1-202ENST00000339560 2165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 EWSR1-203ENST00000332050 2552 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 CBSL-202ENST00000617706 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 TRIM27-201ENST00000377194 2686 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 PPP3CA-201ENST00000323055 4519 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 PAK4-202ENST00000358301 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 CLCN2-205ENST00000457512 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 LDLRAP1-201ENST00000374338 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 PHRF1-202ENST00000413872 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 RAB15-203ENST00000533601 3515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 AC007834.1-201ENST00000446473 728 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 SLC25A6P2-201ENST00000497974 877 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 IGHV3-65-201ENST00000523210 341 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 ZBP1-208ENST00000541799 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 PRSS8-206ENST00000568261 1214 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 LINC01666-201ENST00000623794 845 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 ISG15-203ENST00000624697 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 AC005593.1-201ENST00000624894 515 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 PGM5P2-202ENST00000637225 1043 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 AC002310.6-201ENST00000624451 1377 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 PRRT2-205ENST00000567659 1470 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 TPT1-AS1-215ENST00000522673 1519 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 EIF4A3-201ENST00000269349 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 WDR74-204ENST00000525239 1736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 MIER1-206ENST00000371016 1802 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 TTLL5-219ENST00000556977 1961 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 AC078925.2-201ENST00000624013 1973 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.3 ms