Protein–RNA interactions for Protein: P48380

RFX3, Transcription factor RFX3, humanhuman

Predictions only

Length 749 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RFX3P48380 TRIM17-204ENST00000366698 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
RFX3P48380 CCDC112-205ENST00000506442 2145 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
RFX3P48380 AMZ2-203ENST00000392720 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
RFX3P48380 TTC29-201ENST00000325106 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
RFX3P48380 TTC29-205ENST00000504425 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
RFX3P48380 DNAJA3-202ENST00000355296 2591 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
RFX3P48380 CTIF-201ENST00000256413 5750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
RFX3P48380 LMBR1L-204ENST00000547382 2235 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
RFX3P48380 SLC6A9-202ENST00000360584 2330 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
RFX3P48380 EWSR1-222ENST00000629659 2446 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 YIPF2-204ENST00000586748 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 AC006460.2-201ENST00000638173 4744 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 POLR3H-202ENST00000355209 4416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 AC004817.3-201ENST00000602957 2129 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 ACE-202ENST00000290866 4959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 RHOT1-201ENST00000333942 3133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 FBXO7-201ENST00000266087 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 AP001094.4-201ENST00000579008 2176 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 TNXB-208ENST00000611016 6083 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 PCDHA6-202ENST00000527624 2231 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 CPT2-210ENST00000637252 2739 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 RASA4-202ENST00000449970 2787 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 POC1A-203ENST00000474012 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 INS-201ENST00000250971 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 INSL3-201ENST00000317306 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 SIGLEC8-202ENST00000340550 1293 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 CREM-211ENST00000374726 1207 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 UBE2J2-204ENST00000400929 1057 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 AL157871.1-202ENST00000556458 478 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 AC008105.3-202ENST00000585471 1077 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 AP001269.4-201ENST00000609611 512 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 ANKMY2-206ENST00000628652 1270 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 RDH12-201ENST00000267502 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 SUSD4-208ENST00000494793 1833 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 IRF5-210ENST00000477535 1374 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 CPZ-203ENST00000382480 2538 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 EPHX2-204ENST00000518379 1959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 CABP4-202ENST00000438189 1426 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 AC016396.2-201ENST00000562575 1417 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 CCDC154-202ENST00000409671 2561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 LRRC47-201ENST00000378251 4310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 WDR90-202ENST00000315764 1454 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 TTLL11-201ENST00000321582 3250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 AUNIP-201ENST00000374298 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 SRSF1-201ENST00000258962 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 NAGPA-201ENST00000312251 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
RFX3P48380 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
RFX3P48380 TBPL1-208ENST00000613034 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
RFX3P48380 AC148477.5-201ENST00000625164 1645 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
RFX3P48380 NBEAL2-205ENST00000450053 8827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
RFX3P48380 MAPKAP1-208ENST00000394063 2977 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
RFX3P48380 SGCE-206ENST00000445866 1666 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
RFX3P48380 TMEM50B-210ENST00000542230 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
RFX3P48380 PWP1-202ENST00000541166 1722 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
RFX3P48380 TMEM145-201ENST00000301204 1768 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
RFX3P48380 ANHX-201ENST00000419717 1765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
RFX3P48380 PCCB-207ENST00000466072 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.17
RFX3P48380 PDE4A-201ENST00000293683 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
RFX3P48380 LUC7L2-202ENST00000354926 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
RFX3P48380 ARHGEF5-202ENST00000471847 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
RFX3P48380 SYTL3-203ENST00000367081 2692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
RFX3P48380 DDX42-208ENST00000578681 4337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
RFX3P48380 FTSJ1-201ENST00000019019 1986 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
RFX3P48380 FOXP1-210ENST00000484350 1996 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
RFX3P48380 RXRB-201ENST00000374680 2908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
RFX3P48380 ATP5J-201ENST00000284971 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
RFX3P48380 CD99-205ENST00000381192 1245 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
RFX3P48380 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
RFX3P48380 RBSN-204ENST00000449050 903 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
RFX3P48380 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
RFX3P48380 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
RFX3P48380 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
RFX3P48380 MVB12B-201ENST00000361171 4819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
RFX3P48380 SPRYD7-201ENST00000361840 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
RFX3P48380 IL2RG-202ENST00000374188 1432 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
RFX3P48380 CHGA-202ENST00000334654 1474 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
RFX3P48380 DPH6-AS1-201ENST00000501169 1477 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
RFX3P48380 VAV3-210ENST00000527011 4510 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
RFX3P48380 CHAC1-204ENST00000617768 1560 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
RFX3P48380 ZNF296-202ENST00000622376 1631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
RFX3P48380 AKIRIN1-202ENST00000432648 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
RFX3P48380 ITGB7-202ENST00000422257 2791 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
RFX3P48380 DPF2-205ENST00000528416 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
RFX3P48380 MAP3K8-207ENST00000542547 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
RFX3P48380 FGFR3-204ENST00000412135 3951 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
RFX3P48380 CCDC187-205ENST00000638797 10126 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
RFX3P48380 CLEC18B-206ENST00000620745 1847 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
RFX3P48380 DMKN-201ENST00000339686 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
RFX3P48380 HIBCH-201ENST00000359678 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
RFX3P48380 PPT2-246ENST00000375137 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.3 ms