Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 KRCC1-201ENST00000347055 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 AC133548.2-201ENST00000568567 2605 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 RDH8-203ENST00000591589 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 TNNT1-201ENST00000291901 967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 C1orf226-202ENST00000426197 1049 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 LINC01705-201ENST00000438158 562 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 CPSF1-207ENST00000531727 704 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 FAM238C-204ENST00000640224 1268 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 OSBPL1A-204ENST00000399443 3317 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 MARK2-207ENST00000502399 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 GCDH-201ENST00000222214 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 MIB2-219ENST00000505820 3305 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 BBS5-202ENST00000392663 3107 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 TTBK2-208ENST00000622375 6891 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 FOXD4L1-201ENST00000306507 2491 ntAPPRIS P1 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 TINF2-201ENST00000267415 1852 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 REPS1-202ENST00000367663 2607 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 PC-214ENST00000628663 1470 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 CYP2W1-202ENST00000340150 2361 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 CCDC120-206ENST00000603986 2379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 NDUFA11-201ENST00000308961 539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 NPY-203ENST00000407573 705 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 PAWRP1-201ENST00000451083 565 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 ALG1L5P-201ENST00000482043 771 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A6P2-201ENST00000497974 877 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 CXCL1P1-201ENST00000502804 216 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 H3F3B-208ENST00000589599 576 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 OR5AH1P-202ENST00000597822 431 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 AL078644.1-201ENST00000609881 752 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 AQP6-205ENST00000618286 829 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 NRBP2-202ENST00000442628 3587 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 AC025580.3-201ENST00000617932 1424 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 UNC13A-206ENST00000552293 5314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 PFN2-201ENST00000239940 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 GABRB3-202ENST00000311550 5781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 INSIG1-203ENST00000344756 2623 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 SHOX-204ENST00000554971 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 RNF19A-201ENST00000341084 4285 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 SLC1A4-201ENST00000234256 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 MFSD11-220ENST00000621483 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 HNRNPRP1-201ENST00000453465 1695 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 ZSWIM8-223ENST00000605216 6004 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 GGT5-201ENST00000263112 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 AL109910.2-201ENST00000607733 1953 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 FAM53A-207ENST00000489363 2776 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 ZNF846-205ENST00000588267 1943 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 TYROBP-201ENST00000262629 568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 THAP3-202ENST00000307896 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 MCCD1P2-201ENST00000423228 335 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 BLOC1S1-201ENST00000547076 837 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 LHX5-AS1-201ENST00000551357 522 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 KRT19P2-202ENST00000557173 1012 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 AC126696.3-201ENST00000563993 575 ntTSL 4 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 STX10-207ENST00000589083 1241 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 AC010624.2-201ENST00000600998 575 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 ALDH2-202ENST00000416293 1572 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 FDXR-203ENST00000420580 1705 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 SLC44A3-207ENST00000529450 2045 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 KIF25-202ENST00000354419 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 KLC2-201ENST00000316924 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 RGS12-203ENST00000344733 5469 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 SGCB-201ENST00000381431 4431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 CDH24-201ENST00000267383 2873 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 NEXN-AS1-201ENST00000421331 2292 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 KRTCAP2-201ENST00000295682 552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 HLA-DMA-201ENST00000374843 1123 ntAPPRIS P1 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 HIST1H2BD-202ENST00000377777 496 ntAPPRIS P1 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 SH3TC1-202ENST00000382521 829 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 MRPS12-203ENST00000407800 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 AL645941.2-201ENST00000429234 612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 LINC01786-201ENST00000434139 268 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 SLC26A4-AS1-202ENST00000449741 586 ntTSL 4 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 CD99L2-206ENST00000466436 988 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 SMN2-210ENST00000511812 867 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 AL359317.2-203ENST00000557409 538 ntTSL 4 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 AC023355.1-201ENST00000560323 752 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 AC092718.3-202ENST00000564536 1032 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 TNFRSF13B-203ENST00000579315 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 BORCS8-206ENST00000585679 801 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP3Q9Y3E7 COTL1-203ENST00000564057 1677 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 OR6D1P-203ENST00000641209 4860 ntBASIC21.33■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 TUSC3-204ENST00000506802 1546 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 NEK10-202ENST00000341435 2638 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 CLDN7-203ENST00000538261 1923 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 TPR-209ENST00000613151 2478 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 TP73-AS1-203ENST00000423764 2875 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 ETNK2-202ENST00000367201 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 OTUD5-204ENST00000428668 1493 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.2 ms