Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 KIF16B-203ENST00000408042 4640 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 SLC1A6-208ENST00000598504 2987 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 AL590787.1-201ENST00000568856 1315 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 C10orf111-201ENST00000624760 1714 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 RPN1-201ENST00000296255 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 KCNT1-202ENST00000371757 4717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 SART1-201ENST00000312397 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 SSBP3-205ENST00000417664 1666 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 FAM57B-201ENST00000279389 1481 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 GOSR2-201ENST00000225567 1245 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 COLEC11-207ENST00000404205 1062 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 LINC02237-202ENST00000521904 477 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 AC138894.3-201ENST00000603787 634 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 AL353135.1-201ENST00000606729 504 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 ELN-206ENST00000380553 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 OR6D1P-203ENST00000641209 4860 ntBASIC20.08■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 BRIX1-201ENST00000336767 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 NFASC-205ENST00000403080 2462 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 MYO1B-202ENST00000339514 5026 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 PIGQ-201ENST00000026218 2846 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 ISPD-201ENST00000399310 1709 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 TXNDC11-202ENST00000356957 3178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC43-202ENST00000457422 2058 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 RRBP1-208ENST00000470422 2070 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 GPR158-AS1-201ENST00000449643 2433 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 FOXE1-201ENST00000375123 3462 ntAPPRIS P1 BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00612-201ENST00000538094 2213 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 COPS3-212ENST00000539941 1699 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 EED-202ENST00000327320 2033 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 GOSR1-201ENST00000225724 6039 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 GLDC-201ENST00000321612 3900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 DGKE-204ENST00000572810 1843 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 PIGT-221ENST00000638594 1835 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 PSMD6-210ENST00000492933 1495 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 FOS-208ENST00000555686 1496 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 AMOTL2-211ENST00000513145 2653 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 DNAH14-206ENST00000400952 1984 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 JPT1-209ENST00000482348 1614 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 PRDM5-202ENST00000394435 2492 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 DDHD1-201ENST00000323669 5503 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 INSL3-202ENST00000379695 899 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 GGT1-204ENST00000401885 968 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00472-203ENST00000426635 2958 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 REPIN1-203ENST00000444957 2969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 SLC2A1-204ENST00000460369 541 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 ABO-202ENST00000538324 1147 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 MTHFSD-203ENST00000543303 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 ZFPM1-205ENST00000569086 563 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 CTDNEP1-207ENST00000572043 857 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 MTHFSD-220ENST00000634347 1207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 MAP6-202ENST00000434603 4329 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 ADGRG2-202ENST00000354791 4494 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF514-202ENST00000411425 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 ZAP70-201ENST00000264972 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 SYNDIG1L-202ENST00000554823 2420 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 AC110813.1-201ENST00000507934 2209 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 ASAP3-212ENST00000618240 2226 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 AC079328.2-201ENST00000561241 3354 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 SAMM50-201ENST00000350028 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 MIB2-202ENST00000378708 3012 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 AMT-206ENST00000458307 1860 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 ELAC2-203ENST00000426905 2671 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 PIGT-207ENST00000543458 2037 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 ZDHHC20-202ENST00000382466 5338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 CLEC18A-202ENST00000393701 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 CLEC18C-203ENST00000541793 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 TRAF3IP1-202ENST00000391993 4003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 HNRNPUL2-BSCL2-201ENST00000403734 4001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00895-201ENST00000629028 1637 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 OPRK1-205ENST00000612786 5196 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 SMO-201ENST00000249373 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 C6orf48-203ENST00000375638 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 C6orf48-207ENST00000375642 962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 AC106795.1-205ENST00000512851 1056 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 TERC-201ENST00000602385 541 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 RAD51D-201ENST00000335858 1353 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 HTD2-206ENST00000481972 1378 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGAP44-202ENST00000340825 4211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGAP44-203ENST00000379672 4228 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 STXBP1-216ENST00000636962 2918 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 PCDH8P1-201ENST00000428983 2773 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 ZDHHC8-202ENST00000334554 5046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 DPY19L3-206ENST00000587077 2456 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 PDE12-202ENST00000487257 3040 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIMCH1Q9UPQ0 SH3BP5-206ENST00000426925 2190 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.8 ms