Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 PRRT3-202ENST00000411976 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 CLASRP-203ENST00000391953 1941 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 KRT28-201ENST00000306658 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 SLC22A20-204ENST00000530038 1673 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 TMEM161A-206ENST00000587583 1654 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 POMP-201ENST00000380842 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 FAM83H-201ENST00000388913 5654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 LUC7L-204ENST00000397783 1504 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 PAGE5-201ENST00000289619 741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 BANF1-201ENST00000312175 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 CATSPERZ-201ENST00000328404 743 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 WWOX-201ENST00000355860 710 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 PSORS1C3-201ENST00000412143 593 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 TMEM14DP-201ENST00000422205 345 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 RBM24-203ENST00000425446 1034 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 SGK2-207ENST00000426287 1182 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 RN7SL618P-201ENST00000477850 296 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 FLJ27354-203ENST00000526694 851 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 RAB30-AS1-202ENST00000526795 567 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 AL079307.3-201ENST00000556114 283 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 AC009093.8-202ENST00000562902 677 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 AC123786.1-201ENST00000581626 661 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 AC004477.1-202ENST00000584428 539 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 ANKS3-227ENST00000592711 580 ntTSL 4 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 LINC02536-201ENST00000625799 625 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 NGFR-202ENST00000504201 1840 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 MYH14-208ENST00000598205 6137 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 EVPL-202ENST00000586740 6223 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 KDM4F-201ENST00000545950 1917 ntAPPRIS P1 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 HARS2-206ENST00000508522 1562 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 LSP1-201ENST00000311604 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 KLRG1-201ENST00000266551 1335 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 KIAA1324L-208ENST00000450689 6841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 LRCH2-202ENST00000538422 4868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 MRI1-201ENST00000040663 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 NR4A2-203ENST00000409108 1735 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 REEP1-208ENST00000538924 1702 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 PPT2-246ENST00000375137 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 SLC39A5-201ENST00000266980 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 POLR2I-201ENST00000221859 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 ING1-204ENST00000375775 1074 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 IGLV2-23-201ENST00000390306 502 ntAPPRIS P1 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 USB1-203ENST00000539737 1212 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 AC105021.1-202ENST00000570572 669 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 AP001033.1-201ENST00000584509 466 ntTSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 ZNF586-205ENST00000598885 578 ntTSL 4 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 AC021097.1-201ENST00000607902 574 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 PRPF31-202ENST00000391755 1767 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 PAPD5-203ENST00000561678 2916 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 PRKAR1B-204ENST00000406797 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 VEZF1-202ENST00000581208 2321 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 CTSB-219ENST00000530640 1389 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 IL32-202ENST00000325568 1105 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 LCE1A-201ENST00000335123 422 ntAPPRIS P1 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 AP000317.2-201ENST00000362077 641 ntTSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 IL32-203ENST00000382213 880 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 AC092506.1-202ENST00000401022 528 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 TEX26-AS1-201ENST00000411835 1203 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 IFNL3-201ENST00000413851 656 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 RHCE-206ENST00000413854 1198 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 AL080243.2-201ENST00000418783 582 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 MEP1AP4-201ENST00000423244 1087 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 AC140481.1-201ENST00000448777 706 ntTSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 RCAN1-212ENST00000492600 935 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 FAM86HP-203ENST00000511564 521 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 AC004790.1-201ENST00000612686 536 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
HLA-CQ95604 ATP6AP2-214ENST00000636287 1904 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9 ms