Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 AC009630.3-201ENST00000581909 729 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 LINC00623-201ENST00000613486 486 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 AC091812.2-201ENST00000619081 385 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 AC104581.1-203ENST00000640240 353 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 AL139011.1-202ENST00000642063 584 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 CETN1-201ENST00000327228 1758 ntAPPRIS P1 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 TEX19-201ENST00000333437 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 TRAPPC11-201ENST00000334690 4552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 GULP1-209ENST00000410051 1595 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 THTPA-203ENST00000554789 1595 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 B3GNT3-201ENST00000318683 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 SLC38A6-202ENST00000354886 1730 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 ZBTB5-201ENST00000307750 4627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 ZNF133-212ENST00000622607 2660 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 RALGAPA1-219ENST00000637992 8512 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 FARP1-242ENST00000627049 5103 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 SMPD4-202ENST00000409031 4896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 RAB3IP-207ENST00000483530 1755 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 C8orf34-206ENST00000518698 2223 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 MUM1-216ENST00000627377 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 DAG1-201ENST00000308775 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 SPSB1-202ENST00000357898 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 SLC2A8-201ENST00000373352 914 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 HCCS-203ENST00000380763 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 MRPS12-203ENST00000407800 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 AL354836.1-201ENST00000414042 681 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 AC104971.3-201ENST00000589794 335 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 SLC9A3-AS1-205ENST00000606319 477 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 MCCC2-209ENST00000629193 1128 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 SCARB1-203ENST00000415380 2731 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 ABHD3-209ENST00000580981 1836 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 FO681492.1-201ENST00000623662 5321 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 WDR53-201ENST00000332629 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 SLC22A20-204ENST00000530038 1673 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 RNF128-201ENST00000255499 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 MYO1B-204ENST00000392318 5082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 YPEL3-203ENST00000562641 1941 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 SPERT-201ENST00000310521 1613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 LINC00895-201ENST00000629028 1637 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 KDSR-202ENST00000406396 5447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 PNRC1-202ENST00000354922 1345 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 KLHL33-201ENST00000344581 1863 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 AC005833.1-201ENST00000280684 4237 ntAPPRIS P1 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 ING5-201ENST00000313552 5196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 AD000671.3-202ENST00000591091 1712 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 C3orf18-201ENST00000357203 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 ZNF773-201ENST00000282292 2206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 MRGPRD-201ENST00000309106 966 ntAPPRIS P1 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 AC254562.1-201ENST00000417586 456 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 TTC31-205ENST00000442235 958 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 AL390729.1-201ENST00000456651 587 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 USP30-AS1-201ENST00000478808 656 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 MRFAP1-203ENST00000507420 563 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 AC087276.3-201ENST00000526220 787 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 AC243965.1-201ENST00000557595 781 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 AL009183.1-201ENST00000603760 355 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 AC021097.1-201ENST00000607902 574 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 PFKFB3-215ENST00000536985 2094 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHMP4AQ9BY43 SGO1-201ENST00000263753 2338 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 GMPPA-202ENST00000341142 1524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 ZNF500-202ENST00000545009 2440 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 ELL2-201ENST00000237853 6046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 RBM17-201ENST00000379888 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 RNF121-203ENST00000393713 2132 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 PP12613-201ENST00000424958 2230 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 NR2C2-206ENST00000425241 2494 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 AKAP8P1-201ENST00000434743 1349 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 ADSL-202ENST00000342312 1808 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 WLS-205ENST00000370976 2332 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 UNC13A-206ENST00000552293 5314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 SH3BP4-202ENST00000392011 5194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 GSS-201ENST00000216951 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 IL12RB1-201ENST00000322153 1902 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 ISLR2-210ENST00000565540 2780 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 HRAS-204ENST00000417302 1233 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 WDR53-204ENST00000433160 887 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 CEND1P1-201ENST00000451006 455 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 HRAS-205ENST00000451590 1151 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 AL807752.3-201ENST00000456356 748 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 PARD6G-203ENST00000470488 596 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 MIR4469-201ENST00000583919 79 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 FXYD1-208ENST00000589209 428 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 CYP2A7P1-201ENST00000595391 815 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 FXYD1-211ENST00000612146 690 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 TVP23A-210ENST00000612195 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 HSD17B12-201ENST00000278353 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 AC026954.2-202ENST00000575474 2571 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.5 ms