Protein–RNA interactions for Protein: Q9P219

CCDC88C, Protein Daple, humanhuman

Predictions only

Length 2,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88CQ9P219 RREB1-204ENST00000379938 8778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 MACROD2-201ENST00000217246 4994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 RANBP9-201ENST00000011619 3113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 POLD4-207ENST00000531239 584 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 AP005019.1-201ENST00000545254 664 ntTSL 3 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 ZEB1-AS1-209ENST00000607455 559 ntTSL 4 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 AC112229.1-202ENST00000490013 2918 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 TBC1D28-201ENST00000345096 2789 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 SMG5-201ENST00000361813 4559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 MREG-205ENST00000620139 2618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 SHOX-204ENST00000554971 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 IRF8-203ENST00000563180 1394 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 SLC38A11-202ENST00000409058 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 GOLGA2P9-203ENST00000600260 2033 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 CLN3-203ENST00000357806 1469 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 TAPBP-233ENST00000426633 1888 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 PCSK5-205ENST00000545128 9538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 RABGAP1L-204ENST00000357444 2605 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 RAMP1-201ENST00000254661 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 PDLIM7-201ENST00000355572 977 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 KLK14-202ENST00000391802 1133 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 TCTN1-208ENST00000471804 718 ntTSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 AC092902.2-205ENST00000622381 394 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 SRSF1-201ENST00000258962 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 FBXL7-202ENST00000504595 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 RTCA-203ENST00000370128 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 CACNA1A-240ENST00000637432 7809 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 CACNA1A-258ENST00000638029 7814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 RBPJL-201ENST00000343694 2489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 ZBTB32-201ENST00000262630 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 PTPRA-205ENST00000399903 3337 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 RNF34-201ENST00000361234 2066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 MEST-202ENST00000341441 2443 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 DOK4-201ENST00000340099 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 RGL3-202ENST00000393423 2278 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 GNAI2-204ENST00000440628 1663 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 AL365277.1-202ENST00000331856 2241 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 TBPL1-208ENST00000613034 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 PFDN6-201ENST00000374606 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 FABP5-202ENST00000396359 986 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 MIR1233-2-201ENST00000408138 82 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 MIR1233-1-201ENST00000408722 82 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 ZNF295-AS1-202ENST00000429739 783 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 DNAJB3-202ENST00000449667 1266 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 SIGLEC30P-201ENST00000455569 941 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 S100A2-206ENST00000497140 697 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 ZFPM1-203ENST00000562437 502 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 NUDT4-202ENST00000415493 4839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 IRF5-210ENST00000477535 1374 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 TUBA4B-203ENST00000490341 1380 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 AL355987.4-201ENST00000415992 4244 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 GPX3-209ENST00000614343 1478 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 HSPA8-224ENST00000534624 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 HPGD-213ENST00000541923 2920 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 ICAM3-205ENST00000589261 2024 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 CDKN1A-204ENST00000448526 2104 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 ETV4-205ENST00000545954 1775 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 IGFBP3-203ENST00000381086 2322 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 C1orf115-201ENST00000294889 3413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 JMJD6-205ENST00000585429 1330 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 HOXA13-201ENST00000222753 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 CD24-201ENST00000606017 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 CLEC18B-206ENST00000620745 1847 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 NRXN2-202ENST00000301894 3535 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 TIMM17B-202ENST00000396779 1099 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 TMUB1-204ENST00000476627 882 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 USP30-AS1-201ENST00000478808 656 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 AC040169.1-201ENST00000565382 521 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 AC244517.5-205ENST00000623615 575 ntTSL 4 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 ARHGAP9-204ENST00000430041 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 AC138430.1-201ENST00000586064 5409 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 LINC00847-201ENST00000501855 1871 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 C1orf56-201ENST00000368926 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 DFNA5-207ENST00000419307 2265 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 DKFZP434K028-202ENST00000536405 2466 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 AC016396.2-201ENST00000562575 1417 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 TRNT1-205ENST00000402675 1935 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 ADAM10-205ENST00000461408 1932 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 B3GNT3-201ENST00000318683 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 KLC1-212ENST00000553286 3135 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 FBXO18-201ENST00000362091 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 TMTC4-203ENST00000376234 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 TVP23C-204ENST00000438826 1852 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 GPR89P-201ENST00000407924 1495 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 MRPS12-203ENST00000407800 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 C6orf226-201ENST00000408925 552 ntAPPRIS P1 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 AC134772.1-202ENST00000435578 549 ntTSL 4 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 LINC00237-202ENST00000455890 1220 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 AC002347.1-201ENST00000569543 541 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 NEIL2-203ENST00000436750 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 ATP6V0A2-201ENST00000330342 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 CDK13-201ENST00000181839 7298 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 TNFRSF14-AS1-205ENST00000449660 1629 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC88CQ9P219 AP004609.1-201ENST00000498872 1646 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.7 ms