Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 C17orf62-202ENST00000342572 1849 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 BCRP2-201ENST00000398241 1842 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 PDHX-203ENST00000448838 2653 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 PABPC1L-201ENST00000217073 1851 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 NDUFV1-223ENST00000532303 1493 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 C14orf93-205ENST00000397379 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 ARID1B-203ENST00000350026 7962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 LYPD5-203ENST00000594013 1519 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.07
CHMP4AQ9BY43 LTBP4-205ENST00000396819 4764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 PFN4-201ENST00000313213 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 EIF6-202ENST00000374443 1017 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 DDT-204ENST00000404092 805 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 AL049569.1-201ENST00000446261 636 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 AL365226.1-201ENST00000448363 349 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 EHMT1-216ENST00000493484 1182 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 THTPA-204ENST00000554970 569 ntTSL 4 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 THTPA-206ENST00000556015 535 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 AC087641.1-201ENST00000557561 1021 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 MIR3909-201ENST00000579518 119 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 AC007192.2-201ENST00000600364 463 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 GLIS1-201ENST00000312233 2812 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 GLIS1-202ENST00000628545 2807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 SYDE2-202ENST00000341460 5512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 P2RY6-208ENST00000540124 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 SF1-203ENST00000377387 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 LSP1-217ENST00000612798 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 MIEF2-204ENST00000395706 2441 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 SLC3A2-201ENST00000338663 1904 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 BAG5-202ENST00000337322 1960 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 ARFGAP2-229ENST00000627920 2613 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 PROSER1-201ENST00000352251 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 SMG5-201ENST00000361813 4559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 TUSC3-204ENST00000506802 1546 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 AC068944.1-201ENST00000514855 1604 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 FLYWCH1-203ENST00000416288 4963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 ZNF414-202ENST00000393927 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 AFMID-201ENST00000327898 1700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 WRAP53-203ENST00000431639 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 WRAP53-204ENST00000457584 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 ADCY6-202ENST00000357869 5748 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 AL590627.1-201ENST00000626603 1910 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 KLHDC8B-201ENST00000332780 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 TMEM147-201ENST00000222284 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 COQ6-201ENST00000334571 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 AC140658.5-201ENST00000438532 169 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 FIS1-203ENST00000442303 631 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 AC112482.1-201ENST00000492080 688 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 YBX1P5-201ENST00000509441 847 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 BATF2-204ENST00000527716 1230 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 UBXN1-210ENST00000529640 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 MPDU1-223ENST00000582151 728 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 ZNF445-205ENST00000617032 1291 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 LINC01635-202ENST00000635097 1023 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 PRMT1-202ENST00000454376 1327 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 ELF3-201ENST00000359651 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 OPA3-202ENST00000323060 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 FGFBP1-201ENST00000382333 1359 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 USP7-201ENST00000344836 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 ZNRF2-201ENST00000323037 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 RASA2-202ENST00000452898 2562 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 ADM5-201ENST00000420022 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 MTERF2-201ENST00000240050 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 PODNL1-201ENST00000254320 1859 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 RPS6KA1-204ENST00000374168 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 F12-201ENST00000253496 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 FAM9B-202ENST00000362066 2047 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 CLDN15-202ENST00000401528 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 PCDHGC3-205ENST00000617641 2346 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 RALGPS1-208ENST00000424082 2362 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 ZNF131-206ENST00000505606 3209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 AL669831.5-202ENST00000457084 566 ntTSL 4 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 IL18BP-211ENST00000531053 853 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 PYCR1-207ENST00000577756 1144 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 AC010618.3-201ENST00000596643 775 ntTSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 ZEB1-AS1-206ENST00000606250 573 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 ACYP2-209ENST00000607452 831 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 FOXS1-201ENST00000375978 1319 ntAPPRIS P1 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 U2AF2-201ENST00000308924 1698 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 SPNS1-202ENST00000323081 2102 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 EPS8L2-205ENST00000526198 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 GUCY1A2-201ENST00000282249 3047 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 REPS2-201ENST00000303843 7771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 GTF2IP4-202ENST00000544802 3609 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 KCNC2-203ENST00000393288 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 CYP2W1-201ENST00000308919 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 PRRT4-205ENST00000489835 2313 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 PILRB-208ENST00000452089 2099 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 PHKA1-201ENST00000339490 6121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 GLDN-201ENST00000335449 4971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 NPM2-209ENST00000521157 1484 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 ACP5-203ENST00000433365 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CHMP4AQ9BY43 JMJD7-203ENST00000408047 1192 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.2 ms