Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 DMPK-204ENST00000447742 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 CHFR-203ENST00000432561 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 SGO1-201ENST00000263753 2338 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 CTSB-228ENST00000533455 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 PROSER1-201ENST00000352251 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 NCF1C-201ENST00000438382 1427 ntBASIC20.02■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 TVP23B-202ENST00000476139 2989 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 FOXRED2-203ENST00000397223 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 GYG1-201ENST00000296048 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 WASF1-206ENST00000392588 3122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 TINF2-208ENST00000558566 1874 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 CD9-203ENST00000382518 1556 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 FLVCR1-AS1-201ENST00000356684 2525 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 GCK-202ENST00000345378 2421 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 BCAS3-204ENST00000585744 2203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 SPINK2-205ENST00000616980 677 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 AC132872.3-201ENST00000620937 629 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 PLK2-215ENST00000617412 2792 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 TBRG4-202ENST00000361278 1917 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 C11orf49-204ENST00000395460 1916 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 BSG-202ENST00000346916 1605 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 TVP23C-201ENST00000225576 1527 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 SNX19-207ENST00000528555 1506 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 ADRA1A-204ENST00000380573 2548 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 CTDP1-201ENST00000075430 3538 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 CDC25B-204ENST00000379598 2990 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 HNRNPF-204ENST00000443950 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 SYBU-230ENST00000532779 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 ACSF3-204ENST00000406948 2247 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 LETM2-205ENST00000519476 2240 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 FAM210B-201ENST00000371384 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 IKBKE-204ENST00000584998 2487 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 C6orf132-201ENST00000341865 6210 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 SEPT9-202ENST00000423034 3984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 KDM4B-201ENST00000159111 5593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 PTGDR2-201ENST00000332539 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 CARNS1-201ENST00000307823 3942 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 LIFR-202ENST00000453190 4253 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 PIAS3-201ENST00000369298 2761 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 UXT-202ENST00000335890 701 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 RBM17P3-201ENST00000417687 1192 ntBASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 RPL13P5-203ENST00000421824 845 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 UCHL1-204ENST00000503431 917 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 AL732292.2-201ENST00000609649 430 ntBASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 TP53I11-223ENST00000627720 195 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 AL161669.4-201ENST00000634353 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 MAP3K9-206ENST00000555993 4449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 LENG8-202ENST00000376514 5146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 CYP2R1-201ENST00000334636 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 NAT9-210ENST00000580301 1860 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 SNTB2-201ENST00000336278 9789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM11-201ENST00000284551 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 RGS11-202ENST00000316163 2376 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 MBL1P-201ENST00000480805 1424 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 PANX2-201ENST00000159647 2964 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 LINC02370-201ENST00000428272 2009 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 PTHLH-202ENST00000395868 1674 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 CYP2T1P-202ENST00000641596 2535 ntBASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 ALOX12P2-203ENST00000570921 1945 ntBASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 AC006538.1-201ENST00000567905 1585 ntBASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 TOM1L1-204ENST00000570371 2442 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 GAS7-213ENST00000580865 2417 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 TJP2-202ENST00000377245 4611 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 SPINT1-202ENST00000562057 2456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 CTSO-201ENST00000433477 2954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 ITM2C-201ENST00000326407 1888 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 HLA-A-204ENST00000396634 1868 ntAPPRIS P1 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 MEGF9-201ENST00000373930 6298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 TRABD-202ENST00000380909 2272 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 MFF-202ENST00000337110 1760 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 PDCD5-203ENST00000419343 1799 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 AC023830.1-201ENST00000569678 1543 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 MED30-201ENST00000297347 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01972-201ENST00000422271 553 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 HLA-J-202ENST00000469281 1241 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 TUBB3-205ENST00000554336 903 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 TXNDC12-205ENST00000610127 806 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 AL139288.1-201ENST00000623748 933 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A45-201ENST00000294187 2196 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 AL356309.3-201ENST00000624132 1934 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 SPG11-215ENST00000559193 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 CDK11B-207ENST00000626918 2457 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 RRM2-202ENST00000360566 3673 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 SLC43A3-203ENST00000395124 2617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
LIMCH1Q9UPQ0 TNKS-211ENST00000520408 1964 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.6 ms