Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 EPHX1-206ENST00000614058 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 AC016027.1-202ENST00000607927 1699 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 AC004951.4-201ENST00000454572 2076 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 CLDN4-201ENST00000340958 1831 ntAPPRIS P1 BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 SUSD4-208ENST00000494793 1833 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 SRGAP2C-201ENST00000304465 1477 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 SRGAP2-201ENST00000419187 1477 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 SRGAP2B-205ENST00000619678 1477 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 PODNL1-201ENST00000254320 1859 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 NBPF9-209ENST00000621645 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 MTA1-207ENST00000435036 2888 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 POLR1C-201ENST00000304004 1280 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 C1QA-201ENST00000374642 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 LRP5L-201ENST00000402785 1193 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 MIR1909-201ENST00000411312 80 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 AL033519.3-201ENST00000450618 595 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 AC012615.6-204ENST00000587741 477 ntTSL 3 BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 PRF1-203ENST00000638674 1080 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 OCIAD1-202ENST00000381473 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 AP3S2-216ENST00000617003 1561 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 JMJD6-205ENST00000585429 1330 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL6A1P12109 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 NRXN1-208ENST00000405472 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 AC133561.2-201ENST00000380145 1802 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 YBEY-202ENST00000339195 890 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 DENND1A-203ENST00000373624 5010 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 YBEY-203ENST00000397691 764 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 IFITM3-201ENST00000399808 808 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 INE1-201ENST00000456273 945 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 ACA64.2-201ENST00000459014 129 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 NOX4-215ENST00000534731 2156 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 COMMD4-207ENST00000562789 746 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 PSMD7-204ENST00000567958 692 ntTSL 3 BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 AL844908.2-201ENST00000609461 460 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 AC003101.2-201ENST00000612557 442 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 CHST2-201ENST00000309575 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 ANKRD2-203ENST00000370655 1451 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 FHAD1-205ENST00000375997 1459 ntTSL 3 BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 AC087499.5-201ENST00000452760 1342 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 RAB1A-204ENST00000409892 2254 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 KRT28-201ENST00000306658 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 PLTP-202ENST00000372420 1530 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 SLC39A5-201ENST00000266980 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 ENTPD2-202ENST00000355097 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 C1orf68-201ENST00000368775 949 ntAPPRIS P1 BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 PSMB8-203ENST00000395339 1025 ntTSL 3 BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 AL161785.2-201ENST00000427080 966 ntTSL 3 BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 LCN10-203ENST00000474369 564 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 CLNS1A-210ENST00000528364 953 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 AP001995.1-201ENST00000531784 1157 ntTSL 4 BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 ASXL1-206ENST00000542461 1068 ntTSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 PRR29-204ENST00000577953 565 ntTSL 4 BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 TMEM205-208ENST00000587948 688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 TMEM205-211ENST00000589555 788 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 RAB34-223ENST00000636154 730 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 SPSB2-203ENST00000519357 1496 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 REEP1-208ENST00000538924 1702 ntTSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 CHCHD3-201ENST00000262570 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 RRP7BP-201ENST00000357802 2375 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 CCNL1-201ENST00000295925 549 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 RETN-202ENST00000381324 249 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 AMACR-202ENST00000382068 862 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 DGCR5-201ENST00000399539 862 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 MAGEC1-202ENST00000406005 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 ZFAND2B-203ENST00000409206 1159 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 SNHG17-203ENST00000417578 880 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 AC073130.2-202ENST00000444244 842 ntTSL 3 BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL6A1P12109 ZFAND2B-212ENST00000444522 1199 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.6 ms