Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 GHRHR-201ENST00000326139 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 TNFRSF14-AS1-205ENST00000449660 1629 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 SLC25A23-202ENST00000301454 3425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 SEMA6C-209ENST00000613223 1950 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 NIPAL2-202ENST00000430223 4496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 PTPN18-201ENST00000175756 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 SYBU-231ENST00000533065 2645 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 FGD4-212ENST00000534526 2977 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 UBALD1-205ENST00000590891 2641 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 MC1R-204ENST00000639847 2567 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 APOA5-201ENST00000227665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 GUCY1A2-202ENST00000347596 2532 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 MATN3-201ENST00000407540 2524 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 SEPT9-237ENST00000591198 2160 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 CAP2-202ENST00000378990 1812 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 AC142086.1-202ENST00000398669 1839 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 SSH1-201ENST00000326470 2432 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 AC105001.2-201ENST00000554914 1753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 SNTG2-202ENST00000407292 1436 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 GRAMD2B-218ENST00000542322 2977 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 GMIP-204ENST00000587238 2987 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 PCSK5-201ENST00000376752 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 FAM184A-201ENST00000338891 4141 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 NR1H3-202ENST00000405576 1352 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 GCAT-202ENST00000323205 1656 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 INVS-203ENST00000374921 1654 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 AC100803.2-201ENST00000562459 1963 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 VPS37A-201ENST00000324849 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 ARSE-206ENST00000545496 2506 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 EPN2-203ENST00000395618 2216 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 PPP1R18-201ENST00000274853 4599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 PPP1R18-205ENST00000615527 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 CD14-201ENST00000302014 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 TFAP2A-AS1-201ENST00000420777 1575 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 TMEM147-201ENST00000222284 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 C19orf70-201ENST00000309324 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 PNRC2-202ENST00000374468 814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 SPDYC-201ENST00000377185 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 HUS1B-201ENST00000380907 1025 ntAPPRIS P1 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 BX890604.1-208ENST00000490920 726 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 AC027117.2-201ENST00000522768 510 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 COX5A-206ENST00000568783 571 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 MIR4751-201ENST00000578027 74 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 KLK6-204ENST00000594641 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 GPER1-204ENST00000401670 1542 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 HAPLN3-204ENST00000562889 1547 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 ZDHHC20-209ENST00000542645 5315 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 ZNF561-AS1-204ENST00000587536 1799 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 ELN-221ENST00000445912 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 DDX51-202ENST00000397333 4718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 ZNF503-201ENST00000372524 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 MEX3C-204ENST00000616921 3269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 RUNX1-203ENST00000358356 2720 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 AC027796.3-201ENST00000572919 4753 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 FOXRED2-203ENST00000397223 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 CXXC1-201ENST00000285106 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 ACOXL-205ENST00000439055 2373 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 CISD2-201ENST00000273986 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 GGT3P-201ENST00000412448 2340 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 SLC9A6-208ENST00000636206 4711 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 BICD1-205ENST00000550207 1328 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 ARID1B-203ENST00000350026 7962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 AL121758.1-201ENST00000488788 2714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 SCHIP1-205ENST00000482804 1799 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 DBNL-213ENST00000452943 1513 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 GRIN2C-202ENST00000347612 2929 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 CGREF1-201ENST00000260595 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 TYROBP-201ENST00000262629 568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 ZNF81-201ENST00000334937 610 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 MYL6-202ENST00000348108 722 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 LYPLA2-204ENST00000374505 907 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 AC023274.1-201ENST00000418278 595 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 LINC00982-205ENST00000420957 435 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 USP30-AS1-201ENST00000478808 656 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 TUBA1A-203ENST00000546918 984 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 PAX9-204ENST00000554201 1289 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 SPATA33-208ENST00000568929 1264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 HIST1H2AK-201ENST00000618958 393 ntAPPRIS P1 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 CNTNAP3-204ENST00000377656 4986 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 RABL2A-204ENST00000393167 2179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 PKD1L2-209ENST00000531391 1488 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 ARHGAP22-206ENST00000435790 2595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 TMEM37-201ENST00000306406 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 TNFAIP1-202ENST00000544907 1656 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 CERCAM-202ENST00000372842 5201 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 SYBU-230ENST00000532779 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 RNF31-201ENST00000324103 3627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 CBLC-202ENST00000341505 1441 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXD4P09016 KAZN-201ENST00000361144 3838 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.9 ms